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- PDB-7cfl: X-ray structure of autolysin Acd24020 catalytic domain from Clost... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfl
タイトルX-ray structure of autolysin Acd24020 catalytic domain from Clostridium difficile
要素Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
キーワードHYDROLASE / endopeptidase / autolysin
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / SH3-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Kamitori, S. / Tamai, E.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06087 日本
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical characterizations of the novel autolysin Acd24020 from Clostridioides difficile and its full-function catalytic domain as a lytic enzyme.
著者: Sekiya, H. / Tamai, E. / Kawasaki, J. / Murakami, K. / Kamitori, S.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
B: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
C: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
D: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4728
ポリマ－60,7164
非ポリマー7564
水4,432246
1
A: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3682
ポリマ－15,1791
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
2
B: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3682
ポリマ－15,1791
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5900 Å2
手法PISA
3
C: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3682
ポリマ－15,1791
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5920 Å2
手法PISA
4
D: Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3682
ポリマ－15,1791
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.440, 55.210, 57.110
Angle α, β, γ (deg.)104.86, 112.64, 90.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Putative cell wall hydrolase phosphatase-associated protein / autolysin


分子量: 15178.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: CD630_24020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q181Y8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 200 mM ammonium citrate dibasic, 20% (w/v) polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→36.97 Å / Num. obs: 73725 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.05 / Num. unique obs: 5198 / CC1/2: 0.961

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H41

3h41


解像度: 1.56→36.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.985 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25844 3667 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.20108 69608 94.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0.17 Å20.3 Å2
2---0.45 Å2-0.22 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.56→36.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3759 0 52 246 4057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0183539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.6345342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.451.5838212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1525510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.29220.576191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14715641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3161528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6842.6491989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6814.4611988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2273.9762480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2265.2932481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7662.9741959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.76518.4021958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4634.322851
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.3484417
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.3454392
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.45133948
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 271 -
Rwork0.263 4927 -
obs--90.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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