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万見
- PDB-7cdb: Structure of GABARAPL1 in complex with GABA(A) receptor gamma 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cdb
タイトルStructure of GABARAPL1 in complex with GABA(A) receptor gamma 2
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


substrate localization to autophagosome / GABA receptor activation / Macroautophagy / glycophagy / inhibitory synapse / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / Tat protein binding ...substrate localization to autophagosome / GABA receptor activation / Macroautophagy / glycophagy / inhibitory synapse / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / Tat protein binding / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / autophagy of mitochondrion / GABA receptor binding / inhibitory synapse assembly / cellular response to nitrogen starvation / synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / adult behavior / chloride channel activity / autophagosome membrane / chloride channel complex / autophagosome assembly / GABA-ergic synapse / transmembrane transporter complex / autophagosome / regulation of postsynaptic membrane potential / protein-membrane adaptor activity / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / cytoskeletal protein binding / dendrite cytoplasm / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / macroautophagy / cytoplasmic vesicle membrane / cell body / postsynapse / chemical synaptic transmission / microtubule / neuron projection / axon / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / synapse / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å
データ登録者Li, J. / Ye, J. / Zhu, R. / Kong, C. / Zhang, M. / Wang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31670734 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of GABARAP-mediated GABA A receptor trafficking and functions on GABAergic synaptic transmission.
著者: Ye, J. / Zou, G. / Zhu, R. / Kong, C. / Miao, C. / Zhang, M. / Li, J. / Xiong, W. / Wang, C.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
C: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8136
ポリマ－31,3693
非ポリマー4433
水1,51384
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8943
ポリマ－14,6431
非ポリマー2512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
C: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9193
ポリマ－16,7272
非ポリマー1921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.379, 89.379, 115.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

21A-319-

HOH

31A-324-

HOH

41A-347-

HOH

51A-348-

HOH

61B-311-

HOH

71B-334-

HOH

詳細In the crystal, the binding pocket of chain A for GABA(A) receptor is blocked by the ligand CIT. This prevents chain A from forming a heterodimer with another molecular of GABA(A) receptor.

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular epithelial cell protein 1 / GEC-1


分子量: 14642.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gabarapl1, Apg8l, Atg8l, Gec1, MNCb-0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8R3R8
#2: タンパク質・ペプチド Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / GABA(A) receptor subunit gamma-2


分子量: 2084.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gabrg2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22723
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, and 30% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→50 Å / Num. obs: 19730 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 15.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.228 / Χ2: 1.332 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.9813.90.9619670.7750.2650.9990.97398.3
1.98-2.0214.10.8449790.7790.230.8770.9898.2
2.02-2.06140.7429830.8460.2040.7711.00298.3
2.06-2.114.20.6449750.8670.1750.6691.00598.1
2.1-2.1514.20.639880.8840.1720.6551.00797.9
2.15-2.214.30.5449680.9030.1480.5651.02597.7
2.2-2.2514.20.4749830.9230.1290.4921.05197.6
2.25-2.3114.40.4269840.9390.1150.4421.06297.3
2.31-2.3814.40.4169630.9460.1130.4321.06597.4
2.38-2.4614.60.3839800.9430.1030.3971.08196.9
2.46-2.5414.60.3079870.9670.0820.3191.0997.1
2.54-2.6514.60.2929840.9660.0780.3031.10996.7
2.65-2.7714.80.2399770.9780.0640.2481.14796.5
2.77-2.9114.70.2249830.9840.060.2331.21296.3
2.91-3.114.60.199920.9850.050.1971.46796.1
3.1-3.3314.60.1519840.9930.040.1571.95995.5
3.33-3.6714.30.1329820.9950.0350.1372.23895.2
3.67-4.214.20.1119960.9950.0290.1152.44194.3
4.2-5.2914.10.07910060.9970.0210.0821.91293.3
5.29-5013.80.07610690.9980.020.0791.74190.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R2Q

2r2q


解像度: 1.949→36.681 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 982 4.98 %
Rwork0.1974 18747 -
obs0.1991 19729 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.02 Å2 / Biso mean: 19.462 Å2 / Biso min: 3.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.949→36.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2111 0 30 84 2225
Biso mean--31.73 16.86 -
残基数----259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9673018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2631339
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9492-2.05190.25921580.2162264298
2.0519-2.18050.28991280.215265498
2.1805-2.34880.26641450.2097266698
2.3488-2.58510.23571230.2182265297
2.5851-2.95910.26751360.2147267397
2.9591-3.72750.22971330.1891269696
3.7275-36.6810.1781590.1689276493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.124-0.57250.6721.70970.58461.0094-0.1589-0.3293-0.24950.0609-0.0026-0.1438-0.03750.15190.12750.0572-0.0019-0.01350.1040.04710.111120.65161.333912.6358
20.1261-0.3834-0.45581.52881.64571.83230.10920.21170.1733-0.36540.0269-0.2471-0.58750.1063-0.18960.1882-0.02050.05710.23780.05660.1611127.438867.765-1.7786
30.8957-0.0362-0.13871.0336-0.09281.6213-0.08440.1175-0.1408-0.1591-0.0631-0.24220.17070.22260.09790.09960.00540.03180.11690.00250.1087119.758551.4244-0.0196
41.00830.28190.11871.07470.41310.8677-0.00220.0403-0.1038-0.1342-0.0627-0.05270.10930.1098-0.00580.06340.00720.00180.0582-0.00090.062113.316954.88444.0834
52.8121-1.9835-0.83593.51931.86951.0211-0.0495-0.08730.13340.210.11250.1049-0.1187-0.2005-0.02810.10670.02260.06530.1104-0.02580.1177129.798332.8188-3.1164
60.0329-0.02470.11330.4417-0.15290.40550.00880.0940.1184-0.1174-0.05730.0699-0.1102-0.0162-0.15410.26470.1448-0.0590.2390.09840.3249125.600343.4733-16.287
71.59010.72450.82081.53480.56282.98490.083-0.04160.2920.0293-0.1510.0206-0.1157-0.0250.03610.11390.03920.05280.12370.02240.1447137.697341.5454-5.9063
81.1645-0.9672-0.2741.34310.18360.91030.08690.00540.29210.01150.00910.0169-0.28180.01430.06910.1738-0.01710.0550.04930.00120.1494145.2543.0927-10.4009
94.8780.53671.72283.79131.1314.99230.0859-0.32260.44240.30720.0432-0.4411-0.46140.3150.06960.1546-0.02020.02230.1196-0.0210.1689149.954336.0046-0.8265
102.588-0.18540.42631.3933-0.13170.20830.04980.0493-0.0068-0.08-0.04550.0352-0.0945-0.1002-0.01270.07340.03440.00710.07310.00910.0715138.86832.8188-11.2679
114.80170.13431.38311.9863-0.38933.3424-0.00920.09710.4787-0.01790.02220.1341-0.6139-0.22270.00260.35780.0180.13990.15390.01450.4284136.062951.6428-11.3484
122.35521.67980.24336.5539-3.3032.2816-0.06670.18820.13210.06030.22770.51960.0096-0.1203-0.20910.6967-0.32190.28530.5555-0.15650.6392152.708849.2218-11.1297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 10 )A-4 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 24 )A11 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 67 )A25 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 68 through 117 )A68 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -4 through 10 )B-4 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 11 through 24 )B11 - 24
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 47 )B25 - 47
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 48 through 68 )B48 - 68
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 69 through 79 )B69 - 79
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 80 through 117 )B80 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 49 through 57 )C49 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 58 through 63 )C58 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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