PDB-7cif: Crystal structure of L-methionine decarboxylase from Streptomyces...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cif

タイトル

Crystal structure of L-methionine decarboxylase from Streptomyces sp.590 (internal aldimine form).

要素

L-methionine decarboxylase

キーワード

LYASE / decarboxylase / PLP-Dependent Enzymes

機能・相同性

: / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / L-methionine decarboxylase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. 590 KI-2014 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Okawa, A. / Shiba, T. / Hayashi, M. / Onoue, Y. / Murota, M. / Sato, D. / Inagaki, J. / Tamura, T. / Harada, S. / Inagaki, K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for substrate specificity of l-methionine decarboxylase.
著者: Okawa, A. / Shiba, T. / Hayashi, M. / Onoue, Y. / Murota, M. / Sato, D. / Inagaki, J. / Tamura, T. / Harada, S. / Inagaki, K.

履歴

登録	2020年7月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cif.cif.gz	213.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cif.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7cif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7cif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cigC 7ciiC 7cijC 7cimC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cim-d 7cig-d 7cij-d 7cii-d 1e5x-d 5abb-d 6mn8-1 2pus-d 5zba-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-methionine decarboxylase

B: L-methionine decarboxylase

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.631, 147.499, 53.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	L-methionine decarboxylase 分子量: 61705.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. 590 KI-2014 (バクテリア) プラスミド: pET-52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G4DBU7, EC: 4.1.1.57
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 6.0, 23.5 % (w/v) PEG1500 / PH範囲: 5.6-6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 86707 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 1.87 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 25929 / CC_1/2: 0.665 / R_pim(I) all: 0.704 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.701 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23064	4308	5 %	RANDOM
R_work	0.1897	-	-	-
obs	0.19174	82339	98.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→19.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8202	0	0	281	8483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	8464
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.964	11546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1	3	17966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.337	5	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.859	22.879	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.386	15	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.402	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.317	3.402	4186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.317	3.401	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.618	5.082	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.617	5.084	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.703	3.674	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.703	3.674	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.251	5.421	6317
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.354	26.988	9665
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.353	26.968	9608
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	289	-
R_work	0.357	5825	-
obs	-	-	94.21 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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