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- PDB-7cjb: VHL recognizes hydroxyproline in RIPK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cjb
タイトルVHL recognizes hydroxyproline in RIPK1
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードAPOPTOSIS / hydroxyproline / VHL / RIPK1 / inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death ...ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / TNF signaling / programmed necrotic cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / regulation of cellular response to hypoxia / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / T cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / necroptotic signaling pathway / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / negative regulation of necroptotic process / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of programmed cell death / Replication of the SARS-CoV-1 genome / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of programmed necrotic cell death / TNFR1-induced proapoptotic signaling / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / RIPK1-mediated regulated necrosis / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / TRP channels / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / necroptotic process / response to tumor necrosis factor / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of execution phase of apoptosis / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / negative regulation of TORC1 signaling / signaling adaptor activity / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of TNFR1 signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / positive regulation of JNK cascade / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of necroptotic cell death / protein catabolic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein phosphorylation / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B ...RIP1, Death domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, J. / Wang, Y. / Pan, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31500597 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21621002 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: VHL recognizes hydroxyproline in RIPK1
著者: Liu, J. / Wang, Y. / Pan, L.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA
E: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
F: Elongin-B
G: Elongin-C
H: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA
M: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
N: Elongin-B
O: Elongin-C
P: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,31618
ポリマ－180,13116
非ポリマー1842
水00
1
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0334
ポリマ－45,0334
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
2
E: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
F: Elongin-B
G: Elongin-C
H: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1255
ポリマ－45,0334
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
3
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1255
ポリマ－45,0334
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
4
M: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
N: Elongin-B
O: Elongin-C
P: THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0334
ポリマ－45,0334
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.831, 94.831, 361.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12A
22I
13A
23M
14B
24F
15B
25J
16B
26N
17C
27G
18C
28K
19C
29O
110E
210I
111E
211M
112F
212J
113F
213N
114G
214K
115G
215O
116I
216M
117J
217N
118K
218O

NCSドメイン領域:

Refine code: _

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGARGARGAA60 - 20510 - 155
221ARGARGARGARGEE60 - 20510 - 155
132PROPROARGARGAA61 - 20511 - 155
242PROPROARGARGII61 - 20511 - 155
153PROPROARGARGAA61 - 20511 - 155
263PROPROARGARGMM61 - 20511 - 155
174SERSERPROPROBB0 - 1054 - 109
284SERSERPROPROFF0 - 1054 - 109
195METMETLYSLYSBB1 - 1045 - 108
2105METMETLYSLYSJJ1 - 1045 - 108
1116ASPASPLYSLYSBB2 - 1046 - 108
2126ASPASPLYSLYSNN2 - 1046 - 108
1137SERSERCYSCYSCC16 - 1124 - 100
2147SERSERCYSCYSGG16 - 1124 - 100
1158GLYGLYCYSCYSCC15 - 1123 - 100
2168GLYGLYCYSCYSKK15 - 1123 - 100
1179SERSERCYSCYSCC16 - 1124 - 100
2189SERSERCYSCYSOO16 - 1124 - 100
11910PROPROILEILEEE61 - 20611 - 156
22010PROPROILEILEII61 - 20611 - 156
12111PROPROILEILEEE61 - 20611 - 156
22211PROPROILEILEMM61 - 20611 - 156
12312METMETPROPROFF1 - 1055 - 109
22412METMETPROPROJJ1 - 1055 - 109
12513ASPASPPROPROFF2 - 1056 - 109
22613ASPASPPROPRONN2 - 1056 - 109
12714SERSERASPASPGG16 - 1114 - 99
22814SERSERASPASPKK16 - 1114 - 99
12915SERSERCYSCYSGG16 - 1124 - 100
23015SERSERCYSCYSOO16 - 1124 - 100
13116PROPROALAALAII61 - 20711 - 157
23216PROPROALAALAMM61 - 20711 - 157
13317ASPASPLYSLYSJJ2 - 1046 - 108
23417ASPASPLYSLYSNN2 - 1046 - 108
13518SERSERASPASPKK16 - 1114 - 99
23618SERSERASPASPOO16 - 1114 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

-
要素

#1: タンパク質
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18725.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質
Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13397.948 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質
Elongin-C


分子量: 11141.717 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド
THR-LEU-TYR-TYR-MET-ALA-PRO-GLU-HIS-LEU-ASN-ASP-VAL-ASN-ALA / 15-mer peptide from Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1


分子量: 1767.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM magnesium acetate, 15%(w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 34589 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 609253
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.858.41.76637640.5440.6251.8810.89597.8
2.85-2.98.41.38737570.6620.4931.4780.91996.3
2.9-2.968.31.06437110.7340.3791.1340.995.2
2.96-3.028.20.97437150.7360.3491.0390.90896.9
3.02-3.088.20.7837270.8120.280.8320.93494.5
3.08-3.158.10.71736880.840.260.7660.9294.3
3.15-3.238.10.58636410.9080.2120.6260.91394.6
3.23-3.328.10.40935980.9380.1470.4370.93592.1
3.32-3.427.80.36836220.9510.1340.3940.94392.6
3.42-3.537.40.31636600.9530.1190.3390.97592.7
3.53-3.656.70.25435010.9530.1010.2750.95990.5
3.65-3.87.60.18136850.9840.0670.1941.02494.8
3.8-3.978.10.14837440.9920.0520.1571.06496
3.97-4.188.10.1237080.9980.0420.1281.07895.5
4.18-4.448.10.09537150.9990.0330.1011.11295.3
4.44-4.7980.08637370.9970.030.0911.09995.3
4.79-5.2780.08337150.9970.0290.0881.00395.1
5.27-6.0380.08437650.9970.0290.090.96596.8
6.03-7.598.10.07138600.9980.0250.0760.97698.7
7.59-50120.05339720.9990.0160.0561.00399.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AJY

4ajy


解像度: 2.8→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 39.806 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2594 1783 4.9 %RANDOM
Rwork0.2199 ---
obs0.2219 34589 86.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.12 Å2 / Biso mean: 51.478 Å2 / Biso min: 15.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11185 0 12 0 11197
Biso mean--58.71 --
残基数----1392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01211462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.65315560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.80951373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1121.085627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.256151958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.79615100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028877
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A46070.1
12E46070.1
21A45870.08
22I45870.08
31A46240.08
32M46240.08
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62N30560.08
71C26770.09
72G26770.09
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92O26370.09
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102I45860.11
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122J28040.1
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132N27510.1
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142K26430.08
151G26180.09
152O26180.09
161I46300.09
162M46300.09
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172N30420.08
181K26610.07
182O26610.07
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 65 -
Rwork0.332 1165 -
all-1230 -
obs--40.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68740.9091.42156.6743.64744.8708-0.0361-0.3256-0.31940.4129-0.0089-0.02620.3125-0.10330.04490.19120.01630.13420.04130.04440.137-39.6758-29.8856-8.1711
26.35571.6312-3.23683.0589-0.65645.9378-0.08040.4765-0.2327-0.5269-0.03590.2249-0.0429-0.11320.11630.128-0.0044-0.02550.0748-0.05910.0621-30.1704-45.758-43.032
33.643-0.4363-1.44647.15650.28794.830.0005-0.0897-0.37260.3412-0.0658-0.13740.4850.27080.06530.2195-0.01730.06530.0271-0.01580.0906-32.854-50.2556-26.1006
44.96220.7976-3.6686.4561-2.99843.6489-0.00920.0661-0.11670.2355-0.02140.1432-0.162-0.09810.03060.42120.0984-0.02320.34440.01950.3007-40.2101-11.98531.5738
53.19091.42891.31325.5782.74344.32520.096-0.3617-0.39120.4756-0.06820.0390.3884-0.1917-0.02780.1970.02570.12190.0550.0690.14947.8233-34.3214-7.9421
65.94311.3383-2.47344.777-1.67116.4524-0.02110.7261-0.2881-0.7964-0.0824-0.06560.54180.38990.10340.43120.09270.02280.3205-0.1630.208616.4703-48.99-42.2753
73.3013-1.0263-0.78187.5048-1.44544.21570.0791-0.0003-0.4762-0.2059-0.156-0.22160.60440.31960.07690.35010.02760.03710.1054-0.06940.208714.245-54.1665-26.0689
87.0448-2.51380.32956.37420.61820.27730.0807-0.76790.02170.265-0.02240.21350.0371-0.2712-0.05820.3091-0.0306-0.0210.36850.03160.29347.4587-17.20662.6673
96.3971.0817-1.91243.5731-0.8533.567-0.10060.27890.0973-0.1421-0.0426-0.15770.103-0.1740.14320.0170.0447-0.01890.2495-0.12470.088918.161-40.2429-82.324
103.71431.6451.44244.05992.72497.1866-0.1224-0.6170.11460.4493-0.0427-0.081-0.0922-0.40560.16510.1484-0.00270.00380.2782-0.11410.05530.6395-34.2122-47.6652
117.9119-1.5190.06293.2951-0.08824.97930.0410.33360.50820.01390.01370.2157-0.202-0.3848-0.05470.0386-0.06520.04160.2756-0.06220.1057-2.7132-35.5494-64.8649
125.9566-0.87162.65932.72420.80759.2849-0.08860.1147-0.099-0.1343-0.1362-0.16110.6270.86080.22480.2655-0.00720.10590.3017-0.03570.394136.2218-39.4644-91.7967
136.32450.8644-1.32543.5978-0.68312.3574-0.01790.31030.0756-0.2734-0.0646-0.04290.2063-0.35610.08250.1221-0.02590.00640.4166-0.08910.140413.87037.4859-82.4232
144.75981.68260.18224.8141.48446.20610.0259-0.87730.17110.6755-0.088-0.1019-0.2048-0.11290.06210.34090.0106-0.01720.65870.03180.1134-3.751112.1039-47.2923
157.1754-1.2121.04753.6344-0.0432.6852-0.26460.08820.2401-0.0260.26550.0963-0.1942-0.2616-0.00090.1258-0.09730.02960.5178-0.01860.0432-6.926811.3625-64.6834
166.28693.1208-5.11393.6205-3.84669.4268-0.01270.16020.4301-0.68060.286-0.30291.3631-0.0424-0.27330.4209-0.02710.07370.33110.02420.420631.61437.994-91.9658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3C15 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4D190 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5E59 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7G16 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8H191 - 197
9X-RAY DIFFRACTION9I61 - 207
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 105
11X-RAY DIFFRACTION11K14 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12L190 - 198
13X-RAY DIFFRACTION13M61 - 207
14X-RAY DIFFRACTION14N2 - 105
15X-RAY DIFFRACTION15O16 - 112
16X-RAY DIFFRACTION16P191 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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