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万見
- PDB-7c96: Avr1d:GmPUB13 U-box -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c96
タイトルAvr1d:GmPUB13 U-box
要素
  • RING-type E3 ubiquitin transferase
  • RxLR effector protein Avh6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Inhibitor / Self ubiquitination / negative regulatory of Plant immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell / cell surface receptor signaling pathway / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能
RXLR phytopathogen effector protein / RXLR phytopathogen effector protein, Avirulence activity / PUB protein, U-box domain, plant / : / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain ...RXLR phytopathogen effector protein / RXLR phytopathogen effector protein, Avirulence activity / PUB protein, U-box domain, plant / : / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RING-type E3 ubiquitin transferase / RxLR effector protein Avh6
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora sojae (真核生物)
Glycine soja (ツルマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Xing, W. / Hu, Q. / Zhou, J. / Yao, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Phytophthora sojae effector Avr1d functions as an E2 competitor and inhibits ubiquitination activity of GmPUB13 to facilitate infection.
著者: Lin, Y. / Hu, Q. / Zhou, J. / Yin, W. / Yao, D. / Shao, Y. / Zhao, Y. / Guo, B. / Xia, Y. / Chen, Q. / Wang, Y. / Ye, W. / Xie, Q. / Tyler, B.M. / Xing, W. / Wang, Y.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RxLR effector protein Avh6
B: RING-type E3 ubiquitin transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4242
ポリマ－15,4242
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.547, 69.547, 153.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 RxLR effector protein Avh6 / Avirulence homolog protein 6 / Avirulence protein 1d


分子量: 6738.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Phytophthora sojae (strain P6497) (真核生物)
株: P6497 / 遺伝子: Avh6, Avh6-1, Avr1d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4ZLE6
#2: タンパク質 RING-type E3 ubiquitin transferase / Soybean U-box contained protein


分子量: 8685.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine soja (ツルマメ) / 遺伝子: D0Y65_029891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A445I1B1, RING-type E3 ubiquitin transferase
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: BIENCE,PEG20,000,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→28.76 Å / Num. obs: 14060 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.921 % / Biso Wilson estimate: 73.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 18.81 / Num. measured all: 153546
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.51-2.669.1450.972.3820549228422470.8031.02798.4
2.66-2.8511.5820.6714.1924507211621160.9290.702100
2.85-3.0711.5090.3118.6623029200120010.9860.325100
3.07-3.3611.4250.16514.8620954183418340.9960.172100
3.36-3.7511.2090.09623.5818551165616550.9980.199.9
3.75-4.3211.1320.06132.9416464147914790.9990.064100
4.32-5.2611.2270.04942.7513876123612360.9990.051100
5.26-7.3210.8530.05242.61104519639630.9990.054100
7.32-28.769.7640.04345.3951655845290.9970.04590.6
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18_3861精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→28.76 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 1395 9.92 %
Rwork0.2351 12662 -
obs0.2365 14057 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.14 Å2 / Biso mean: 96.0352 Å2 / Biso min: 39.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1010 0 0 0 1010
残基数----125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.51-2.60.32921420.35471233137597
2.6-2.710.34611370.334112581395100
2.71-2.830.35621380.298912861424100
2.83-2.980.30361350.274212771412100
2.98-3.170.29391360.266212881424100
3.17-3.410.26771360.244612691405100
3.41-3.750.25631490.24612711420100
3.75-4.290.24461440.229412681412100
4.29-5.40.20241410.19412821423100
5.41-28.760.2341370.2181230136797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14790.0724-0.05250.0435-0.02550.02730.08250.12510.06980.1765-0.0501-0.04040.0925-0.0322-0.01822.81990.70260.1120.0551-0.57630.80353.6782-28.9907-13.2161
20.17810.0078-0.11820.56020.13380.3384-0.37730.392-0.2998-0.1785-0.18560.270.6994-0.0676-0.33991.850.345-0.04540.1966-0.15410.7313.6849-23.9854-4.536
30.00880.0038-0.00910.00830.00230.00340.3533-0.1264-0.01190.09880.17050.39430.0512-0.043-01.95410.42740.20481.03670.01510.986813.6241-30.30010.9621
40.3276-0.0605-0.01830.2750.30130.28980.02550.17750.1366-0.4381-0.4435-0.48580.71990.0686-0.2731.96891.00890.21580.6403-0.14150.735414.3972-23.7743-5.4535
50.0044-0.00480.0084-0.0043-0.0060.01120.0994-0.3665-0.01950.3278-0.16480.02210.0635-0.1886-00.67530.1745-0.06580.8597-0.05121.312116.9351-8.1795-4.6103
60.17630.04380.02810.0024-0.01740.0171-0.18260.80130.21460.10950.39060.12850.23270.28780.00090.79470.248-0.00080.6188-0.15560.87088.2317-9.9564-8.5856
70.161-0.1897-0.01770.2152-0.03710.0410.30.2471-0.04920.2271-0.267-0.67510.28620.0202-00.7640.0630.06180.4909-0.10510.5175-1.6813-8.9098-6.3217
80.01860.01960.03670.03880.07120.1906-0.1570.0443-0.45820.1418-0.15580.20060.1546-0.0230.00041.1163-0.33250.12910.9664-0.20390.7592-8.6383-16.5566-4.6323
90.0131-0.0272-0.01640.02670.0090.0354-0.1249-0.2639-0.22570.5095-0.08960.0460.8594-0.238100.8988-0.05840.12510.5088-0.02530.6367-4.9076-12.50342.4974
100.093-0.11340.14620.219-0.08790.21230.2238-0.02560.2652-0.218-0.1243-0.2126-0.24240.0132-00.48470.01340.06930.4889-0.14460.6379.06310.7382-6.9633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 74 through 85 )A74 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 98 )A86 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 106 )A99 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 107 through 125 )A107 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 255 through 261 )B255 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 262 through 272 )B262 - 272
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 273 through 292 )B273 - 292
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 293 through 297 )B293 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 298 through 307 )B298 - 307
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 308 through 327 )B308 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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