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- PDB-3q0q: Crystal structure of the PUMILIO-homology domain from Human PUMIL... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q0q | ||||||
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Title | Crystal structure of the PUMILIO-homology domain from Human PUMILIO2 in complex with p38alpha NREa | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA binding protein/RNA / PUF / PUMILIO-homolgy domain / Gene regulation / RNA binding / RNA binding protein-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of sprouting of injured axon / pumilio-response element binding / regulation of intracellular mRNA localization / regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / lncRNA binding ...positive regulation of sprouting of injured axon / pumilio-response element binding / regulation of intracellular mRNA localization / regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / lncRNA binding / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / hair follicle development / chromosome organization / adipose tissue development / stress granule assembly / regulation of mRNA stability / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / skeletal system development / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / Neddylation / nuclear membrane / neuronal cell body / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, G. / Hall, T.M.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Alternate modes of cognate RNA recognition by human PUMILIO proteins. Authors: Lu, G. / Hall, T.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 128.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 451.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3q0lC ![]() 3q0mC ![]() 3q0nC ![]() 3q0oC ![]() 3q0pC ![]() 3q0rC ![]() 3q0sC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40524.719 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 706-1056 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: RNA chain | Mass: 2535.569 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: This RNA sequence occurs naturally in humans. |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 Details: 17-20% (w/v) PEG 3000, 100 mM Na3Citrate pH 5.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2008 |
Radiation | Monochromator: varimax hf / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→24.1 Å / Num. all: 23313 / Num. obs: 21704 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / % possible all: 77.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.443 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→24.061 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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