PDB-7cb6: The silver-bound 6-phosphogluconate dehydrogenase from Staphyloco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cb6

タイトル

The silver-bound 6-phosphogluconate dehydrogenase from Staphylococcus aureus (strain Newman)

要素

6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Pentose phosphate pathway / decarboxylating

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphogluconate 2-dehydrogenase activity / D-gluconate catabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.

資金援助

香港,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Multi-target mode of action of silver against Staphylococcus aureus endows it with capability to combat antibiotic resistance.
著者: Wang, H. / Wang, M. / Xu, X. / Gao, P. / Xu, Z. / Zhang, Q. / Li, H. / Yan, A. / Kao, R.Y. / Sun, H.

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7cb6.ent.gz	595.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7cb6_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cb6_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	7cb6_validation.xml.gz	60.4 KB	表示
CIF形式データ	7cb6_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7cb0SC 7cb5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zyg-2 4gwg-2 5uq9-3 7cb0-2 2iyp-2 7cb0-1 5uq9-4 6fqy-d 2pgd-1 5js1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.860, 133.860, 171.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 分子量: 51857.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Newman) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: gnd, NWMN_1417 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3KGN1, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M NaNO3, 0.2M NH4NO3, 0.1M MES-Na, 50% PEG 3350 / PH範囲: 6.0-6.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen Flow / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日 / 詳細: direct

放射

モノクロメーター: Graphite filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.64→80.27 Å / Num. obs: 62107 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 834281 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.64-2.71	14.1	1.279	63963	4549	0.796	0.351	1.327	2.3	100
11.81-80.27	11.6	0.03	9279	803	1	0.009	0.031	67.2	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2	2	データ削減
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CB0

7cb0

解像度: 2.64→62.34 Å / SU ML: 0.3303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2701
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	3128	5.05 %
R_work	0.2037	58857	-
obs	0.2059	61985	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→62.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14280	0	20	54	14354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4484	19654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0371	2169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0022	2569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.7664	5312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.64-2.68	0.3019	132	0.2714	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.68-2.73	0.3349	138	0.2715	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.73-2.77	0.3608	129	0.2683	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.77-2.82	0.2942	146	0.2773	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.82-2.88	0.3195	168	0.263	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.88-2.94	0.3535	127	0.2452	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.94-3	0.3184	139	0.2446	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3-3.07	0.3527	158	0.2569	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.07-3.15	0.2928	138	0.2479	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.15-3.23	0.3023	146	0.2395	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.23-3.33	0.2792	108	0.2351	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.33-3.43	0.279	141	0.2366	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.43-3.56	0.2674	135	0.2287	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.56-3.7	0.249	155	0.2097	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.7-3.87	0.2313	133	0.1936	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.87-4.07	0.1945	136	0.177	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.07-4.33	0.1975	166	0.1709	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.33-4.66	0.2018	161	0.1641	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.66-5.13	0.2192	137	0.1799	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.41
5.13-5.87	0.3026	130	0.2086	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.87-7.39	0.2151	144	0.1968	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
7.39-62.34	0.1963	161	0.1646	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.89366632934	0.938308111525	-1.19264153852	2.48143290571	0.0647223106866	3.71652673723	-0.0714532189594	-0.211854298519	-0.0943582429212	0.0288361156748	-0.0510396261494	0.203290520707	0.129602732624	-0.393693739117	0.127105724594	0.353098187419	0.0146424501287	0.0109636288436	0.444733560215	0.00657472115833	0.371437170829	-16.9783789667	7.70654501061	-11.6197763702
2	1.64796828181	-0.298007540976	0.3882863182	1.18305585674	0.649385408334	1.47330165327	0.0515097634232	0.177991845446	-0.111251602355	-0.171979636445	-0.319177079822	0.237471150851	0.254558406336	-0.405224783681	0.0659568417828	0.50972586301	-0.0290738150665	-0.0469524377382	0.590565406212	-0.135387007705	0.502093766504	-16.8453605574	12.1484580766	-43.9781718419
3	1.34102329106	0.0320958425958	0.10985803297	1.6103431079	-0.0634758906095	1.30917527555	0.0703622294293	0.115498291761	0.0706317649693	-0.181513698191	-0.131468274347	0.223057811436	0.010611649221	-0.384990718554	0.070047688933	0.500644688648	0.0225953688932	-0.0172430706583	0.551722760715	-0.0686066969838	0.37928598112	-14.1864833379	21.5895089534	-42.8561302563
4	0.979234219143	0.453693870694	-0.273358947349	1.70088008007	-0.452553844531	1.66319784051	0.00918755209861	0.178273093435	-0.14274436836	-0.309620569897	-0.125854567242	-0.226114407237	0.14476238651	0.0873838302825	0.0732153082782	0.437931528662	0.0755820016668	0.0287644219334	0.568893572731	-0.051116169885	0.43940990197	3.93383709733	20.7347867859	-42.4154857476
5	3.04948180129	0.229462242756	0.150550206134	2.20578457787	0.317841643756	3.71942774166	0.0221755735839	-0.132413602188	0.0845633620827	-0.0264288283251	0.041446165781	-0.19160360665	-0.272811471251	0.695846991264	-0.0501380455283	0.340911813282	-0.065543101591	-0.0209024245266	0.519407046292	-0.000754231046493	0.338398861217	5.50996908149	54.8237992497	-17.053586016
6	1.59738990473	-0.0718259439646	-0.679831079444	1.30906737013	0.772611516496	2.10064454212	0.0614968431145	0.193605436658	0.149152261686	-0.481241114739	-0.110755713149	-0.196418054153	-0.341570139492	0.416325066954	0.0201223154594	0.616783983599	0.00837576839002	0.0421445311457	0.60324663845	0.146733662537	0.444189506861	4.59650466684	43.9380841647	-47.5696539913
7	2.13650479217	0.012353071441	-1.04256814262	1.23707908489	0.241563660688	1.58155492842	0.000322916468875	0.028760168085	0.0413037477425	-0.231411519267	0.00770270268179	-0.274935075108	0.0411317867274	0.520425803696	-0.0382449225212	0.486082079011	0.0333749114627	0.0312767537332	0.566251686124	0.0537480276333	0.464786215096	6.81880038053	31.2205072455	-43.4094510517
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 174 )	A	A	1 - 174	1 - 174
2	2	chain 'A' and (resid 175 through 239 )	A	A	175 - 239	175 - 239
3	3	chain 'A' and (resid 240 through 346 )	A	A	240 - 346	240 - 346
4	4	chain 'A' and (resid 347 through 466 )	A	A	347 - 466	347 - 466
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 174 )	B	G	1 - 174	1 - 174
6	6	chain 'B' and (resid 175 through 239 )	B	G	175 - 239	175 - 239
7	7	chain 'B' and (resid 240 through 312 )	B	G	240 - 312	240 - 312
8	8	chain 'B' and (resid 313 through 466 )	B	G	313 - 466	313 - 466
9	9	chain 'C' and (resid 2 through 205 )	C	M	2 - 205	1 - 204
10	10	chain 'C' and (resid 206 through 312 )	C	M	206 - 312	205 - 311
11	11	chain 'C' and (resid 313 through 413 )	C	M	313 - 413	312 - 412
12	12	chain 'C' and (resid 414 through 466 )	C	M	414 - 466	413 - 465
13	13	chain 'D' and (resid 1 through 144 )	D	S	1 - 144	1 - 144
14	14	chain 'D' and (resid 145 through 205 )	D	S	145 - 205	145 - 205
15	15	chain 'D' and (resid 206 through 312 )	D	S	206 - 312	206 - 312
16	16	chain 'D' and (resid 313 through 413 )	D	S	313 - 413	313 - 413
17	17	chain 'D' and (resid 414 through 466 )	D	S	414 - 466	414 - 466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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