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- PDB-7cf6: Crystal structure of Beta-aspartyl dipeptidase from thermophilic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cf6
タイトルCrystal structure of Beta-aspartyl dipeptidase from thermophilic keratin degrading Fervidobacterium islandicum AW-1 in complex with beta-Asp-Leu dipeptide
要素Isoaspartyl dipeptidase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Aspartyldipeptidase / thermophilic / feather-degrading bacterial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / beta-aspartyl-peptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M38, beta-aspartyl dipeptidase / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FWO / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Isoaspartyl dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Fervidobacterium islandicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Dhanasingh, I. / La, J.W. / Lee, D.W. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2020
タイトル: Functional Characterization of Primordial Protein Repair Enzyme M38 Metallo-Peptidase From Fervidobacterium islandicum AW-1.
著者: La, J.W. / Dhanasingh, I. / Jang, H. / Lee, S.H. / Lee, D.W.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Isoaspartyl dipeptidase
A: Isoaspartyl dipeptidase
C: Isoaspartyl dipeptidase
D: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,09029
ポリマ－171,3564
非ポリマー2,73425
水2,216123
1
B: Isoaspartyl dipeptidase
A: Isoaspartyl dipeptidase
C: Isoaspartyl dipeptidase
D: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子

B: Isoaspartyl dipeptidase
A: Isoaspartyl dipeptidase
C: Isoaspartyl dipeptidase
D: Isoaspartyl dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,18058
ポリマ－342,7138
非ポリマー5,46750
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
Buried area35880 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area98810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.609, 150.425, 151.996
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-521-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質
Isoaspartyl dipeptidase


分子量: 42839.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fervidobacterium islandicum (バクテリア)
遺伝子: NA23_08080 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1B0VPV0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 148分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FWO / (2S)-2-[[(3S)-3-azanyl-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butanoyl]amino]-4-methyl-pentanoic acid / βAsp-Leu-OH


分子量: 246.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% Tacismate pH 5.0, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 16 % w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.98461 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98461 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 46521 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.327 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 2.5 / Num. measured all: 466994
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.756.91.55223030.3680.6131.6740.85199.4
2.75-2.881.59922540.3790.5881.7070.87699.7
2.8-2.858.91.43123180.5170.51.5190.872100
2.85-2.919.61.28122650.6350.4311.3530.875100
2.91-2.979.81.17923150.7120.391.2430.918100
2.97-3.049.31.06123040.6940.3581.1220.89799.5
3.04-3.1210.10.93222940.8450.3030.9820.91299.7
3.12-3.2110.86123100.8720.2680.9030.93599.8
3.2-3.311.10.73922860.8630.2290.7740.95499.8
3.3-3.4110.61723130.9190.1930.6471.00499.8
3.4-3.5210.90.50723050.9270.1580.5321.06999.7
3.52-3.6610.80.41323300.9520.130.4341.08899.8
3.66-3.8310.60.3423420.9620.1080.3571.112100
3.83-4.039.40.28423050.9640.0950.31.13799.5
4.03-4.2911.10.23423220.9790.0730.2451.117100
4.29-4.62110.19223410.9860.060.2011.18299.8
4.62-5.0810.70.1823710.9860.0560.1881.12799.8
5.08-5.8110.10.18123390.9860.0580.1911.0198.9
5.81-7.3210.50.14823740.9910.0470.1560.88799.1
7.32-509.70.08925300.9970.0290.0940.82599.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CDH

7cdh


解像度: 2.75→47.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 20.242 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2783 1994 5.4 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.2002 34968 77.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 160.97 Å2 / Biso mean: 46.931 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→47.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11521 0 156 123 11800
Biso mean--76.02 30.89 -
残基数----1497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.64215953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1791.58826609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.76651485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6522.948536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.653152118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6661557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022327
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.822 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 35 -
Rwork0.322 658 -
all-693 -
obs--19.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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