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- PDB-7cg8: Structure of the sensor domain (short construct) of the anti-sigm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cg8
タイトルStructure of the sensor domain (short construct) of the anti-sigma factor RsgI4 in Pseudobacteroides cellulosolvens
要素Anti-sigma factor RsgI, N-terminal
キーワードTRANSCRIPTION / Sugar binding protein
機能・相同性: / Anti-sigma factor RsgI-like central domain / Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / plasma membrane / ACETATE ION / Anti-sigma factor RsgI, N-terminal
機能・相同性情報
生物種Pseudobacteroides cellulosolvens ATCC 35603 = DSM 2933 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dong, S. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31661143023 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Unique Fn3-like biosensor in sigma I /anti-sigma I factors for regulatory expression of major cellulosomal scaffoldins in Pseudobacteroides cellulosolvens.
著者: Dong, S. / Chen, C. / Li, J. / Liu, Y.J. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Mizrahi, I. / Cui, Q. / Feng, Y.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年9月24日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma factor RsgI, N-terminal
B: Anti-sigma factor RsgI, N-terminal
C: Anti-sigma factor RsgI, N-terminal
D: Anti-sigma factor RsgI, N-terminal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4049
ポリマ－45,7844
非ポリマー2,6205
水10,449580
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.590, 71.050, 100.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Anti-sigma factor RsgI, N-terminal


分子量: 11445.965 Da / 分子数: 4 / 断片: sensor domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudobacteroides cellulosolvens ATCC 35603 = DSM 2933 (バクテリア)
遺伝子: Bccel_2225 / プラスミド: pET28a-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0L6JMH4
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000


分子量: 1221.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H112O28 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.96 Å / Num. obs: 120016 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.48 % / Biso Wilson estimate: 15.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 11.44
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8817 / CC1/2: 0.664 / Rrim(I) all: 0.837 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20191211データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CG5

7cg5


解像度: 1.5→33.49 Å / SU ML: 0.1558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1879 3801 3.17 %
Rwork0.1599 116198 -
obs0.1608 119999 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3189 0 107 580 3876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89564568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0749528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4859525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.3061350.27584286X-RAY DIFFRACTION98.18
1.52-1.540.28461390.25634247X-RAY DIFFRACTION98.87
1.54-1.560.2191390.24594268X-RAY DIFFRACTION99.01
1.56-1.580.27371430.23254294X-RAY DIFFRACTION98.62
1.58-1.610.28731430.22564333X-RAY DIFFRACTION99.27
1.61-1.630.28841390.21544260X-RAY DIFFRACTION99.1
1.63-1.660.30131410.21414333X-RAY DIFFRACTION98.98
1.66-1.690.23541400.20294246X-RAY DIFFRACTION99.28
1.69-1.720.2161440.20654300X-RAY DIFFRACTION99.06
1.72-1.750.27741370.20174344X-RAY DIFFRACTION99.14
1.75-1.790.20351450.19494284X-RAY DIFFRACTION98.95
1.79-1.820.22381440.18794318X-RAY DIFFRACTION99.44
1.82-1.870.21111420.17974292X-RAY DIFFRACTION99.46
1.87-1.910.22671390.17364296X-RAY DIFFRACTION99.37
1.91-1.970.1661420.164303X-RAY DIFFRACTION99.57
1.97-2.020.20111380.15294316X-RAY DIFFRACTION99.6
2.02-2.090.19111400.15444325X-RAY DIFFRACTION99.51
2.09-2.160.1961400.15154304X-RAY DIFFRACTION99.6
2.16-2.250.17521380.14354314X-RAY DIFFRACTION99.18
2.25-2.350.19121420.14994309X-RAY DIFFRACTION99.42
2.35-2.480.17861350.15254323X-RAY DIFFRACTION99.58
2.48-2.630.19371430.15534342X-RAY DIFFRACTION99.62
2.63-2.830.17621400.14914285X-RAY DIFFRACTION99.39
2.83-3.120.18371460.15734305X-RAY DIFFRACTION99.64
3.12-3.570.15031430.13374341X-RAY DIFFRACTION99.49
3.57-4.50.15431420.13014322X-RAY DIFFRACTION99.75
4.5-33.490.15911420.1494308X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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