PDB-7cbx: Crystal structure of MAP2K7 complexed with a covalent inhibitor 12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cbx

タイトル

Crystal structure of MAP2K7 complexed with a covalent inhibitor 12

要素

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7

キーワード

TRANSFERASE / Protein kinase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere maintenance / MAP kinase kinase activity / response to tumor necrosis factor / Uptake and function of anthrax toxins / cellular response to interleukin-1 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.061 Å

データ登録者

Kinoshita, T. / Murakawa, Y.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for producing selective MAP2K7 inhibitors.
著者: Murakawa, Y. / Valter, S. / Barr, H. / London, N. / Kinoshita, T.

履歴

登録	2020年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cbx.cif.gz	78.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cbx.ent.gz	53.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cbx_validation.pdf.gz	761.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cbx_full_validation.pdf.gz	764.2 KB	表示
XML形式データ	7cbx_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	7cbx_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y90S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qft-d 5x5o-d 6x8v-1 6qg4-d 6yg4-d 3kl8-4 5vo1-d 4y85-2 6ib2-d 4dei-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.965, 70.517, 84.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7 / MAPKK 7 / JNK-activating kinase 2 / MAPK/ERK kinase 7 / MEK 7 / Stress-activated protein kinase ...MAPKK 7 / JNK-activating kinase 2 / MAPK/ERK kinase 7 / MEK 7 / Stress-activated protein kinase kinase 4 / SAPKK4 / c-Jun N-terminal kinase kinase 2 / JNKK 2 分子量: 36851.641 Da / 分子数: 1 / 変異: C218S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K7, JNKK2, MEK7, MKK7, PRKMK7, SKK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O14733, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-FU6 / 3-(1H-indazol-3-yl)-5-(prop-2-enoylamino)-N-prop-2-ynyl-benzamide 分子量: 344.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₆N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 23058 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.06→2.19 Å / R_merge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 3634

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5y90

5y90

解像度: 2.061→46.162 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.226 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	1245	5.399 %
R_work	0.1816	21813	-
all	0.184	-	-
obs	-	23058	99.801 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.176 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.318 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.142 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.061→46.162 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2244	0	32	104	2380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.696	1.657	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.36	1.59	5213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.948	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.19	21.88	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.02	15	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.242	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.259	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.857	3.913	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.856	3.91	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.646	5.838	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.645	5.843	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.195	4.563	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.195	4.563	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.769	6.573	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.767	6.574	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.343	74.244	9476
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.342	74.243	9476

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.061-2.114	0.297	84	0.258	1578	X-RAY DIFFRACTION	98.285
2.114-2.172	0.239	84	0.22	1547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.172-2.235	0.265	76	0.203	1495	X-RAY DIFFRACTION	99.9364
2.235-2.303	0.249	98	0.197	1449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.303-2.379	0.234	70	0.191	1432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.379-2.462	0.263	83	0.189	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.555	0.236	78	0.189	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.659	0.274	60	0.187	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.659-2.777	0.236	70	0.203	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.777-2.912	0.252	82	0.194	1181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.912-3.069	0.266	66	0.205	1121	X-RAY DIFFRACTION	100
3.069-3.255	0.237	59	0.203	1067	X-RAY DIFFRACTION	100
3.255-3.478	0.228	65	0.193	1001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.756	0.221	53	0.177	941	X-RAY DIFFRACTION	99.7992
3.756-4.112	0.2	53	0.164	868	X-RAY DIFFRACTION	99.7833
4.112-4.594	0.156	41	0.145	798	X-RAY DIFFRACTION	99.881
4.594-5.299	0.208	52	0.151	706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.299-6.474	0.163	29	0.18	618	X-RAY DIFFRACTION	100
6.474-9.091	0.231	25	0.154	488	X-RAY DIFFRACTION	99.8055
9.091-46.162	0.203	17	0.178	291	X-RAY DIFFRACTION	96.8553

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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