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- PDB-7cjs: structure of aquaporin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cjs
タイトルstructure of aquaporin
要素Aquaporin NIP2-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / aquaporn
機能・相同性
機能・相同性情報


silicate transmembrane transporter activity / silicic acid import across plasma membrane / Casparian strip / channel activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Aquaporin NIP2-1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Saitoh, Y. / Ma, J.F. / Suga, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for high selectivity of a rice silicon channel Lsi1.
著者: Saitoh, Y. / Mitani-Ueno, N. / Saito, K. / Matsuki, K. / Huang, S. / Yang, L. / Yamaji, N. / Ishikita, H. / Shen, J.R. / Ma, J.F. / Suga, M.
履歴
登録2020年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin NIP2-1
B: Aquaporin NIP2-1
C: Aquaporin NIP2-1
D: Aquaporin NIP2-1
E: Aquaporin NIP2-1
F: Aquaporin NIP2-1
G: Aquaporin NIP2-1
H: Aquaporin NIP2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,90633
ポリマ－216,4438
非ポリマー4,46325
水17,727984
1
A: Aquaporin NIP2-1
B: Aquaporin NIP2-1
C: Aquaporin NIP2-1
D: Aquaporin NIP2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,84318
ポリマ－108,2224
非ポリマー2,62114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16640 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
2
E: Aquaporin NIP2-1
F: Aquaporin NIP2-1
G: Aquaporin NIP2-1
H: Aquaporin NIP2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,06415
ポリマ－108,2224
非ポリマー1,84211
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15930 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.568, 92.453, 166.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aquaporin NIP2-1 / Low silicon protein 1 / NOD26-like intrinsic protein 2-1 / OsNIP2 / 1 / Silicon influx transporter LSI1


分子量: 27055.389 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: NIP2-1, LSI1, SIIT1, Os02g0745100, LOC_Os02g51110, OJ1118_G04.16, OJ1734_E02.43, OsJ_008085
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6Z2T3
#3: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1005分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
非ポリマーの詳細PG4 was modeled as PEG400.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 400, Gly-NaOH, octyl-glucoside, and cholesteryl hemisuccinate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.11218 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11218 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.838 Å / Num. obs: 237514 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.63 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 5.73
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Num. unique obs: 37334 / CC1/2: 0.784

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ne2

3ne2


解像度: 1.8→19.838 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 11430 4.89 %
Rwork0.2447 222235 -
obs0.2461 233665 95.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.31 Å2 / Biso mean: 30.9367 Å2 / Biso min: 16.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12845 0 568 984 14397
Biso mean--67.53 39.8 -
残基数----1731
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.82040.39883730.4083690190
1.8204-1.84180.42643540.4017710592
1.8418-1.86430.40853690.3934725093
1.8643-1.88790.43193730.3726725594
1.8879-1.91270.36083860.3478726795
1.9127-1.93890.35343730.3381739795
1.9389-1.96650.35133820.3332731895
1.9665-1.99590.34974120.3162738396
1.9959-2.0270.33093650.3101742496
2.027-2.06020.3193760.3009738796
2.0602-2.09570.32693570.2927740695
2.0957-2.13380.32133750.2853744396
2.1338-2.17480.31733960.2824738896
2.1748-2.21910.31743780.2799743896
2.2191-2.26730.2934050.276738496
2.2673-2.320.32153880.2642742096
2.32-2.37790.27443720.2538746496
2.3779-2.44210.29443590.2513745996
2.4421-2.51380.25974040.2363745996
2.5138-2.59480.26493910.2279743996
2.5948-2.68730.27433720.2352751897
2.6873-2.79460.2494170.2222747996
2.7946-2.92140.24773840.2216751197
2.9214-3.07490.23153830.2197742496
3.0749-3.26680.23123730.2142747896
3.2668-3.51770.27624010.2211747596
3.5177-3.86930.22743870.198755597
3.8693-4.42380.21883620.1954758497
4.4238-5.55320.2433710.2147761297
5.5532-19.8380.2463920.2298761296
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.5384 Å / Origin y: 44.777 Å / Origin z: 33.43 Å
111213212223313233
T0.2146 Å2-0.0048 Å20.1282 Å2-0.1906 Å20.0216 Å2--0.2073 Å2
L0.0982 °20.0383 °20.0793 °2-0.1201 °20.0988 °2--0.2152 °2
S-0.0082 Å °0.0258 Å °0.0203 Å °-0.0579 Å °0.0003 Å °-0.0266 Å °0.001 Å °-0.0036 Å °0.0045 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA46 - 258
2X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 401
3X-RAY DIFFRACTION1allB46 - 264
4X-RAY DIFFRACTION1allB301 - 401
5X-RAY DIFFRACTION1allC46 - 259
6X-RAY DIFFRACTION1allC301 - 401
7X-RAY DIFFRACTION1allD46 - 264
8X-RAY DIFFRACTION1allD301 - 401
9X-RAY DIFFRACTION1allE46 - 259
10X-RAY DIFFRACTION1allE301 - 401
11X-RAY DIFFRACTION1allF46 - 264
12X-RAY DIFFRACTION1allF301 - 401
13X-RAY DIFFRACTION1allG46 - 259
14X-RAY DIFFRACTION1allG301 - 401
15X-RAY DIFFRACTION1allH46 - 264
16X-RAY DIFFRACTION1allH301 - 401
17X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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