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- PDB-7cba: Crystal structure of snake venom phosphodiesterase (PDE) from Tai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cba
タイトルCrystal structure of snake venom phosphodiesterase (PDE) from Taiwan cobra (Naja atra atra) in complex with isorhamnetin and citrate
要素Venom phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / ATP-hydrolysis glycoprotein enpp inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP phosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / toxin activity / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease ...Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / isorhamnetin / Venom phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Naja atra (タイワンコブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Lin, I.J. / Lin, C.C. / Wu, W.G.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)107-2311-B-007 -012 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of snake venom phosphodiesterase (PDE) from Taiwan cobra (Naja atra atra) in complex with isorhamnetin and citrate
著者: Lin, I.J. / Lin, C.C. / Wu, W.G.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Venom phosphodiesterase
B: Venom phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,53821
ポリマ－189,4582
非ポリマー4,08019
水00
1
A: Venom phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,87911
ポリマ－94,7291
非ポリマー2,15110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
2
B: Venom phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,65810
ポリマ－94,7291
非ポリマー1,9299
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.186, 168.619, 93.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 67 through 125 or resid 131...
21(chain B and (resid 67 through 453 or resid 457...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 67 through 125 or resid 131...A67 - 125
121(chain A and (resid 67 through 125 or resid 131...A131 - 626
131(chain A and (resid 67 through 125 or resid 131...A639 - 850
141(chain A and (resid 67 through 125 or resid 131...A861 - 862
151(chain A and (resid 67 through 125 or resid 131...A865 - 866
211(chain B and (resid 67 through 453 or resid 457...B67 - 453
221(chain B and (resid 67 through 453 or resid 457...B457 - 850
231(chain B and (resid 67 through 453 or resid 457...B852 - 853
241(chain B and (resid 67 through 453 or resid 457...B857 - 858

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Venom phosphodiesterase / PDE


分子量: 94728.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ)
参照: UniProt: A0A2D0TC04, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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糖 , 2種, 9分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 10分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-IRH / isorhamnetin / 3,5,7-trihydroxy-2-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)-4H-1-benzopyran-4-one / イソラムネチン


分子量: 316.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 42715 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.851 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 153134
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-32.90.46538040.7760.3140.5640.80187.2
3-3.123.30.38641510.8550.2480.4610.82995.5
3.12-3.273.50.29742460.9050.1830.350.89198.2
3.27-3.443.70.21943400.9510.1330.2570.91399.6
3.44-3.653.80.16343710.9720.0970.190.93100
3.65-3.933.80.11543660.9840.0680.1340.899100
3.93-4.333.80.08443470.990.050.0980.91399.9
4.33-4.953.70.05743620.9940.0350.0670.87799.8
4.95-6.233.80.05143850.9940.0310.060.758100
6.23-303.50.02743430.9970.0170.0320.66698.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14-3260位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.901→28.296 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 2141 5.26 %
Rwork0.1874 38550 -
obs0.1903 40691 93.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.14 Å2 / Biso mean: 48.2364 Å2 / Biso min: 17.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→28.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12322 0 254 0 12576
Biso mean--59.5 --
残基数----1536
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4660X-RAY DIFFRACTION6.034TORSIONAL
12B4660X-RAY DIFFRACTION6.034TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.901-2.96790.3283870.2762177764
2.9679-3.04210.32741080.2657204975
3.0421-3.12420.31851050.2669231983
3.1242-3.2160.32791560.2584239689
3.216-3.31970.30351700.2408257894
3.3197-3.43810.28151490.2247265397
3.4381-3.57550.30781390.22262753100
3.5755-3.73790.27941620.19612736100
3.7379-3.93450.2261580.18092774100
3.9345-4.18030.25261360.16972743100
4.1803-4.50180.20051590.15792766100
4.5018-4.95270.20861470.1432762100
4.9527-5.66440.21351640.1622740100
5.6644-7.11770.20681550.17422771100
7.1177-28.2960.18681460.1621273397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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