PDB-7cb0: The apo 6-phosphogluconate dehydrogenase from Staphylococcus aure...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cb0

タイトル

The apo 6-phosphogluconate dehydrogenase from Staphylococcus aureus (strain Newman)

要素

6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Pentose phosphate pathway / decarboxylating

機能・相同性

機能・相同性情報

D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / organic acid catabolic process / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.

資金援助

香港,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Multi-target mode of action of silver against Staphylococcus aureus endows it with capability to combat antibiotic resistance.
著者: Wang, H. / Wang, M. / Xu, X. / Gao, P. / Xu, Z. / Zhang, Q. / Li, H. / Yan, A. / Kao, R.Y. / Sun, H.

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cb0.cif.gz	793.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cb0.ent.gz	589 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cb0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7cb5C 7cb6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cb5-1 2iyp-2 2zya-d 3fwn-d 5uq9-3 2zyd-d 5uq9-2 1pgq-1 2pgd-1 1pgp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

207 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.830, 133.050, 165.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 分子量: 51857.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Newman) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: gnd, NWMN_1417 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3KGN1, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating

分子量: 51857.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (strain Newman) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gnd, NWMN_1417 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3KGN1, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 % / 解説: Transparent slice chips
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M NaNO3, 0.2M NH4NO3, 22% PEG 3350 (w/v) / PH範囲: 8.0-8.3 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen Flow / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月3日

放射

モノクロメーター: Graphite filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.52→44.92 Å / Num. obs: 67767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.255 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.265 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 912466 / Scaling rejects: 284

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.52-2.59	13.9	1.772	69285	4980	0.61	0.491	1.84	1.7	100
11.27-44.92	11.1	0.082	9545	857	0.997	0.025	0.085	20.9	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.6.2	データスケーリング
PHENIX	1.18.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
MoRDa	27	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.52→44.91 Å / SU ML: 0.3341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0363
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	3507	5.18 %
R_work	0.2023	64171	-
obs	0.2047	67678	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→44.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14394	0	0	87	14481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	14650
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.534	19788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0388	2180
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.215	5408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.52-2.55	0.3652	145	0.3168	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.55-2.59	0.3354	132	0.303	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.3952	136	0.287	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.63-2.67	0.3762	132	0.2931	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.71	0.3057	170	0.2717	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.76	0.3113	144	0.2738	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.76-2.81	0.3625	157	0.2795	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-2.87	0.3264	118	0.2832	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.92	0.3327	135	0.2827	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.92-2.99	0.3632	123	0.2597	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.06	0.298	119	0.2394	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.13	0.2725	122	0.2276	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.22	0.2987	150	0.2306	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.22-3.31	0.2871	143	0.232	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.42	0.2803	143	0.2147	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.54	0.249	141	0.192	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.68	0.2495	132	0.1842	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.68-3.85	0.2041	150	0.1809	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-4.05	0.2458	136	0.1782	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.31	0.1815	140	0.1639	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.64	0.206	138	0.1635	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.38
4.64-5.11	0.2243	160	0.1725	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.11-5.84	0.2512	148	0.1918	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
5.84-7.36	0.2221	151	0.1929	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
7.36-44.91	0.1961	142	0.1661	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.14475570186	-0.0950046450019	-0.234927335637	1.49639430275	0.017307312783	2.18271327372	-0.109889398674	0.260106483911	-0.120767706017	-0.195284377318	-0.000267840836794	-0.25099460382	0.141578286392	0.237921244315	0.120907041005	0.412865817414	0.0111748669503	0.0746653696647	0.314247479593	-0.0140254445023	0.386807005109	6.63173291529	11.9446835411	-65.3040585188
2	0.578930265662	0.00892603797333	0.0247794998223	1.0579088161	0.0370573823611	0.475810108049	0.0481859847281	-0.0413097893265	0.00119049263655	0.0526945003836	-0.044724027589	-0.0053921062338	0.0937243736938	-0.0280914653046	-0.0011041470825	0.334610086038	-0.0086618585333	0.0246156924086	0.292669825885	0.0253910935517	0.321933643073	-5.174663646	30.6579558532	-39.5008206113
3	1.93374235756	-0.182536522082	0.586973602902	2.16707799883	0.151805006734	2.89510941024	0.0258800544889	0.169704489256	0.0220943004804	-0.178112838995	-0.0548854357608	0.39712703965	0.0315616903523	-0.240520313447	0.0149381737049	0.33930426843	-0.000116987139447	-0.0551737326735	0.327004348668	0.0247689429084	0.389547216745	-15.6425045395	61.6110910323	-72.1517949151
4	0.569191869471	0.0323329620979	0.0791870937301	1.21883920739	-0.14434820589	0.765253674082	0.0134594798465	-0.0850597248976	0.033635802265	0.0284984585952	-0.00999719679251	0.0879089781855	-0.0544205264166	-0.042244298655	-0.00363334346874	0.308756559974	0.0161341816395	0.00354775507279	0.251128402483	-0.00803306010143	0.294816148437	-8.17800896513	49.1617371641	-41.5446385546
5	2.2050933216	-0.318662167923	-0.663877973845	2.14290651839	-0.445147505067	2.34115167856	0.0117495512285	-0.0204560518265	0.223820118173	0.0770253707231	0.0289936148789	0.662242036105	-0.0649267968879	-0.500512836101	0.00227607892231	0.448496416279	0.0226888928904	-0.034015386652	0.618937813831	-0.00639704519247	0.642109940991	-38.880662981	20.4158435931	-58.3920094628
6	0.507717663152	0.0101376606212	-0.40403449549	1.21650560484	-0.0211845758134	1.16742969146	-0.0448620309389	0.0155932622136	-0.10850798284	0.0736857880754	0.103290295763	0.00161451225823	0.113349614966	-0.0768245252776	-0.0717311403745	0.367219638874	-0.0426871339673	-0.0118497183205	0.440561378307	0.00838797963657	0.377722798363	-27.5724479335	-9.70982435948	-67.3540860378
7	1.76536741822	-0.903898247472	0.757346831743	2.60964227944	-0.0670821792674	2.37384383121	-0.018873701204	0.244229892737	-0.427136593899	-0.237776101159	0.132149019356	0.596905464358	0.0110793993175	0.0799973651564	-0.0950312545386	0.465961521198	-0.0958976762892	-0.0226032308941	0.715802343422	0.00440192637174	0.632609364948	-28.6062527252	-10.1324144768	-25.4020470282
8	1.48698367157	-0.523881679882	-0.447884858088	2.35256131884	1.5318457068	1.83879417986	-0.0967035768869	0.182539391573	0.17651699737	-0.728742490589	0.0907050485308	0.418199044568	-0.772643249787	0.0512481950384	0.0476179079143	0.712226554194	-0.120067196929	-0.103297127546	0.504756785652	0.16770358284	0.575648503423	-28.8151258135	16.7177310922	-9.50078052444
9	4.32896103112	-0.0981106039898	0.0376690838779	1.5613129019	0.150614827812	2.81452322453	-0.129266414869	0.286102933449	0.443410134421	-0.418500824796	0.181615286124	0.34543960301	-0.112113300165	-0.247073554811	-0.0194070138842	0.497907965867	-0.116200197805	-0.0557550179009	0.47817192877	0.0905753910489	0.563313778589	-29.7760503585	7.76616773807	-1.68510232308
10	2.29531803569	-0.959070108902	0.179014394749	2.20339518166	-0.105608948853	5.85181460032	0.182676337441	0.0471717504782	0.185231690057	0.378435362549	-0.0168777772891	0.213935553667	-0.605590535363	-0.0203188583318	-0.295586714371	0.386116805441	-0.00197545072362	0.0511820017789	0.558826646374	0.068697166397	0.490805815898	-34.727033871	18.9940752269	12.3623772494
11	0.538858159211	-0.258533554045	-0.225720776876	2.37728544014	0.486273409733	1.31396381754	-0.107172889777	0.334016520145	0.175086385213	-0.330386296831	0.0827387740137	-0.208711202444	-0.137155073792	0.219584864257	0.0253015954691	0.659361284645	-0.233568826197	0.0103531931481	0.814230983139	0.105667559331	0.510425600281	-13.9549401344	11.8802728507	-13.1123953266
12	1.62685871399	-0.463593986264	0.38857009453	1.31796899911	-0.10419744537	1.2443939558	-0.175923343822	0.190324745123	0.382217008409	-0.0858959782113	0.0850605065732	-0.390153553665	-0.223511926688	0.331619081091	0.109121666481	0.569143106985	-0.178364615466	0.00257848288108	0.703134865344	-0.0213941877888	0.572694109914	-6.49578054564	14.7772182351	7.02137516729

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 174 )	A	A	1 - 174	1 - 174
2	2	chain 'A' and (resid 175 through 466 )	A	A	175 - 466	175 - 466
3	3	chain 'B' and (resid 1 through 174 )	B	B	1 - 174	1 - 174
4	4	chain 'B' and (resid 175 through 466 )	B	B	175 - 466	175 - 466
5	5	chain 'C' and (resid 1 through 174 )	C	C	1 - 174	1 - 174
6	6	chain 'C' and (resid 175 through 466 )	C	C	175 - 466	175 - 466
7	7	chain 'D' and (resid 2 through 174 )	D	D	2 - 174	1 - 173
8	8	chain 'D' and (resid 175 through 239 )	D	D	175 - 239	174 - 238
9	9	chain 'D' and (resid 240 through 290 )	D	D	240 - 290	239 - 289
10	10	chain 'D' and (resid 291 through 312 )	D	D	291 - 312	290 - 311
11	11	chain 'D' and (resid 313 through 389 )	D	D	313 - 389	312 - 388
12	12	chain 'D' and (resid 390 through 465 )	D	D	390 - 465	389 - 464

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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