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万見
- PDB-7cf9: Structure of RyR1 (Ca2+/CHL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cf9
タイトルStructure of RyR1 (Ca2+/CHL)
要素
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
  • Ryanodine receptor 1,RyR1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Rabbit / Ryanodine receptor1 / CHL.
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-gated ion channel activity / positive regulation of sequestering of calcium ion / cyclic nucleotide binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / neuronal action potential propagation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...ATP-gated ion channel activity / positive regulation of sequestering of calcium ion / cyclic nucleotide binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / neuronal action potential propagation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / response to redox state / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / skin development / negative regulation of heart rate / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / FK506 binding / positive regulation of axon regeneration / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / organelle membrane / : / smooth muscle contraction / toxic substance binding / smooth endoplasmic reticulum / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / response to vitamin E / calcium channel inhibitor activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / protein peptidyl-prolyl isomerization / skeletal muscle fiber development / T cell proliferation / striated muscle contraction / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / release of sequestered calcium ion into cytosol / Ion homeostasis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to calcium ion / peptidylprolyl isomerase / sarcoplasmic reticulum / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to hydrogen peroxide / Stimuli-sensing channels / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein refolding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / signaling receptor binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F0U / Ryanodine receptor 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Ma, R. / Haji-Ghassemi, O. / Ma, D. / Lin, L. / Samurkas, A. / Van Petegem, F. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, カナダ, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972287 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFD0201400 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFD0201403 中国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-159601 カナダ
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis for diamide modulation of ryanodine receptor.
著者: Ruifang Ma / Omid Haji-Ghassemi / Dan Ma / Heng Jiang / Lianyun Lin / Li Yao / Arthur Samurkas / Yuxin Li / Yiwen Wang / Peng Cao / Shian Wu / Yan Zhang / Takashi Murayama / Bernard Moussian ...著者: Ruifang Ma / Omid Haji-Ghassemi / Dan Ma / Heng Jiang / Lianyun Lin / Li Yao / Arthur Samurkas / Yuxin Li / Yiwen Wang / Peng Cao / Shian Wu / Yan Zhang / Takashi Murayama / Bernard Moussian / Filip Van Petegem / Zhiguang Yuchi /
要旨: The diamide insecticide class is one of the top-selling insecticides globally. They are used to control a wide range of pests by targeting their ryanodine receptors (RyRs). Here, we report the ...The diamide insecticide class is one of the top-selling insecticides globally. They are used to control a wide range of pests by targeting their ryanodine receptors (RyRs). Here, we report the highest-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of RyR1 in the open state, in complex with the anthranilic diamide chlorantraniliprole (CHL). The 3.2-Å local resolution map facilitates unambiguous assignment of the CHL binding site. The molecule induces a conformational change by affecting the S4-S5 linker, triggering channel opening. The binding site is further corroborated by mutagenesis data, which reveal how diamide insecticides are selective to the Lepidoptera group of insects over honeybee or mammalian RyRs. Our data reveal that several pests have developed resistance via two mechanisms, steric hindrance and loss of contact. Our results provide a foundation for the development of highly selective pesticides aimed at overcoming resistance and therapeutic molecules to treat human myopathies.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30343
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 1,RyR1
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
C: Ryanodine receptor 1,RyR1
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
E: Ryanodine receptor 1,RyR1
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
G: Ryanodine receptor 1,RyR1
H: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,208,37220
ポリマ－2,206,0178
非ポリマー2,35512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, tetramer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Ryanodine receptor 1,RyR1 / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal ...RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Type 1 ryanodine receptor


分子量: 539836.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P11716
#2: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B / PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / FKBP-12.6 / FK506-binding protein 1B / FKBP-1B / ...PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / FKBP-12.6 / FK506-binding protein 1B / FKBP-1B / Immunophilin FKBP12.6 / Rotamase / h-FKBP-12


分子量: 11667.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1B, FKBP12.6, FKBP1L, FKBP9, OTK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68106, peptidylprolyl isomerase
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-F0U / 5-bromanyl-N-[4-chloranyl-2-methyl-6-(methylcarbamoyl)phenyl]-2-(3-chloranylpyridin-2-yl)pyrazole-3-carboxamide / クロラントラニリプロ-ル


分子量: 483.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14BrCl2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Complete sequence of RyR1 protein is: ...Complete sequence of RyR1 protein is: MGDGGEGEDEVQFLRTDDEVVLQCSATVLKEQLKLCLAAEGFGNRLCFLEPTSNAQNVPPDLAICCFTLEQSLSVRALQEMLANTVEAGVESSQGGGHRTLLYGHAILLRHAHSRMYLSCLTTSRSMTDKLAFDVGLQEDATGEACWWTMHPASKQRSEGEKVRVGDDLILVSVSSERYLHLSTASGELQVDASFMQTLWNMNPICSCCEEGYVTGGHVLRLFHGHMDECLTISAADSDDQRRLVYYEGGAVCTHARSLWRLEPLRISWSGSHLRWGQPLRIRHVTTGRYLALTEDQGLVVVDACKAHTKATSFCFRVSKEKLDTAPKRDVEGMGPPEIKYGESLCFVQHVASGLWLTYAAPDPKALRLGVLKKKAILHQEGHMDDALFLTRCQQEESQAARMIHSTAGLYNQFIKGLDSFSGKPRGSGPPAGPALPIEAVILSLQDLIGYFEPPSEELQHEEKQSKLRSLRNRQSLFQEEGMLSLVLNCIDRLNVYTTAAHFAEYAGEEAAESWKEIVNLLYELLASLIRGNRANCALFSTNLDWVVSKLDRLEASSGILEVLYCVLIESPEVLNIIQENHIKSIISLLDKHGRNHKVLDVLCSLCVCNGVAVRSNQDLITENLLPGRELLLQTNLINYVTSIRPNIFVGRAEGSTQYGKWYFEVMVDEVVPFLTAQATHLRVGWALTEGYSPYPGGGEGWGGNGVGDDLYSYGFDGLHLWTGHVARPVTSPGQHLLAPEDVVSCCLDLSVPSISFRINGCPVQGVFEAFNLDGLFFPVVSFSAGVKVRFLLGGRHGEFKFLPPPGYAPCHEAVLPRERLRLEPIKEYRREGPRGPHLVGPSRCLSHTDFVPCPVDTVQIVLPPHLERIREKLAENIHELWALTRIEQGWTYGPVRDDNKRLHPCLVNFHSLPEPERNYNLQMSGETLKTLLALGCHVGMADEKAEDNLKKTKLPKTYMMSNGYKPAPLDLSHVRLTPAQTTLVDRLAENGHNVWARDRVAQGWSYSAVQDIPARRNPRLVPYRLLDEATKRSNRDSLCQAVRTLLGYGYNIEPPDQEPSQVENQSRWDRVRIFRAEKSYTVQSGRWYFEFEAVTTGEMRVGWARPELRPDVELGADELAYVFNGHRGQRWHLGSEPFGRPWQSGDVVGCMIDLTENTIIFTLNGEVLMSDSGSETAFREIEIGDGFLPVCSLGPGQVGHLNLGQDVSSLRFFAICGLQEGFEPFAINMQRPVTTWFSKSLPQFEPVPPEHPHYEVARMDGTVDTPPCLRLAHRTWGSQNSLVEMLFLRLSLPVQFHQHFRCTAGATPLAPPGLQPPAEDEARAAEPDPDYENLRRSAGGWGEAEGGKEGTAKEGTPGGTPQPGVEAQPVRAENEKDATTEKNKKRGFLFKAKKAAMMTQPPATPALPRLPHDVVPADNRDDPEIILNTTTYYYSVRVFAGQEPSCVWVGWVTPDYHQHDMNFDLSKVRAVTVTMGDEQGNVHSSLKCSNCYMVWGGDFVSPGQQGRISHTDLVIGCLVDLATGLMTFTANGKESNTFFQVEPNTKLFPAVFVLPTHQNVIQFELGKQKNIMPLSAAMFLSERKNPAPQCPPRLEVQMLMPVSWSRMPNHFLQVETRRAGERLGWAVQCQDPLTMMALHIPEENRCMDILELSERLDLQRFHSHTLRLYRAVCALGNNRVAHALCSHVDQAQLLHALEDAHLPGPLRAGYYDLLISIHLESACRSRRSMLSEYIVPLTPETRAITLFPPGRKGGNARRHGLPGVGVTTSLRPPHHFSPPCFVAALPAAGVAEAPARLSPAIPLEALRDKALRMLGEAVRDGGQHARDPVGGSVEFQFVPVLKLVSTLLVMGIFGDEDVKQILKMIEPEVFTEEEEEEEEEEEEEEEEEEDEEEKEEDEEEEEKEDAEKEEEEAPEGEKEDLEEGLLQMKLPESVKLQMCNLLEYFCDQELQHRVESLAAFAERYVDKLQANQRSRYALLMRAFTMSAAETARRTREFRSPPQEQINMLLHFKDEADEEDCPLPEDIRQDLQDFHQDLLAHCGIQLEGEEEEPEEETSLSSRLRSLLETVRLVKKKEEKPEEELPAEEKKPQSLQELVSHMVVRWAQEDYVQSPELVRAMFSLLHRQYDGLGELLRALPRAYTISPSSVEDTMSLLECLGQIRSLLIVQMGPQEENLMIQSIGNIMNNKVFYQHPNLMRALGMHETVMEVMVNVLGGGETKEIRFPKMVTSCCRFLCYFCRISRQNQRSMFDHLSYLLENSGIGLGMQGSTPLDVAAASVIDNNELALALQEQDLEKVVSYLAGCGLQSCPMLLAKGYPDIGWNPCGGERYLDFLRFAVFVNGESVEENANVVVRLLIRKPECFGPALRGEGGSGLLAAIEEAIRISEDPARDGPGVRRDRRREHFGEEPPEENRVHLGHAIMSFYAALIDLLGRCAPEMHLIQAGKGEALRIRAILRSLVPLDDLVGIISLPLQIPTLGKDGALVQPKMSASFVPDHKASMVLFLDRVYGIENQDFLLHVLDVGFLPDMRAAASLDTATFSTTEMALALNRYLCLAVLPLITKCAPLFAGTEHRAIMVDSMLHTVYRLSRGRSLTKAQRDVIEDCLMALCRYIRPSMLQHLLRRLVFDVPILNEFAKMPLKLLTNHYERCWKYYCLPTGWANFGVTSEEELHLTRKLFWGIFDSLAHKKYDQELYRMAMPCLCAIAGALPPDYVDASYSSKAEKKATVDAEGNFDPRPVETLNVIIPEKLDSFINKFAEYTHEKWAFDKIQNNWSYGENVDEELKTHPMLRPYKTFSEKDKEIYRWPIKESLKAMIAWEWTIEKAREGEEERTEKKKTRKISQTAQTYDPREGYNPQPPDLSGVTLSRELQAMAEQLAENYHNTWGRKKKQELEAKGGGTHPLLVPYDTLTAKEKARDREKAQELLKFLQMNGYAVTRGLKDMELDTSSIEKRFAFGFLQQLLRWMDISQEFIAHLEAVVSSGRVEKSPHEQEIKFFAKILLPLINQYFTNHCLYFLSTPAKVLGSGGHASNKEKEMITSLFCKLAALVRHRVSLFGTDAPAVVNCLHILARSLDARTVMKSGPEIVKAGLRSFFESASEDIEKMVENLRLGKVSQARTQVKGVGQNLTYTTVALLPVLTTLFQHIAQHQFGDDVILDDVQVSCYRTLCSIYSLGTTKNTYVEKLRPALGECLARLAAAMPVAFLEPQLNEYNACSVYTTKSPRERAILGLPNSVEEMCPDIPVLDRLMADIGGLAESGARYTEMPHVIEITLPMLCSYLPRWWERGPEAPPPALPAGAPPPCTAVTSDHLNSLLGNILRIIVNNLGIDEATWMKRLAVFAQPIVSRARPELLHSHFIPTIGRLRKRAGKVVAEEEQLRLEAKAEAEEGELLVRDEFSVLCRDLYALYPLLIRYVDNNRAHWLTEPNANAEELFRMVGEIFIYWSKSHNFKREEQNFVVQNEINNMSFLTADSKSKMAKAGDAQSGGSDQERTKKKRRGDRYSVQTSLIVATLKKMLPIGLNMCAPTDQDLIMLAKTRYALKDTDEEVREFLQNNLHLQGKVEGSPSLRWQMALYRGLPGREEDADDPEKIVRRVQEVSAVLYHLEQTEHPYKSKKAVWHKLLSKQRRRAVVACFRMTPLYNLPTHRACNMFLESYKAAWILTEDHSFEDRMIDDLSKAGEQEEEEEEVEEKKPDPLHQLVLHFSRTALTEKSKLDEDYLYMAYADIMAKSCHLEEGGENGEAEEEEVEVSFEEKEMEKQRLLYQQSRLHTRGAAEMVLQMISACKGETGAMVSSTLKLGISILNGGNAEVQQKMLDYLKDKKEVGFFQSIQALMQTCSVLDLNAFERQNKAEGLGMVNEDGTVINRQNGEKVMADDEFTQDLFRFLQLLCEGHNNDFQNYLRTQTGNTTTINIIICTVDYLLRLQESISDFYWYYSGKDVIEEQGKRNFSKAMSVAKQVFNSLTEYIQGPCTGNQQSLAHSRLWDAVVGFLHVFAHMMMKLAQDSSQIELLKELLDLQKDMVVMLLSLLEGNVVNGMIARQMVDMLVESSSNVEMILKFFDMFLKLKDIVGSEAFQDYVTDPRGLISKKDFQKAMDSQKQFTGPEIQFLLSCSEADENEMINFEEFANRFQEPARDIGFNVAVLLTNLSEHVPHDPRLRNFLELAESILEYFRPYLGRIEIMGASRRIERIYFEISETNRAQWEMPQVKESKRQFIFDVVNEGGEAEKMELFVSFCEDTIFEMQIAAQISEPEGEPEADEDEGMGEAAAEGAEEGAAGAEGAAGTVAAGATARLAAAAARALRGLSYRSLRRRVRRLRRLTAREAATALAALLWAVVARAGAAGAGAAAGALRLLWGSLFGGGLVEGAKKVTVTELLAGMPDPTSDEVHGEQPAGPGGDADGAGEGEGEGDAAEGDGDEEVAGHEAGPGGAEGVVAVADGGPFRPEGAGGLGDMGDTTPAEPPTPEGSPILKRKLGVDGEEEELVPEPEPEPEPEPEKADEENGEKEEVPEAPPEPPKKAPPSPPAKKEEAGGAGMEFWGELEVQRVKFLNYLSRNFYTLRFLALFLAFAINFILLFYKVSDSPPGEDDMEGSAAGDLAGAGSGGGSGWGSGAGEEAEGDEDENMVYYFLEESTGYMEPALWCLSLLHTLVAFLCIIGYNCLKVPLVIFKREKELARKLEFDGLYITEQPGDDDVKGQWDRLVLNTPSFPSNYWDKFVKRKVLDKHGDIFGRERIAELLGMDLASLEITAHNERKPDPPPGLLTWLMSIDVKYQIWKFGVIFTDNSFLYLGWYMVMSLLGHYNNFFFAAHLLDIAMGVKTLRTILSSVTHNGKQLVMTVGLLAVVVYLYTVVAFNFFRKFYNKSEDEDEPDMKCDDMMTCYLFHMYVGVRAGGGIGDEIEDPAGDEYELYRVVFDITFFFFVIVILLAIIQGLIIDAFGELRDQQEQVKEDMETKCFICGIGSDYFDTTPHGFETHTLEEHNLANYMFFLMYLINKDETEHTGQESYVWKMYQERCWDFFPAGDCFRKQYEDQLS However, some regions were modeled as UNKs since the exact residue numbers could not be identified although clear density was observed.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RyR1 Ca2+/CHLCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2RyR1COMPLEX#11NATURAL
3FKBP1BCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 2.54 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35780 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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