PDB-7cbr: Blasnase-T13A with D-asn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cbr

タイトル

Blasnase-T13A with D-asn

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / substrate / complex / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular anatomical structure / asparagine metabolic process / asparaginase / asparaginase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus paralicheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lu, F. / Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of l-asparaginase from Bacillus licheniformis Reveal an Essential Residue for its Substrate Stereoselectivity.
著者: Ran, T. / Jiao, L. / Wang, W. / Chen, J. / Chi, H. / Lu, Z. / Zhang, C. / Xu, D. / Lu, F.

履歴

登録	2020年6月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cbr.cif.gz	253.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cbr.ent.gz	203.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cbr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cbr_validation.pdf.gz	6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cbr_full_validation.pdf.gz	6 MB	表示
XML形式データ	7cbr_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	7cbr_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c8qC 7c8xC 7c91SC 7cb4C 7cbuC 7cbwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c8x-d 7cb4-d 7cbw-d 7c91-d 7c8q-d 5b5u-1 1mji-d 7m0u-d 3pnq-1 4ra6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

ヘテロ分子

83.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.311, 92.311, 232.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-571- HOH
2	1	A-726- HOH
3	1	B-592- HOH
4	1	B-773- HOH

#1: タンパク質	L-asparaginase / BlAsnase 分子量: 41405.742 Da / 分子数: 2 / 変異: Y278M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus paralicheniformis (バクテリア) 遺伝子: B4121_3474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q8GMZ7, UniProt: A0A6I7U6Y2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-DSG / D-ASPARAGINE / D-アスパラギンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.952 Å / Num. obs: 93702 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.1 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 26.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4554 / CC_1/2: 0.84 / R_pim(I) all: 0.308

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C91

7c91

解像度: 1.8→19.952 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	4589	4.903 %
R_work	0.1686	89002	-
all	0.169	-	-
obs	-	93591	99.889 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.66 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4935	0	37	505	5477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5061
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.706	1.646	6847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.286	1.581	10975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.03	22.698	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.676	15	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.293	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.189	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.612	3.098	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.611	3.098	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.393	4.622	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.393	4.622	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.507	3.37	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.513	3.372	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.895	4.914	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.894	4.914	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.785	37.652	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.717	37.211	5639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.291	338	0.278	6516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.897	0.291	308	0.255	6313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.952	0.253	300	0.219	6184	X-RAY DIFFRACTION	99.9846
1.952-2.012	0.218	291	0.195	5978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.2	307	0.189	5808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.199	297	0.181	5629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.232	0.203	264	0.177	5430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.323	0.194	297	0.176	5210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.323-2.427	0.191	277	0.17	5049	X-RAY DIFFRACTION	99.9812
2.427-2.545	0.18	268	0.163	4775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.683	0.184	230	0.165	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.845	0.179	222	0.167	4375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.041	0.186	213	0.175	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.285	0.186	174	0.168	3875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.598	0.162	179	0.157	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.598-4.021	0.154	191	0.14	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
4.021-4.642	0.142	144	0.131	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
4.642-5.681	0.177	122	0.158	2456	X-RAY DIFFRACTION	100
5.681-8.016	0.186	113	0.184	1948	X-RAY DIFFRACTION	100
8.016-19.952	0.149	54	0.169	1091	X-RAY DIFFRACTION	91.8941

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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