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- PDB-7c9o: Crystal structure of DNA-bound CCT/NF-YB/YC complex (HD1CCT/GHD8/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c9o
タイトルCrystal structure of DNA-bound CCT/NF-YB/YC complex (HD1CCT/GHD8/OsNF-YC2)
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • (Nuclear transcription factor Y subunit ...) x 2
  • Zinc finger protein HD1
キーワードTRANSCRIPTION / photoperiodic flowering / CCT family / NF-CCT complex / specific DNA recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of short-day photoperiodism, flowering / short-day photoperiodism / positive regulation of unidimensional cell growth / long-day photoperiodism / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / regulation of flower development / flower development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding ...positive regulation of short-day photoperiodism, flowering / short-day photoperiodism / positive regulation of unidimensional cell growth / long-day photoperiodism / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / regulation of flower development / flower development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCT domain / Zinc finger protein CONSTANS-like / CCT motif / CCT domain profile. / : / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain ...CCT domain / Zinc finger protein CONSTANS-like / CCT motif / CCT domain profile. / : / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear transcription factor Y subunit C-2 / Nuclear transcription factor Y subunit B-11 / Zinc finger protein HD1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Shen, C. / Liu, H. / Guan, Z. / Xing, Y. / Yin, P.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insight into DNA Recognition by CCT/NF-YB/YC Complexes in Plant Photoperiodic Flowering.
著者: Shen, C. / Liu, H. / Guan, Z. / Yan, J. / Zheng, T. / Yan, W. / Wu, C. / Zhang, Q. / Yin, P. / Xing, Y.
履歴
登録2020年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein HD1
B: Nuclear transcription factor Y subunit B-11
C: Nuclear transcription factor Y subunit C-2
D: DNA (25-MER)
E: DNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1925
ポリマ－46,1925
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.080, 136.080, 62.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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Nuclear transcription factor Y subunit ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit B-11 / OsNF-YB11 / Protein DAYS TO HEADING 8 / Protein HEADING DATE 5 / Transcriptional activator HAP3H / OsHAP3H


分子量: 10849.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: HD5, DTH8, GHD8, HAP3H, NFYB11, Os08g0174500, LOC_Os08g07740
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0J7P4
#3: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit C-2 / OsNF-YC2 / Transcriptional activator HAP5C / OsHAP5C


分子量: 11907.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: NFYC2, HAP5C, Os03g0251350, LOC_Os03g14669 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6BLW4

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#4: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7531.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryza sativa (イネ)
#5: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7825.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryza sativa (イネ)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 17分子 A

#1: タンパク質 Zinc finger protein HD1 / Protein CONSTANS-like / Protein HEADING DATE 1 / OsHd1 / Protein PHOTOPERIOD SENSITIVITY 1


分子量: 8078.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: HD1, SE1, Os06g0275000, LOC_Os06g16370, P0038C05.23, P0676F10.34
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FDX8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.24 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000, sodium citrate, sodium acetate trihydrate, magnesium acetate tetrahydrate, glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→68.04 Å / Num. obs: 22041 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 58.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2658 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.267 / Rrim(I) all: 0.845

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc3_3206精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G92

4g92


解像度: 2.55→43.02 Å / SU ML: 0.3051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6734
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 1063 4.84 %
Rwork0.1995 20920 -
obs0.2008 21983 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1708 1025 0 16 2749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00972880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09364086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.16831178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.670.29851420.29982576X-RAY DIFFRACTION98.94
2.67-2.810.32211400.27762575X-RAY DIFFRACTION98.91
2.81-2.980.33461060.28542606X-RAY DIFFRACTION98.55
2.98-3.210.30941290.27452573X-RAY DIFFRACTION98.83
3.21-3.540.27451200.21612627X-RAY DIFFRACTION99.31
3.54-4.050.18831350.19492623X-RAY DIFFRACTION99.78
4.05-5.10.19071520.15672623X-RAY DIFFRACTION99.78
5.1-43.020.191390.16382717X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -57.3188911657 Å / Origin y: 10.9426816755 Å / Origin z: -4.46396780881 Å
111213212223313233
T0.697792996532 Å2-0.132507359836 Å2-0.022409493301 Å2-0.362097776509 Å20.0261952412828 Å2--0.364778032711 Å2
L1.79605684213 °22.18071478208 °2-0.499975420074 °2-4.96421601664 °2-0.676823742904 °2--1.17980102118 °2
S-0.255563256074 Å °0.255436570887 Å °-0.0645311608953 Å °-0.710141181552 Å °0.222144031449 Å °-0.384164695452 Å °-0.0528501448235 Å °0.167223582294 Å °0.0293527301337 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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