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- PDB-7cgm: Crystal Structure of PUF-8 in Complex with PBE-RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cgm
タイトルCrystal Structure of PUF-8 in Complex with PBE-RNA
要素
  • PBE-5U (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
  • PUM-HD domain-containing protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / complex / PUF protein
機能・相同性
機能・相同性情報


male meiotic nuclear division / P granule / negative regulation of MAPK cascade / post-transcriptional regulation of gene expression / nuclear periphery / mRNA 3'-UTR binding / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / PUM-HD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zheng, X. / Yunyu, S. / Shouhong, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural recognition of the mRNA 3' UTR by PUF-8 restricts the lifespan of C. elegans.
著者: Xu, Z. / Zhao, J. / Hong, M. / Zeng, C. / Guang, S. / Shi, Y.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUM-HD domain-containing protein
B: PBE-5U (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4533
ポリマ－44,4182
非ポリマー351
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.203, 89.203, 117.045
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PUM-HD domain-containing protein


分子量: 41905.070 Da / 分子数: 1 / 変異: N318C, H319R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: puf-8, C30G12.7, CELE_C30G12.7
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q09487
#2: RNA鎖 PBE-5U (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量: 2512.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1M LiCl, 0.1M Citric acid (pH 5.0) and 15% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.592→40 Å / Num. obs: 15274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 36.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.618 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.6411.40.6997470.9640.2140.7310.45100
2.64-2.6911.20.6517380.9720.2020.6820.461100
2.69-2.7410.60.5267410.9620.1680.5530.466100
2.74-2.810.20.4817490.9620.1570.5070.493100
2.8-2.86110.5097460.9580.1610.5340.467100
2.86-2.9312.20.4397470.9860.130.4580.487100
2.93-312.40.3737500.9880.110.3890.5100
3-3.0812.40.3337560.9920.0980.3480.54100
3.08-3.1712.40.2887410.9930.0850.3010.55100
3.17-3.2812.30.2377490.9950.070.2470.585100
3.28-3.3912.30.1827550.9970.0540.190.624100
3.39-3.5312.10.1557600.9960.0460.1620.663100
3.53-3.6912.10.1287600.9960.0380.1340.713100
3.69-3.8811.30.1117590.9970.0340.1160.746100
3.88-4.1310.20.0987640.9960.0320.1030.77699.9
4.13-4.4411.80.0837720.9980.0250.0870.781100
4.44-4.8912.20.0737760.9990.0220.0760.788100
4.89-5.6120.0847850.9980.0250.0880.698100
5.6-7.0511.10.0838070.9980.0260.0870.653100
7.05-4010.10.0488720.9990.0150.050.8899.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10-2155精密化
HKL-2000V716.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q0q

3q0q


解像度: 2.6→37.76 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 797 5.24 %
Rwork0.1855 14403 -
obs0.1881 15200 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.48 Å2 / Biso mean: 38.4983 Å2 / Biso min: 12.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→37.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 169 1 14 2952
Biso mean--29.31 28.34 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0294135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2911819
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.75480.28661240.21022335100
2.7548-2.96740.34671310.2332365100
2.9674-3.26590.28811420.22472347100
3.2659-3.73810.22581430.18162387100
3.7381-4.70820.18071210.15152429100
4.7082-37.760.20961360.1764254099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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