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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7caw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bacterial reductase | |||||||||
要素 | 3-oxoacyl-ACP reductase FabG | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Rossman fold / reductase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.876 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Lee, W.C. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of bacterial reductase 著者: Lee, W.C. / Choi, S. / Jang, A. / Son, K. / Kim, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7caw.cif.gz | 198.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7caw.ent.gz | 157.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7caw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7caw_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7caw_full_validation.pdf.gz | 462.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7caw_validation.xml.gz | 39 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7caw_validation.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7caw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7caw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26160.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: C1 / 遺伝子: AbApeQ / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1K1L6W4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 1% w/v Trypton, 0.05M HEPES, 12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.876→40.792 Å / Num. obs: 165899 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.836 % / Biso Wilson estimate: 16.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 16.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IIU 解像度: 1.876→40.792 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.37 Å2 / Biso mean: 17.5893 Å2 / Biso min: 6.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.876→40.792 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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