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- PDB-7cfe: Crystal structure of RsmG methyltransferase of M. tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfe
タイトルCrystal structure of RsmG methyltransferase of M. tuberculosis
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / RsmG / Rv3919c / M. tuberculosis / gidB
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA small subunit methyltransferase G / rRNA small subunit methyltransferase G / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PHOSPHATE ION / SINEFUNGIN / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Bijpuria, S. / Maurya, A. / Kumar, P. / Sharma, R. / Taneja, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2016/003589 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RsmG methyltransferase of M. tuberculosis
著者: Bijpuria, S. / Maurya, A. / Kumar, P. / Sharma, R. / Taneja, B.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4324
ポリマ－24,8961
非ポリマー5363
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.980, 63.880, 72.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G / 16S rRNA 7-methylguanosine methyltransferase / 16S rRNA m7G methyltransferase / Glucose-inhibited ...16S rRNA 7-methylguanosine methyltransferase / 16S rRNA m7G methyltransferase / Glucose-inhibited division protein B


分子量: 24895.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rsmG, gidB, Rv3919c, MTV028.10c / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: P9WGW9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Bis-tris pH 7.5, 0.18 M Na/K phosphate and 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→27.26 Å / Num. obs: 13090 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Num. unique obs: 799 / CC1/2: 0.532

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3845: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
iMOSFLMデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.02→27.26 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 609 4.67 %
Rwork0.1881 --
obs0.1899 13047 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→27.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1616 0 36 154 1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.972299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.43636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.220.27481470.22412914X-RAY DIFFRACTION95
2.22-2.540.25511570.19843104X-RAY DIFFRACTION100
2.54-3.210.2171400.19983157X-RAY DIFFRACTION100
3.21-27.260.20671650.16823263X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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