PDB-7cbq: Crystal structure of PDE4D catalytic domain in complex with Apremilast

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cbq

タイトル

Crystal structure of PDE4D catalytic domain in complex with Apremilast

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE / PDE4D / inhibitor / Complex structure / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Zhang, X.L. / Xu, Y.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design, synthesis, and biological evaluation of tetrahydroisoquinolines derivatives as novel, selective PDE4 inhibitors for antipsoriasis treatment.
著者: Zhang, R. / Li, H. / Zhang, X. / Li, J. / Su, H. / Lu, Q. / Dong, G. / Dou, H. / Fan, C. / Gu, Z. / Mu, Q. / Tang, W. / Xu, Y. / Liu, H.

履歴

登録	2020年6月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cbq.cif.gz	292.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cbq.ent.gz	235 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cbq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cbq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7cbq_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	7cbq_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cbjC 6inkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6im6-d 1xlx-d 6f6u-d 5wh5-d 2pw3-d 1xm4-d 1xot-d 1xn0-d 6f8t-d 6ink-d 6lrm-d 6kk0-d 6imt-d 6cyc-d 6fdc-d 1xmu-d 6ind-d 1xor-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.787, 80.221, 163.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 425分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-A9L / N-{2-[(1S)-1-(3-ethoxy-4-methoxyphenyl)-2-(methylsulfonyl)ethyl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}acetamide / アプレミラスト分子量: 460.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₂O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10% isopropanol, 30% EG, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 104898 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 0.968 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 1332411

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.58-1.61	10	0.648	5113	0.93	0.204	0.681	0.843	99.4
1.61-1.64	11.1	0.606	5187	0.942	0.184	0.635	0.886	99.7
1.64-1.67	11.7	0.56	5186	0.958	0.167	0.585	0.87	100
1.67-1.7	12.2	0.506	5179	0.965	0.149	0.528	0.894	100
1.7-1.74	12.6	0.466	5181	0.964	0.136	0.486	0.911	100
1.74-1.78	12.3	0.385	5195	0.976	0.113	0.401	0.963	100
1.78-1.82	12.6	0.335	5195	0.978	0.098	0.35	0.993	100
1.82-1.87	13.6	0.298	5202	0.983	0.084	0.31	1.01	100
1.87-1.93	13.7	0.251	5203	0.986	0.07	0.261	1.04	100
1.93-1.99	13.5	0.211	5221	0.989	0.06	0.22	1.087	100
1.99-2.06	13.2	0.178	5212	0.992	0.051	0.185	1.111	100
2.06-2.14	12.5	0.152	5223	0.993	0.045	0.159	1.181	100
2.14-2.24	13	0.135	5219	0.994	0.039	0.14	1.17	100
2.24-2.36	13.6	0.121	5260	0.994	0.034	0.126	1.139	100
2.36-2.51	13.5	0.108	5248	0.995	0.031	0.112	1.098	100
2.51-2.7	13	0.098	5251	0.996	0.028	0.102	1.05	100
2.7-2.97	12.9	0.087	5309	0.996	0.025	0.091	0.985	100
2.97-3.4	13.6	0.075	5329	0.997	0.021	0.078	0.843	100
3.4-4.29	12.6	0.064	5368	0.998	0.019	0.067	0.714	100
4.29-50	12.6	0.054	5617	0.998	0.016	0.057	0.514	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6INK

6ink

解像度: 1.59→45.07 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	5070	4.99 %
R_work	0.1764	96515	-
obs	0.1779	101585	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.59 Å² / B_iso mean: 20.2052 Å² / B_iso min: 4.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.59→45.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5198	0	113	407	5718
B_iso mean	-	-	26.24	29.37	-
残基数	-	-	-	-	651

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.59-1.6	0.2471	102	0.2019	1921	2023	58
1.6-1.62	0.2209	125	0.1976	2571	2696	78
1.62-1.64	0.2219	134	0.192	2775	2909	83
1.64-1.66	0.2153	163	0.2013	2874	3037	88
1.66-1.68	0.2386	151	0.1966	3055	3206	91
1.68-1.71	0.2147	161	0.1982	3146	3307	96
1.71-1.73	0.2254	150	0.1925	3221	3371	97
1.73-1.76	0.2069	162	0.1981	3282	3444	99
1.76-1.79	0.2398	173	0.1939	3308	3481	99
1.79-1.82	0.24	182	0.1936	3268	3450	100
1.82-1.85	0.2299	188	0.1927	3319	3507	100
1.85-1.88	0.2491	188	0.1914	3309	3497	100
1.88-1.92	0.2006	164	0.181	3314	3478	100
1.92-1.96	0.2196	185	0.1824	3342	3527	100
1.96-2	0.2221	188	0.1809	3247	3435	100
2-2.04	0.2084	177	0.1796	3322	3499	100
2.04-2.1	0.1971	185	0.1737	3320	3505	100
2.1-2.15	0.1815	161	0.1722	3324	3485	100
2.15-2.22	0.2124	187	0.1663	3319	3506	100
2.22-2.29	0.176	173	0.1682	3334	3507	100
2.29-2.37	0.2135	159	0.1742	3385	3544	100
2.37-2.46	0.2204	171	0.1678	3321	3492	100
2.46-2.58	0.1941	190	0.1762	3333	3523	100
2.58-2.71	0.2293	167	0.181	3357	3524	100
2.71-2.88	0.1988	175	0.1724	3378	3553	100
2.88-3.1	0.2127	199	0.1776	3372	3571	100
3.1-3.42	0.1933	174	0.1755	3384	3558	100
3.42-3.91	0.1946	188	0.1757	3397	3585	100
3.91-4.92	0.177	156	0.1527	3477	3633	100
4.92-45.07	0.1921	192	0.1747	3540	3732	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 78.9878 Å / Origin y: 163.4871 Å / Origin z: 46.7132 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0446 Å²	0.0116 Å²	0.0211 Å²	-	0.057 Å²	0.0098 Å²	-	-	0.0867 Å²
L	0.1499 °²	-0.1288 °²	0.0158 °²	-	0.3151 °²	0.1144 °²	-	-	1.095 °²
S	-0.0473 Å °	-0.0436 Å °	0.0148 Å °	0.0765 Å °	0.0694 Å °	0.021 Å °	0.0656 Å °	0.0848 Å °	-0.005 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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