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- PDB-6v8y: Structure of a Sodium Potassium ion Channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8y
タイトルStructure of a Sodium Potassium ion Channel
要素Potassium channel protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel
機能・相同性Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel / potassium channel activity / membrane / : / Transporter
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Roy, R. / Weiss, K.L. / Coates, L.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Structural plasticity of the selectivity filter in a nonselective ion channel.
著者: Roy, R.N. / Hendriks, K. / Kopec, W. / Abdolvand, S. / Weiss, K.L. / de Groot, B.L. / Lange, A. / Sun, H. / Coates, L.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,52215
ポリマ－21,4132
非ポリマー1,10913
水1,27971
1
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,04330
ポリマ－42,8264
非ポリマー2,21726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area13470 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.716, 88.137, 49.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

K

21A-407-

K

31A-408-

NA

41B-204-

K

51B-334-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Potassium channel protein / Transporter / Voltage-gated potassium channel


分子量: 10706.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア)
遺伝子: A9485_19160, B4155_3291, BACERE00184_02078, CN419_22740, CN950_06075, CN980_22870, COI98_17615, COK18_26145, CON37_12595
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164U772
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: See paper for details

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→38.34 Å / Num. obs: 49908 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.04 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / Num. unique obs: 2568 / CC1/2: 0.678

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AHY

2ahy


解像度: 1.53→38.322 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1777 2591 5.19 %
Rwork0.1569 --
obs0.1579 49908 95.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→38.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1441 0 69 71 1581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9632199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.624554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.55790.30651380.30032127X-RAY DIFFRACTION83
1.5579-1.58780.24951320.28742557X-RAY DIFFRACTION97
1.5878-1.62020.28621620.2662548X-RAY DIFFRACTION99
1.6202-1.65550.35311380.24122592X-RAY DIFFRACTION98
1.6555-1.6940.24891520.21412524X-RAY DIFFRACTION97
1.694-1.73640.20711680.19692555X-RAY DIFFRACTION98
1.7364-1.78330.22941470.19242503X-RAY DIFFRACTION97
1.7833-1.83580.20611140.17712569X-RAY DIFFRACTION97
1.8358-1.8950.15931660.16842506X-RAY DIFFRACTION97
1.895-1.96280.17461400.15062549X-RAY DIFFRACTION97
1.9628-2.04130.14831430.13332531X-RAY DIFFRACTION96
2.0413-2.13420.16391160.12082523X-RAY DIFFRACTION96
2.1342-2.24670.1751210.13332529X-RAY DIFFRACTION96
2.2467-2.38750.13311480.12862479X-RAY DIFFRACTION95
2.3875-2.57180.16491120.12182491X-RAY DIFFRACTION95
2.5718-2.83050.17081480.12232452X-RAY DIFFRACTION93
2.8305-3.23990.14021290.1322459X-RAY DIFFRACTION94
3.2399-4.08120.17871020.14212427X-RAY DIFFRACTION91
4.0812-38.2220.17611150.18972396X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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