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万見
- PDB-7cc7: Tetratricopeptide repeat (TPR) domain of protein tyrosine phospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cc7
タイトルTetratricopeptide repeat (TPR) domain of protein tyrosine phosphatase-interacting protein 51 (PTPIP51)
要素Regulator of microtubule dynamics protein 3
キーワードLIPID TRANSPORT / TPR / PTPIP51 / mitochondria / endoplasmic reticulum / MAM / phopsphplipid
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle membrane contact site / intercellular bridge / mitotic spindle pole / spindle microtubule / intracellular calcium ion homeostasis / microtubule binding / mitochondrial outer membrane / membrane => GO:0016020 / cell differentiation / apoptotic process ...organelle membrane contact site / intercellular bridge / mitotic spindle pole / spindle microtubule / intracellular calcium ion homeostasis / microtubule binding / mitochondrial outer membrane / membrane => GO:0016020 / cell differentiation / apoptotic process / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PARA-TOLUENE SULFONATE / Regulator of microtubule dynamics protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lee, B.I. / Park, T.H. / Yeo, H.K.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1002545 韓国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2021
タイトル: Phospholipid transfer function of PTPIP51 at mitochondria-associated ER membranes.
著者: Yeo, H.K. / Park, T.H. / Kim, H.Y. / Jang, H. / Lee, J. / Hwang, G.S. / Ryu, S.E. / Park, S.H. / Song, H.K. / Ban, H.S. / Yoon, H.J. / Lee, B.I.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.42021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.52024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of microtubule dynamics protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4034
ポリマ－26,9661
非ポリマー4363
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.025, 80.025, 202.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Regulator of microtubule dynamics protein 3 / hRMD-3 / Cerebral protein 10 / Protein FAM82A2 / Protein FAM82C / Protein tyrosine phosphatase- ...hRMD-3 / Cerebral protein 10 / Protein FAM82A2 / Protein FAM82C / Protein tyrosine phosphatase-interacting protein 51 / TCPTP-interacting protein 51


分子量: 26966.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RMDN3, FAM82A2, FAM82C, PTPIP51, hucep-10, UNQ3122/PRO10274
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96TC7
#2: 化合物 ChemComp-TSU / PARA-TOLUENE SULFONATE / p-トルエンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.0 and 30% (w/v) SOKALAN CP-42

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 68214 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 58.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.771 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique obs: 4398 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.851 / Rsym value: 0.742 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→37.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 0.901 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 3417 5 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.1928 64737 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.13 Å2 / Biso mean: 22.49 Å2 / Biso min: 12.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→37.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1824 0 28 224 2076
Biso mean--28.17 33.32 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0361.6322564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5781.5784116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6035230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.8123.301103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64315350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.31511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02393
LS精密化 シェル解像度: 1.451→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 261 -
Rwork0.257 4637 -
all-4898 -
obs--98.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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