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- PDB-7che: Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with BD-236 Fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7che
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with BD-236 Fab and BD-368-2 Fab
要素
  • BD-236 Fab heavy chain
  • BD-236 Fab light chain
  • BD-368-2 Fab heavy chain
  • BD-368-2 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / mAb / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.416 Å
データ登録者Xiao, J. / Zhu, Q.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structurally Resolved SARS-CoV-2 Antibody Shows High Efficacy in Severely Infected Hamsters and Provides a Potent Cocktail Pairing Strategy.
著者: Shuo Du / Yunlong Cao / Qinyu Zhu / Pin Yu / Feifei Qi / Guopeng Wang / Xiaoxia Du / Linlin Bao / Wei Deng / Hua Zhu / Jiangning Liu / Jianhui Nie / Yinghui Zheng / Haoyu Liang / Ruixue Liu / ...著者: Shuo Du / Yunlong Cao / Qinyu Zhu / Pin Yu / Feifei Qi / Guopeng Wang / Xiaoxia Du / Linlin Bao / Wei Deng / Hua Zhu / Jiangning Liu / Jianhui Nie / Yinghui Zheng / Haoyu Liang / Ruixue Liu / Shuran Gong / Hua Xu / Ayijiang Yisimayi / Qi Lv / Bo Wang / Runsheng He / Yunlin Han / Wenjie Zhao / Yali Bai / Yajin Qu / Xiang Gao / Chenggong Ji / Qisheng Wang / Ning Gao / Weijin Huang / Youchun Wang / X Sunney Xie / Xiao-Dong Su / Junyu Xiao / Chuan Qin /
要旨: Understanding how potent neutralizing antibodies (NAbs) inhibit SARS-CoV-2 is critical for effective therapeutic development. We previously described BD-368-2, a SARS-CoV-2 NAb with high potency; ...Understanding how potent neutralizing antibodies (NAbs) inhibit SARS-CoV-2 is critical for effective therapeutic development. We previously described BD-368-2, a SARS-CoV-2 NAb with high potency; however, its neutralization mechanism is largely unknown. Here, we report the 3.5-Å cryo-EM structure of BD-368-2/trimeric-spike complex, revealing that BD-368-2 fully blocks ACE2 recognition by occupying all three receptor-binding domains (RBDs) simultaneously, regardless of their "up" or "down" conformations. Also, BD-368-2 treats infected adult hamsters at low dosages and at various administering windows, in contrast to placebo hamsters that manifested severe interstitial pneumonia. Moreover, BD-368-2's epitope completely avoids the common binding site of VH3-53/VH3-66 recurrent NAbs, evidenced by tripartite co-crystal structures with RBDs. Pairing BD-368-2 with a potent recurrent NAb neutralizes SARS-CoV-2 pseudovirus at pM level and rescues mutation-induced neutralization escapes. Together, our results rationalized a new RBD epitope that leads to high neutralization potency and demonstrated BD-368-2's therapeutic potential in treating COVID-19.
履歴
登録2020年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年3月10日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BD-236 Fab heavy chain
L: BD-236 Fab light chain
R: Spike protein S1
A: BD-368-2 Fab heavy chain
B: BD-368-2 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8145
ポリマ－119,8145
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area44390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)100.016, 114.296, 116.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 BD-236 Fab heavy chain


分子量: 23333.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 BD-236 Fab light chain


分子量: 23100.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / SARS-coV-2 Receptor Binding Domain


分子量: 25122.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 抗体 BD-368-2 Fab heavy chain


分子量: 24355.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 BD-368-2 Fab light chain


分子量: 23902.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.0 and 10% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.416→50 Å / Num. obs: 17742 / % possible obs: 94.54 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 64.08 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 11.55
反射 シェル解像度: 3.45→3.51 Å / Num. unique obs: 1036 / CC1/2: 0.692

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W41

6w41


解像度: 3.416→49.619 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 1771 9.99 %
Rwork0.2247 15952 -
obs0.2262 17723 94.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.61 Å2 / Biso mean: 54.7801 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.416→49.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7956 0 0 0 7956
残基数----1047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0288150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.95111090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1921235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2794817
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4162-3.50860.346670.286564752
3.5086-3.61180.3271080.2717105681
3.6118-3.72830.30971460.2622121997
3.7283-3.86150.32661370.24831281100
3.8615-4.01610.26971440.24091272100
4.0161-4.19880.28671440.23821286100
4.1988-4.420.17711410.2111285100
4.42-4.69670.19851440.18671287100
4.6967-5.0590.2031480.19381290100
5.059-5.56750.21561420.20821304100
5.5675-6.37180.22171470.22881315100
6.3718-8.02220.2391460.23031329100
8.0222-49.6190.21061570.2154138199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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