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- PDB-7c90: Crystal structure of Cytochrome CL from the marine methylotrophic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c90
タイトルCrystal structure of Cytochrome CL from the marine methylotrophic bacterium Methylophaga aminisulfidivorans MPT (Ma-CytcL)
要素Cytochrome c, mono-and diheme variant
キーワードELECTRON TRANSPORT / Methanol Oxidation system / Marine Bacterium / Methylophaga aminisulfidivorans MPT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome cL / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HEME C / Cytochrome c, mono-and diheme variant
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Ghosh, S. / Dhanasingh, I. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: J Microbiol Biotechnol. / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of CytochromecLfrom the Aquatic Methylotrophic BacteriumMethylophaga aminisulfidivoransMPT.
著者: Ghosh, S. / Dhanasingh, I. / Ryu, J. / Kim, S.W. / Lee, S.H.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c, mono-and diheme variant
B: Cytochrome c, mono-and diheme variant
C: Cytochrome c, mono-and diheme variant
D: Cytochrome c, mono-and diheme variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,75731
ポリマ－86,4864
非ポリマー4,27127
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The peak elutes with a molecular weight corresponding to monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14050 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.760, 76.060, 66.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome c, mono-and diheme variant


分子量: 21621.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア)
遺伝子: MAMP_01204
発現宿主: Methylophaga aminisulfidivorans (バクテリア)
参照: UniProt: F5SWR8

-
非ポリマー , 7種, 399分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1600 mM sodium/potassium phosphate monobasic, 100 mM HEPES/sodium hydroxide pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 32914 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 2.836 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 237733
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.13-2.177.40.6315950.9010.2480.6781.74100
2.17-2.217.50.56516680.9190.2210.6071.816100
2.21-2.257.40.51316280.9190.2020.5512.036100
2.25-2.297.50.47816540.940.1870.5131.931100
2.29-2.347.50.38816320.9580.1520.4171.89100
2.34-2.47.50.3416310.9620.1330.3662.079100
2.4-2.467.50.28616530.9710.1120.3072.207100
2.46-2.537.50.25216150.9810.0990.2712.253100
2.53-2.67.50.22616430.9810.0890.2432.398100
2.6-2.687.40.20216590.9840.080.2172.604100
2.68-2.787.40.17516520.9860.0690.1882.671100
2.78-2.897.40.14516470.990.0570.1562.861100
2.89-3.027.30.12716300.9920.0510.1373.189100
3.02-3.187.20.10816490.9930.0430.1173.597100
3.18-3.387.10.09516420.9950.0390.1033.775100
3.38-3.646.90.08116730.9950.0330.0874.111100
3.64-4.016.80.0716380.9960.0290.0764.16999.9
4.01-4.596.80.06316510.9970.0260.0684.11599.9
4.59-5.786.70.0616780.9970.0250.0653.905100
5.78-506.10.0616760.9960.0260.0654.16697.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D0W

2d0w


解像度: 2.13→30.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.622 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 1953 6.1 %RANDOM
Rwork0.1478 ---
obs0.1509 30244 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.04 Å2 / Biso mean: 37.923 Å2 / Biso min: 17.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20.06 Å2
2---0.42 Å2-0 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→30.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4683 0 266 372 5321
Biso mean--41.96 49.2 -
残基数----597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135097
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1131.7296945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.64610316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6615593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2524.685254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.14515788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.281512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021044
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.185 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 128 -
Rwork0.164 2041 -
all-2169 -
obs--89.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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