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- PDB-7ccg: Crystal structure of ClA1, a kind of a chlorinase from soil bacteria -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ccg
タイトルCrystal structure of ClA1, a kind of a chlorinase from soil bacteria
要素DNA-directed RNA polymerase subunit delta
キーワードCELL INVASION / Chlorinated enzyme / ClA1
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex
類似検索 - 分子機能
S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-CHLORO-5'-DEOXYADENOSINE / METHIONINE / DNA-directed RNA polymerase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces albulus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ouyang, Z. / Li, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of ClA1, a type of chlorinase from soil bacteria.
著者: Miao, Y. / Yu, J. / Ouyang, Z. / Sun, H. / Li, Y.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7263
ポリマ－28,2911
非ポリマー4352
水1,56787
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子

A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子

A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1789
ポリマ－84,8733
非ポリマー1,3056
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.511, 96.511, 76.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-448-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit delta


分子量: 28291.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces albulus (バクテリア)
遺伝子: DC74_7605, SALB_08549, SALB_08560 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059WF38
#2: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-5CD / 5'-CHLORO-5'-DEOXYADENOSINE / 5′-クロロ-5′-デオキシアデノシン


分子量: 285.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12ClN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M potassium chloride, 0.1 M sodium HEPES pH7.5, 15% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 22423 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 39.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 39.19
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.555 / Num. unique obs: 1111 / CC1/2: 0.76 / Rrim(I) all: 0.854

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RZ2

6rz2


解像度: 1.85→5 Å / SU ML: 0.2253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 26.7583
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 1975 8.81 %
Rwork0.2005 20443 -
obs0.2031 22418 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 28 87 2052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01152017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30022769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0677334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7638279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.31691400.29021443X-RAY DIFFRACTION98.88
1.9-1.950.30751460.27151471X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.010.27821430.24661472X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.070.30571360.26451459X-RAY DIFFRACTION99.94
2.07-2.140.2721440.24091475X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.230.29631430.22331473X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.330.27571420.2281447X-RAY DIFFRACTION99.75
2.33-2.450.23871400.21441485X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.610.25921410.22511456X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.23841400.21281464X-RAY DIFFRACTION99.94
2.81-3.090.2331450.2171454X-RAY DIFFRACTION99.63
3.09-3.540.25151360.21291458X-RAY DIFFRACTION99.01
3.54-4.450.2051370.17371448X-RAY DIFFRACTION98.26
4.46-27.860.18761420.16891438X-RAY DIFFRACTION98.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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