PDB-7cdz: Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid N-terminal domain (NT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cdz

タイトル

Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / COVID-19 / RNA binding / nucleocapsid / 2019-nCoV / NTD

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Peng, Y. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Structures of the SARS-CoV-2 nucleocapsid and their perspectives for drug design.
著者: Peng, Y. / Du, N. / Lei, Y. / Dorje, S. / Qi, J. / Luo, T. / Gao, G.F. / Song, H.

履歴

登録	2020年6月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年3月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity_name_com / Item: _entity_name_com.name
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cdz.cif.gz	251.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cdz.ent.gz	178.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cdz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7cdz_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cdz_full_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示
XML形式データ	7cdz_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	7cdz_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cdz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ce0C 2ofzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lm9-d 4j6l-3 4j3k-d 2k4j-d 4lm7-d 4gj0-1 4lmc-d 5e50-2 3p7g-3 4li4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

60.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.266, 55.430, 85.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.382, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N / N / NC 分子量: 15196.905 Da / 分子数: 4 / 断片: NTD / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG, pH6.0, 25 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 50503 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0.998 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.85 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 32.724
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.6 % / Num. unique obs: 4976 / CC_1/2: 0.963 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OFZ

2ofz

解像度: 1.8→29.5 Å / SU ML: 0.175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6605
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	2265	4.85 %
R_work	0.1973	44444	-
obs	0.1987	46709	90.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3956	0	0	611	4567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	4068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8079	5534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0521	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.4143	1492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3184	80	0.2643	1706	X-RAY DIFFRACTION	55.92
1.84-1.88	0.2763	79	0.2519	1995	X-RAY DIFFRACTION	65.3
1.88-1.93	0.2892	105	0.2325	2221	X-RAY DIFFRACTION	73.03
1.93-1.98	0.2425	134	0.2267	2554	X-RAY DIFFRACTION	83.97
1.98-2.04	0.2517	156	0.2173	2785	X-RAY DIFFRACTION	92.02
2.04-2.11	0.2386	161	0.2182	2915	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.11-2.18	0.2437	133	0.2118	3028	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.18-2.27	0.2425	172	0.2111	2953	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.27-2.37	0.2624	155	0.2177	3032	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.37-2.5	0.2599	152	0.2214	2986	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.5-2.66	0.2527	170	0.214	2993	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.66-2.86	0.2409	168	0.2055	2994	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.86-3.15	0.2376	147	0.1963	3023	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.15-3.6	0.2083	148	0.1866	3041	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.6-4.54	0.1895	151	0.163	3079	X-RAY DIFFRACTION	98.93
4.54-29.5	0.1835	154	0.1699	3139	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0397622827261	-0.0158137549145	0.0091040415797	0.0776141867051	-0.0255801329561	0.0452747100824	0.0272512761212	-0.0593529285106	-0.0895196303946	0.0199132839948	0.0264716129458	0.0890217474169	0.0762284958889	-0.0553756582607	0.0116670276803	0.155978284999	-0.020178727872	-0.0111592512646	0.0870895178111	0.0186449708655	0.120679562975	13.4253355695	12.3772063536	32.1926693999
2	0.127337894461	0.0135268735138	-0.0383597445507	0.148510904377	-0.0297272298027	0.0978971874707	0.158342862986	-0.205021549395	-0.0821406995554	0.417624452496	-0.0217489134409	0.371137466277	0.074790215212	-0.0529107971772	0.0925549914055	0.166152743996	-0.0463290677003	0.0783217564639	0.111412642703	0.118183398583	-0.439887033299	13.0650622663	13.7609025067	36.2195902891
3	0.101385866973	0.0531992398494	-0.0229819292428	0.0245948526202	-0.0170406592262	0.0102329001974	0.0932796415552	-0.131121020795	0.101886368927	0.191946303854	-0.105994520064	-0.12392182538	0.114003132565	0.0798434593761	-0.00107565736539	0.207043197578	-0.0175662477314	-0.0261825489654	0.117678047775	-0.00355278476352	0.0511658621545	23.7712245047	18.4812347089	35.833574453
4	0.00115188697758	-0.00199217135018	-0.00160344822741	0.00225311311761	0.00281639196845	0.00211754709227	0.00148860042513	0.0197459922246	-0.00777444996962	-0.0456918972479	0.020657772892	-0.0329073961177	-0.0068670167771	0.0265708471042	-4.66620822657E-6	0.434482923981	-0.0134240256714	-0.104290540309	0.227625417009	-0.0984311359286	0.256695890277	16.1776613256	3.57736574284	27.9418084041
5	0.013129143308	0.00387379265472	0.0220655030134	0.021847963401	0.0130979698853	0.0349087072215	-1.92645417759E-5	0.0211681952173	-0.00853248788486	0.0315452194924	-0.0201475080769	-0.00722265139172	0.0446724239241	0.0816033915442	-0.00462549690309	0.111281141458	0.0202190625446	-0.0226814651684	0.0824281973405	-0.00333944481655	0.128059930855	12.259853762	13.5164074352	11.5123664449
6	0.0037417228154	0.00643617850898	-0.00172508080877	0.0196756259224	-0.00737343922865	0.00254290497259	-0.00977550509243	0.0178471545362	-0.0787422911007	-0.0489453981854	0.0170424607602	-0.0262648971206	0.0781739144153	-0.0651111211378	0.00368860376456	0.183044175889	-0.0249926056851	-0.00627377906549	0.126806633823	-0.0579805577896	0.133097421634	3.86220141202	4.67448576177	5.36383584213
7	0.0251065325235	0.00513994043296	-0.00064903319535	0.0216901134571	0.00735488365008	0.0127250339999	0.00909231008299	0.0388074029431	0.0322712586047	0.0161134373483	-0.000894450782189	0.0763356134939	-0.0188876007405	-0.0882945248015	0.00179648603689	0.0773918453609	0.02825598533	-0.00239517396677	0.145415592308	-0.0118020073015	0.117241267396	3.11186686057	15.4386443118	4.85264363591
8	0.0389619691954	-0.0165807348273	0.0121035243947	0.00752867907537	-0.00638764751343	0.00946555946219	0.0131895544794	-0.00358031927826	-0.0239876533036	0.00925394419609	0.00506065832201	-0.05941299328	0.0177079552546	0.0500438789879	-0.00609887822947	0.13095893154	0.0285820572264	-0.0500234223585	0.263972281706	-0.0365534970625	0.136694380869	30.1189467791	11.7759212482	19.5081926562
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29	-0.000376940449039	-0.000339695716061	0.00214940137069	0.00139199187174	-0.00315885118093	0.00756937894453	-0.0054922831019	0.0778246050776	-0.0111394377518	-0.0794944650596	0.0471397599921	-0.0106673785482	0.026366396662	0.00641194797053	-7.50498041E-6	0.120539258168	-0.000358196697827	-0.00656072153044	0.187240454849	0.0447393453934	0.129839521076	38.3817653528	27.7902828094	9.48188841331
30	0.0115664218697	0.00989870227296	-0.0130591004364	0.0073750308545	-0.0097534468646	0.0185257230197	0.0118745580593	-0.0324780195499	0.0231875509287	-0.0176689890706	0.00956713200693	-0.0229045044691	-0.01687642535	0.0428543343583	0.00618402057679	0.168116909675	-0.0860168431471	0.0131164735545	0.262419173478	0.0764599235136	0.193645724424	38.8550591135	38.6318511721	6.56671154166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 122 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 20 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 30 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 31 through 47 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 48 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 69 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 70 through 91 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 92 through 101 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 102 through 111 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 112 through 121 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 122 through 130 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 5 through 20 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 21 through 30 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 31 through 47 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 48 through 62 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 63 through 91 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 92 through 121 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 122 through 130 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 5 through 24 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 25 through 34 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 35 through 47 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 48 through 57 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 58 through 63 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 64 through 69 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 70 through 111 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 112 through 121 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 122 through 131 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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