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万見
- PDB-7ccd: Sulfur binding domain of SprMcrA complexed with phosphorothioated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ccd
タイトルSulfur binding domain of SprMcrA complexed with phosphorothioated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AS*AP*CP*GP*TP*G)-3')
  • HNHc domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / sulfur binding domain / restriction enzyme / phosphorothioated DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性HNH endonuclease / HNH endonuclease / HNH nucleases / HNH nuclease / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding / DNA / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)
Escherichia coli B7A (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Yu, H. / Li, J. / Liu, G. / Zhao, G. / Wang, Y. / Hu, W. / Deng, Z. / Gan, J. / Zhao, Y. / He, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670034 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470195 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21661140002 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: DNA backbone interactions impact the sequence specificity of DNA sulfur-binding domains: revelations from structural analyses.
著者: Yu, H. / Li, J. / Liu, G. / Zhao, G. / Wang, Y. / Hu, W. / Deng, Z. / Wu, G. / Gan, J. / Zhao, Y.L. / He, X.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HNHc domain-containing protein
E: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AS*AP*CP*GP*TP*G)-3')
B: HNHc domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AS*AP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9106
ポリマ－49,9106
非ポリマー00
水41423
1
A: HNHc domain-containing protein
E: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AS*AP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9553
ポリマ－24,9553
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
2
B: HNHc domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AS*AP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9553
ポリマ－24,9553
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.940, 48.940, 56.190
Angle α, β, γ (deg.)107.040, 109.790, 97.260
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C
21chain E
12(chain A and resid 2 through 165)
22chain B
13chain D
23chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11DCDCDCDCchain CCE1 - 101 - 10
21DCDCDCDCchain EEB1 - 101 - 10
12PROPROGLYGLY(chain A and resid 2 through 165)AA2 - 1651 - 164
22PROPROGLYGLYchain BBD2 - 1651 - 164
13DGDGDGDGchain DDF1 - 101 - 10
23DGDGDGDGchain FFC1 - 101 - 10

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 HNHc domain-containing protein


分子量: 18848.174 Da / 分子数: 2 / 断片: Sulfur binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces pristinaespiralis (バクテリア)
遺伝子: SPRI_5136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4DML1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 2980.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli B7A (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AS*AP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3126.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli B7A (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate, BIS-TRIS pH5.5, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→28.63 Å / Num. obs: 13319 / % possible obs: 80.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.99 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 46693 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.42-2.513.50.628513814710.6850.3890.742.185
9.05-28.633.60.03410292880.9980.0210.0427.692

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALA0.5.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZMO

5zmo


解像度: 2.42→28.626 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 749 5.62 %
Rwork0.2011 12568 -
obs0.2037 13317 80.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.33 Å2 / Biso mean: 47.7966 Å2 / Biso min: 21.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.42→28.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2613 808 0 23 3444
Biso mean---34.08 -
残基数----373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0345023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3991953
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C192X-RAY DIFFRACTION9.077TORSIONAL
12E192X-RAY DIFFRACTION9.077TORSIONAL
21A1510X-RAY DIFFRACTION9.077TORSIONAL
22B1510X-RAY DIFFRACTION9.077TORSIONAL
31D166X-RAY DIFFRACTION9.077TORSIONAL
32F166X-RAY DIFFRACTION9.077TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.42-2.60670.30071680.2678262784
2.6067-2.86880.31371550.2551260783
2.8688-3.28350.23221420.234244578
3.2835-4.13480.26291310.1874238276
4.1348-28.6260.2131530.1632250780
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.8177 Å / Origin y: -16.7683 Å / Origin z: -61.7455 Å
111213212223313233
T0.2711 Å2-0.0038 Å2-0.0475 Å2-0.2586 Å20.0426 Å2--0.2853 Å2
L0.971 °2-0.509 °2-1.23 °2-0.5943 °20.9442 °2--1.8367 °2
S0.0108 Å °0.0904 Å °0.0735 Å °-0.041 Å °0.0267 Å °-0.0367 Å °-0.0688 Å °-0.0977 Å °-0.0148 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 170
2X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 165
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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