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- PDB-7cch: Acinetobacter baumannii histidine kinase AdeS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cch
タイトルAcinetobacter baumannii histidine kinase AdeS
要素AdeS
キーワードSIGNALING PROTEIN / Two-Component regulatory system / Acinetobacter baumannii / Histidine Kinase / AdeS / Multidrug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...: / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.848 Å
データ登録者Wen, Y. / Felix, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870132 中国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2021
タイトル: Proteolysis and multimerization regulate signaling along the two-component regulatory system AdeRS.
著者: Zhenlin Ouyang / Fang Zheng / Li Zhu / Jan Felix / Di Wu / Ke Wu / Irina Gutsche / Yi Wu / Peter M Hwang / Junjun She / Yurong Wen /
要旨: Bacterial two-component regulatory systems are ubiquitous environment-sensing signal transducers involved in pathogenesis and antibiotic resistance. The two-component regulatory system AdeRS is made ...Bacterial two-component regulatory systems are ubiquitous environment-sensing signal transducers involved in pathogenesis and antibiotic resistance. The two-component regulatory system AdeRS is made up of a sensor histidine kinase AdeS and a cognate response regulator AdeR, which together reduce repression of the multidrug-resistant efflux pump AdeABC. Herein we demonstrate that an N-terminal intrinsically disordered tail in AdeR is important for the upregulation of expression, although it greatly increases the susceptibility of AdeR to proteasome-mediated degradation. We also show that AdeS assembles into a hexameric state that is necessary for its full histidine kinase activity, which appears to occur via autophosphorylation. Taken together, this study demonstrates new structural mechanisms through which two-component systems can transduce environmental signals to impact gene expression and enlightens new potential antimicrobial approach by targeting two-component regulatory systems.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AdeS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9091
ポリマ－25,9091
非ポリマー00
水00
1
A: AdeS

A: AdeS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8172
ポリマ－51,8172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area2530 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.052, 141.052, 50.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 AdeS


分子量: 25908.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: adeS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3TGV8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.7 M Sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.848→40.718 Å / Num. obs: 7192 / % possible obs: 97.53 % / 冗長度: 25.3 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Num. unique obs: 708 / CC1/2: 0.909

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LFK

5lfk


解像度: 2.848→40.718 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2838 720 10.01 %
Rwork0.2489 6472 -
obs0.2523 7192 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 191.23 Å2 / Biso mean: 100.0485 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.848→40.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1526 0 0 0 1526
残基数----197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.848-3.06760.37921420.33151279100
3.0676-3.37620.35241430.3141290100
3.3762-3.86440.33921290.2938115488
3.8644-4.86740.25421470.23371325100
4.8674-40.7180.2631590.22651424100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.7488 Å / Origin y: -49.917 Å / Origin z: 4.1076 Å
111213212223313233
T0.8136 Å20.0557 Å20.2839 Å2-0.809 Å2-0.0245 Å2--0.6136 Å2
L4.441 °21.6807 °2-0.5584 °2-1.6175 °2-0.2797 °2--1.5824 °2
S0.2012 Å °-0.368 Å °0.5567 Å °0.4901 Å °0.1197 Å °0.4449 Å °-0.4307 Å °0.0235 Å °-0.2463 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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