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- PDB-7ca1: Crystal structure of dihydroorotase in complex with plumbagin fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ca1
タイトルCrystal structure of dihydroorotase in complex with plumbagin from Saccharomyces cerevisiae
要素Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / Dihydropyrimidinase / Dihydroorotase / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase homodimeric type / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxy-2-methylnaphthalene-1,4-dione / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Dihydroorotase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y. / Chen, C.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Plumbagin, a Natural Product with Potent Anticancer Activities, Binds to and Inhibits Dihydroorotase, a Key Enzyme in Pyrimidine Biosynthesis.
著者: Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Lin, E.S. / Chen, C.J. / Huang, C.Y.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
C: Dihydroorotase
B: Dihydroorotase
D: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,08116
ポリマ－165,9134
非ポリマー1,16812
水00
1
A: Dihydroorotase
C: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5418
ポリマ－82,9572
非ポリマー5846
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
2
B: Dihydroorotase
D: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5418
ポリマ－82,9572
非ポリマー5846
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.240, 88.360, 103.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Dihydroorotase / DHOase


分子量: 41478.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: URA4, YLR420W, L9931.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20051, dihydroorotase
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-90R / 5-hydroxy-2-methylnaphthalene-1,4-dione / plumbagin / プルンバギン


分子量: 188.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 毒素*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM imidazole malate pH 7, 16% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→45.9 Å / Num. obs: 16982 / % possible obs: 94.54 % / 冗長度: 1.2 % / CC1/2: 0.942 / Net I/σ(I): 1.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / Num. unique obs: 1485 / CC1/2: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L0A

6l0a


解像度: 3.6→45.9 Å / SU ML: 0.79 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3088 698 4.11 %
Rwork0.2609 16284 -
obs0.2629 16982 94.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.37 Å2 / Biso mean: 81.2647 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11376 0 54 0 11430
Biso mean--77.94 --
残基数----1456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6-3.880.41771440.36312864300884
3.88-4.270.33371190.30393090320990
4.27-4.880.37731260.273934223548100
4.88-6.150.27831500.260934313581100
6.15-45.90.24451590.19813477363699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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