[日本語] English
万見
- PDB-7ciy: Crystal structure of N191G-mutated tyrosinase from Streptomyces c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ciy
タイトルCrystal structure of N191G-mutated tyrosinase from Streptomyces castaneoglobisporus in complex with the caddie protein obtained by soaking in the solution containing Cu(II) and hydroxylamine for 24 h
要素
  • MelC
  • Tyrosinase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / tyrosinase / catalytic mechanism
機能・相同性COPPER (II) ION / NITRATE ION / HYDROGEN PEROXIDE
機能・相同性情報
生物種Streptomyces castaneoglobisporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
Model detailsTyr98 residue of caddie is partially oxygenated
データ登録者Oda, K. / Matoba, Y.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: The basicity of an active-site water molecule discriminates between tyrosinase and catechol oxidase activity.
著者: Matoba, Y. / Oda, K. / Muraki, Y. / Masuda, T.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosinase
B: MelC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,84912
ポリマ－46,2502
非ポリマー59810
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.850, 97.400, 54.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

CU

21A-555-

HOH

31A-611-

HOH

41A-612-

HOH

51A-626-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosinase


分子量: 32032.518 Da / 分子数: 1 / 変異: N191G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces castaneoglobisporus (バクテリア)
株: HUT 6202 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 MelC


分子量: 14217.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces castaneoglobisporus (バクテリア)
株: HUT 6202 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 400分子

#3: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.47 % / Mosaicity: 0.367 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, NaNO3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→100 Å / Num. obs: 59927 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique obs: 6200 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.978 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZMY

2zmy


解像度: 1.47→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 2969 -RANDOM
Rwork0.1372 ---
obs0.1372 59860 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso max: 113.55 Å2 / Biso mean: 22.0042 Å2 / Biso min: 7.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2838 0 30 389 3257
Biso mean--29.52 41.05 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.358
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.151

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る