PDB-7caw: Crystal structure of bacterial reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7caw

タイトル

Crystal structure of bacterial reductase

要素

3-oxoacyl-ACP reductase FabG

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossman fold / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.876 Å

データ登録者

Kim, Y. / Lee, W.C.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of bacterial reductase
著者: Lee, W.C. / Choi, S. / Jang, A. / Son, K. / Kim, Y.

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7caw.cif.gz	198.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7caw.ent.gz	157.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7caw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7caw_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7caw_full_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示
XML形式データ	7caw_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	7caw_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7caw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7caw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7caxC 7cazC 4iiuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nrp-d 5er6-d 2nwq-d 5vt6-d 2ewm-1 6oz7-1 1mfp-1 7cax-d 5cej-1 4bnf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

B: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

C: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

D: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.599, 89.599, 239.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	3-oxoacyl-ACP reductase FabG / 3-oxoacyl-ACPreductase / Beta-ketoacyl-ACP reductase 分子量: 26160.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: C1 / 遺伝子: AbApeQ / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1K1L6W4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 1% w/v Trypton, 0.05M HEPES, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.876→40.792 Å / Num. obs: 165899 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.836 % / B_iso Wilson estimate: 16.72 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 16.59

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.88-1.99	1.497	0.105	5.53	28740	28571	19203	0.976	0.14	67.2
1.99-2.13	2.232	0.087	8.96	58125	26827	26041	0.984	0.111	97.1
2.13-2.3	3.175	0.072	13.67	79096	24957	24914	0.991	0.088	99.8
2.3-2.51	3.193	0.058	16.76	73118	22938	22897	0.993	0.07	99.8
2.51-2.81	3.205	0.051	19.09	66451	20783	20735	0.995	0.061	99.8
2.81-3.24	3.195	0.044	22.28	58324	18302	18257	0.995	0.054	99.8
3.24-3.97	3.18	0.041	25.21	49079	15473	15432	0.995	0.049	99.7
3.97-5.59	3.166	0.039	27.04	37886	12022	11967	0.995	0.048	99.5
5.59-40.792	3.053	0.04	26.79	19701	6667	6453	0.995	0.049	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IIU

4iiu

解像度: 1.876→40.792 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	3730	2.25 %
R_work	0.1598	162077	-
obs	0.1605	165807	93.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.37 Å² / B_iso mean: 17.5893 Å² / B_iso min: 6.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.876→40.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7139	0	24	615	7778
B_iso mean	-	-	30.26	23.71	-
残基数	-	-	-	-	941

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.876-1.8993	0.2288	56	0.2191	2277	36
1.8993-1.9243	0.2814	87	0.1979	3656	57
1.9243-1.9506	0.255	111	0.1767	4914	77
1.9506-1.9785	0.2127	135	0.1607	5692	90
1.9785-2.008	0.1718	141	0.1596	5980	93
2.008-2.0394	0.2152	139	0.1526	6092	96
2.0394-2.0728	0.1664	141	0.1532	6248	98
2.0728-2.1086	0.1764	143	0.1583	6302	99
2.1086-2.1469	0.1638	143	0.1564	6391	100
2.1469-2.1882	0.2004	156	0.1573	6457	100
2.1882-2.2329	0.1796	139	0.1543	6355	100
2.2329-2.2814	0.2232	142	0.1533	6367	100
2.2814-2.3345	0.1988	134	0.1529	6303	100
2.3345-2.3928	0.1825	156	0.1526	6444	100
2.3928-2.4575	0.195	145	0.1559	6325	100
2.4575-2.5298	0.2053	148	0.1643	6381	100
2.5298-2.6115	0.2039	146	0.1654	6419	100
2.6115-2.7048	0.1916	150	0.1605	6339	100
2.7048-2.8131	0.195	141	0.1629	6417	100
2.8131-2.9411	0.1839	154	0.1649	6303	100
2.9411-3.0961	0.1912	150	0.1668	6410	100
3.0961-3.29	0.2117	140	0.1699	6362	100
3.29-3.5439	0.179	133	0.1618	6378	100
3.5439-3.9002	0.2044	150	0.1545	6373	100
3.9002-4.464	0.1574	145	0.1486	6385	100
4.464-5.6219	0.163	155	0.1463	6320	99
5.6219-40.792	0.213	150	0.174	6187	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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