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- PDB-7cjq: Structure of DLA-88*001:04 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cjq
タイトルStructure of DLA-88*001:04
要素
  • ARG-THR-ILE-SER-TYR-THR-TYR-PRO-PHE
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I DLA-88
キーワードIMMUNE SYSTEM / DOG / MHCI / CDV
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / host cell surface receptor binding / immune response ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / host cell surface receptor binding / immune response / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I DLA-88 / Hemagglutinin glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
Canine distemper virus strain Onderstepoort (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sun, Y.J. / Ma, L.Z. / Li, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)319 726 83 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of canine MHC class I at 2.7 Angstroms resolution
著者: Sun, Y.J. / Ma, L.Z. / Li, S.
履歴
登録2020年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I DLA-88
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-THR-ILE-SER-TYR-THR-TYR-PRO-PHE
D: MHC class I DLA-88
E: Beta-2-microglobulin
F: ARG-THR-ILE-SER-TYR-THR-TYR-PRO-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9946
ポリマ-88,9946
非ポリマー00
2,198122
1
A: MHC class I DLA-88
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-THR-ILE-SER-TYR-THR-TYR-PRO-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4973
ポリマ-44,4973
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I DLA-88
E: Beta-2-microglobulin
F: ARG-THR-ILE-SER-TYR-THR-TYR-PRO-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4973
ポリマ-44,4973
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.167, 92.837, 119.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 MHC class I DLA-88


分子量: 31686.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O46882
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11662.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RN10
#3: タンパク質・ペプチド ARG-THR-ILE-SER-TYR-THR-TYR-PRO-PHE


分子量: 1148.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Canine distemper virus strain Onderstepoort (ウイルス)
参照: UniProt: P24306*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350,0.2 M Sodium sulfate decahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 50958 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.308
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 27541 / CC1/2: 0.507

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQ3
解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.825 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.783 / SU B: 32.883 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.612 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 1430 5.3 %RANDOM
Rwork0.2528 ---
obs0.2543 25808 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.65 Å2 / Biso mean: 17.017 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å2-0 Å2
2---0.98 Å2-0 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6270 0 0 122 6392
Biso mean---6.57 -
残基数----766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0196448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9261.9298764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2765760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31222.994354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.72151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.471568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215110
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 109 -
Rwork0.328 1825 -
all-1934 -
obs--97.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43760.345-0.04410.6304-0.27580.7153-0.02670.04430.0805-0.0405-0.05680.010.03340.17150.08360.01310.0357-0.0070.16570.02180.036116.8471-4.4063-19.6051
20.9821-0.2643-0.50950.6331-0.6094.76460.16420.13730.0491-0.1284-0.03460.06140.00830.001-0.12960.05780.0599-0.00010.11860.02880.02669.81870.963-36.206
30.79860.4628-0.19071.0257-0.69040.50480.1329-0.07410.05120.1962-0.10410.0388-0.11560.0572-0.02880.0484-0.00050.00610.1459-0.00890.0067-28.88681.054-0.3133
44.10241.2605-1.4121.9375-0.96161.4136-0.04720.17170.0892-0.11630.023-0.0422-0.0558-0.00410.02420.02760.015100.10070.01080.0065-21.76547.2438-16.8546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3D2 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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