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- PDB-7cfy: Crystal Structure of YbeA CP74 W48F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfy
タイトルCrystal Structure of YbeA CP74 W48F
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
キーワードTRANSFERASE / YbeA
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosome binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase RlmH / Predicted SPOUT methyltransferase / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4051 Å
データ登録者Liu, C.Y. / Lai, C.H. / Hsu, S.T.D. / Lyu, P.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of YbeA CP74 W48F
著者: Liu, C.Y. / Lai, C.H. / Hsu, S.T.D. / Lyu, P.C.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4064
ポリマ－70,4064
非ポリマー00
水72140
1
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2032
ポリマ－35,2032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
2
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2032
ポリマ－35,2032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.137, 57.833, 69.629
Angle α, β, γ (deg.)67.170, 90.050, 90.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H,Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H / 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA ...23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase RlmH


分子量: 17601.387 Da / 分子数: 4 / 変異: W120F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rlmH, ybeA, b0636, JW0631 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A8I8, 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.5, 0.1M Calcium acetate hydrate, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4051→30 Å / Num. obs: 20734 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.41-2.52.40.48819940.7760.3560.6071.01390.1
2.5-2.62.70.44320350.8490.3170.5471.01894.9
2.6-2.712.90.38420670.8970.2690.4711.02196.7
2.71-2.862.90.29221170.9420.2080.361.00696.8
2.86-3.042.90.20521290.9570.1450.2520.99296.9
3.04-3.272.90.15520870.9730.110.1910.98696.9
3.27-3.62.80.09820680.9860.0710.1211.02196.2
3.6-4.122.70.06920710.9920.050.0860.9895.8
4.12-5.182.60.05320400.9940.0390.0660.98194.2
5.18-23.72252.40.03721260.9960.0330.050.99897.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.41 Å23.72 Å
Translation2.41 Å23.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.16-3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZYO

5zyo


解像度: 2.4051→23.7225 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 34.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3067 2004 9.68 %
Rwork0.2175 18709 -
obs0.226 20713 94.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.5 Å2 / Biso mean: 42.2506 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4051→23.7225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4425 0 0 40 4465
Biso mean---36.87 -
残基数----587
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4051-2.46520.32651240.2466108878
2.4652-2.53180.30951430.2477132094
2.5318-2.60620.34371480.2399135996
2.6062-2.69020.33061380.2539135597
2.6902-2.78620.38041440.2523140797
2.7862-2.89760.33031410.246133397
2.8976-3.02920.36081490.2466136597
3.0292-3.18860.36831390.2467137297
3.1886-3.38780.33111470.2559135296
3.3878-3.64850.31881510.2212135596
3.6485-4.01410.33121490.2038133996
4.0141-4.59130.25071400.1909131293
4.5913-5.77080.28081480.1975139797
5.7708-23.72250.24531430.1794135597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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