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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cd4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the S103F mutant of Bacillus subtilis (natto) YabJ protein. | ||||||
![]() | YabJ protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Mutant / Homotetramer | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Kimura, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tetramer formation of Bacillus subtilis YabJ protein that belongs to YjgF/YER057c/UK114 family. 著者: Fujimoto, Z. / Hong, L.T.T. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Kimura, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 13727.664 Da / 分子数: 4 / 変異: S103F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: BEST195 / 遺伝子: yabJ, BSNT_00084 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 209分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-BTB / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 13.5 % PEG 3350, 1 mM zinc acetate, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris buffer pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 34597 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3375 / Χ2: 1.184 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5Y6U 解像度: 2.1→66.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.593 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.553 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→66.68 Å
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拘束条件 |
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