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- PDB-7c8z: Crystal structure of salicylate 5-hydroxylase NagGH (a Rieske non... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c8z
タイトルCrystal structure of salicylate 5-hydroxylase NagGH (a Rieske non-heme iron-dependent monooxgenase)
要素
  • Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
  • Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
キーワードOXIDOREDUCTASE / salicylate 5-hydroxylase / Rieske non-heme iron-dependent oxygenase / iron-sulfur cluster / non-heme iron
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate 5-hydroxylase / salicylate 5-hydroxylase (NADH) activity / salicylic acid catabolic process / catalytic complex / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, large/alpha subunit AhdA1c-like, C-terminal / SnoaL-like domain / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / SnoaL-like domain / Rieske [2Fe-2S] domain ...Ring-hydroxylating dioxygenase, large/alpha subunit AhdA1c-like, C-terminal / SnoaL-like domain / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / SnoaL-like domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component / Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, D.F. / Hou, Y.J.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Analysis Reveals a Distinct Catalytic Site of Salicylate 5-Monooxygenase NagGH from Rieske Dioxygenases.
著者: Hou, Y.J. / Guo, Y. / Li, D.F. / Zhou, N.Y.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
C: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
E: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
G: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
B: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
D: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
F: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
H: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,06216
ポリマ－279,1358
非ポリマー9278
水5,873326
1
A: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
C: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
E: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
B: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
D: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
F: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,04612
ポリマ－209,3516
非ポリマー6956
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28270 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area53270 Å2
手法PISA
2
G: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
H: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
ヘテロ分子

G: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
H: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
ヘテロ分子

G: Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component
H: Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,04612
ポリマ－209,3516
非ポリマー6956
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area28450 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area53180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.156, 188.156, 147.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-227-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G
12chain B
22chain D
32chain F
42chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROGLUGLUchain AAA9 - 42328 - 442
21PROPROGLUGLUchain CCB9 - 42328 - 442
31PROPROGLUGLUchain EEC9 - 42328 - 442
41PROPROGLUGLUchain GGD9 - 42328 - 442
12METMETILEILEchain BBE1 - 1611 - 161
22METMETILEILEchain DDF1 - 1611 - 161
32METMETILEILEchain FFG1 - 1611 - 161
42METMETILEILEchain HHH1 - 1611 - 161

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Salicylate 5-hydroxylase, large oxygenase component / S5H large oxygenase component / Salicylate 5-hydroxylase / oxygenase component NagG / Salicylate 5- ...S5H large oxygenase component / Salicylate 5-hydroxylase / oxygenase component NagG / Salicylate 5-monooxygenase / hydroxylase large subunit


分子量: 50949.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. (バクテリア) / 遺伝子: nagG / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O52379, salicylate 5-hydroxylase
#2: タンパク質
Salicylate 5-hydroxylase, small oxygenase component / S5H small oxygenase component / Salicylate 5-hydroxylase / oxygenase component NagH / Salicylate 5- ...S5H small oxygenase component / Salicylate 5-hydroxylase / oxygenase component NagH / Salicylate 5-monooxygenase / hydroxylase small subunit


分子量: 18834.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. (バクテリア) / 遺伝子: nagH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O52380, salicylate 5-hydroxylase
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2% tascimate, 0.1M imidazole, pH 7.0 and 10% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.3 Å / Num. obs: 91061 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.6-2.646.40.94345150.4210.4041.027100
14.24-47.35.20.0325660.9980.0150.03596.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AEU

5aeu


解像度: 2.6→47.28 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1969 2.21 %
Rwork0.1923 87118 -
obs0.1933 89087 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.05 Å2 / Biso mean: 51.0469 Å2 / Biso min: 14.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17804 0 20 326 18150
Biso mean--50.39 43.73 -
残基数----2176
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4664X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
12C4664X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
13E4664X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
14G4664X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
21B1968X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
22D1968X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
23F1968X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
24H1968X-RAY DIFFRACTION2.358TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.6650.33111320.2901593794
2.665-2.73710.35581320.2806599395
2.7371-2.81760.29421420.2624604995
2.8176-2.90860.29171390.2433610196
2.9086-3.01250.29361410.2381611597
3.0125-3.13310.26561440.2167625098
3.1331-3.27560.21421370.2075626299
3.2756-3.44830.29081420.1981622699
3.4483-3.66430.22821390.1849633099
3.6643-3.94710.21961430.16856309100
3.9471-4.3440.21811420.1543634699
4.344-4.9720.17141450.14316360100
4.972-6.26190.22061440.17926393100
6.2619-47.30.22061470.19086447100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9249-0.3155-0.31360.46490.241.066-0.069-0.1947-0.21050.44010.03490.3064-0.0798-0.31950.01540.22830.19510.1130.47550.06570.238736.552640.826672.6186
20.76660.25150.70030.66320.26930.8607-0.1649-0.14020.05750.0040.18670.2218-0.3144-0.40320.04290.38440.23450.04120.53110.01710.39626.784155.101157.2564
31.00910.5939-0.19550.82160.45710.7579-0.0353-0.6417-0.29760.63240.1694-0.0257-0.1742-0.2010.18260.48910.33140.13050.50990.02130.127648.390545.784581.7336
41.0538-0.1642-0.45691.0278-0.25791.7001-0.1479-0.3507-0.05680.31190.2083-0.0067-0.1098-0.02510.02530.39230.17060.0690.47910.05740.190450.452242.261982.5552
50.52370.16550.41510.5082-0.06761.1343-0.21990.0843-0.6696-0.09280.31280.59130.8702-0.52110.09090.6706-0.18170.11610.54120.08180.879633.89536.652551.0555
60.8671-0.1045-0.36650.36070.12680.5792-0.253-0.4436-0.29550.38690.19050.02430.389-0.14180.01340.47310.0740.17170.3320.1870.453558.358813.725373.1065
71.8616-0.8898-0.73941.93460.38991.5452-0.2876-0.4130.05650.72760.1677-0.13660.273-0.07410.09240.85950.21230.08540.67320.20960.410755.992122.432995.294
80.2163-0.16690.28180.4471-0.42110.5091-0.1133-0.3265-0.50140.07720.1245-0.04230.3436-0.12-0.08540.60140.14270.20450.0920.17430.630761.33631.257466.5821
90.2182-0.09370.22270.855-0.11450.2130.3170.3562-0.394-0.38030.2124-0.17980.37680.15850.10470.6035-0.01620.07920.4238-0.0890.621654.83954.126745.691
100.7241-0.15220.14780.17760.15670.8057-0.12730.3135-0.2957-0.16260.2011-0.02570.42890.09530.07580.6346-0.02310.16070.2888-0.02290.753264.4898-2.814750.9258
111.1222-0.2799-0.17840.5760.60560.8122-0.1488-0.1193-0.3450.03660.1120.1270.30470.02230.02230.45670.00690.08550.2280.04070.519963.34249.586851.3231
120.3817-0.2780.30080.3126-0.15180.23750.1980.1076-0.4313-0.063-0.02250.36910.8255-0.39250.05990.7662-0.19190.11140.4504-0.00460.815843.1791-2.843249.5748
130.4233-0.51770.36491.87280.01771.03890.2595-0.45490.11440.0961-0.02010.78780.196-0.55590.02750.37450.03910.09920.74670.07510.568420.969235.408956.5542
140.5402-0.0155-0.05630.65610.18310.5191-0.10110.0449-0.3388-0.12890.04250.33180.3955-0.25850.11210.3901-0.10750.00340.4757-0.05690.455134.965822.596432.7705
150.4257-0.17920.37271.0366-0.04310.76540.0710.0802-0.6031-0.2112-0.21740.13870.7336-0.10420.05460.7756-0.16090.07590.4798-0.09810.763345.75253.395632.918
160.6407-0.55080.2330.8569-0.13940.42040.08720.3701-0.2867-0.2671-0.02420.47110.1992-0.60260.03970.3706-0.0627-0.06220.6704-0.02220.520527.195826.811125.5321
170.5635-0.12070.18220.1965-0.25380.3090.0555-0.01450.20190.09240.09260.1053-0.2742-0.29850.02430.26480.02460.03630.3872-0.00110.363334.752943.123937.4969
181.03950.1541-0.05990.4806-0.00020.5347-0.22680.0156-0.0452-0.21720.12350.0931-0.114-0.18560.03630.4078-0.0409-0.06250.69730.04840.56527.150546.015730.205
190.49120.2556-0.46191.3422-0.77760.9218-0.07930.19830.0399-0.06180.08880.0214-0.0991-0.38910.03230.3657-0.0334-0.10640.60320.08980.429331.575144.849925.2013
200.75740.0474-0.09680.7666-0.52570.9071-0.11210.2726-0.0936-0.02990.0360.0278-0.0053-0.32520.02080.21420.0425-0.01970.40550.03660.330139.462941.994434.2918
210.418-0.1480.49650.83360.22050.7967-0.0542-0.1863-0.08610.33490.15230.6546-0.079-0.7870.07740.22750.07020.00390.7020.07330.461218.202741.197444.9307
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250.8872-0.1867-0.38541.0369-0.24971.0037-0.25670.35740.0573-0.3231-0.243-0.35430.42940.6976-0.28580.70890.29630.27690.4283-0.17370.11715.707382.717756.1382
260.7585-0.15270.08130.77040.17760.0705-0.06720.7108-0.008-0.29130.0025-0.2460.21940.3555-0.05910.93090.26270.28530.79-0.07110.362622.968190.372438.8525
271.47650.0587-0.35420.68520.5591.0247-0.0525-0.336-0.13120.16010.0486-0.0796-0.00540.1363-0.02860.27670.0516-0.00490.28980.03480.226372.581845.863864.1011
281.11240.4744-0.55081.4782-0.78060.4872-0.0487-0.11610.03760.25590.0388-0.1492-0.0901-0.1-0.0310.2059-0.01290.00170.19570.020.171774.571350.714153.9076
291.48530.708-0.6372.9872-0.66490.89450.1411-0.2896-0.07520.5367-0.17170.03710.0570.30680.01890.28840.0510.06370.21170.05870.184968.145342.162757.0687
301.04190.5466-0.16720.69570.05990.528-0.0311-0.1207-0.08630.0360.09360.022-0.1329-0.0676-0.01370.22890.02560.01520.25060.03510.222168.771246.704360.5026
311.21130.6383-0.15511.7899-0.2780.5573-0.02180.2542-0.0505-0.27710.1221-0.04640.04310.1612-0.03860.1833-0.0080.02320.2694-0.030.246976.951234.033436.8885
321.2459-0.1195-0.44340.6905-0.32850.4793-0.06780.0697-0.4699-0.12190.15350.09050.472-0.07020.0080.3259-0.03620.05340.1531-0.08830.363772.953417.890243.6768
331.95730.30610.53040.2301-0.07780.8103-0.06650.2214-0.6182-0.34710.0003-0.3260.25690.0739-0.05850.22540.0950.10050.1703-0.03380.330678.871633.024244.4893
340.9617-0.1564-0.17760.7566-0.22190.7281-0.01550.046-0.13410.0180.0536-0.0140.1862-0.00110.00630.2068-0.01780.06620.1835-0.01740.208471.699928.10945.3101
351.39360.51920.03810.8304-0.27981.11080.02130.08450.2746-0.03450.03150.1569-0.2104-0.1178-0.00360.2130.05190.01690.18610.02060.242558.529351.547536.2294
361.3601-0.0822-1.13070.08540.24691.6074-0.03010.47170.2843-0.09680.01530.0595-0.246-0.3532-0.17660.24160.01310.00180.22280.03530.170967.721347.471835.7777
371.1554-0.02550.18560.7926-0.39030.8443-0.06970.020.1671-0.09590.12590.1052-0.1147-0.1923-0.02530.20670.01960.01190.1816-0.0060.255959.712245.853438.8557
380.8279-0.352-0.36370.88570.35781.3875-0.1838-0.2958-0.0809-0.089-0.023-0.05160.02060.5678-0.01090.24060.0029-0.01380.28860.02020.229811.8246103.692587.3344
390.51070.11430.310.92140.0741.7199-0.09330.3834-0.3767-0.080.4119-0.12690.29330.1015-0.05260.3040.05530.03160.4004-0.02530.2248.456889.268278.0798
400.71730.0268-0.05081.2722-0.46331.2286-0.13970.1551-0.2909-0.3999-0.0253-0.44990.3640.5588-0.01060.37610.1010.08950.37320.01060.30918.882492.712972.7251
410.66380.6179-1.06371.0708-0.60162.56260.2591-0.1661-0.04910.0212-0.2129-0.09740.27390.76830.11670.2440.0487-0.02090.27650.02330.22415.925498.545286.0103
421.15240.1868-0.42161.3985-0.54332.6244-0.05070.07260.0282-0.1971-0.14410.0390.05250.13150.02610.2448-0.02620.0520.2260.01330.19157.1599103.006875.793
430.5739-0.1636-0.16450.6053-0.4071.3277-0.0188-0.0573-0.0949-0.054-0.1158-0.04090.2121-0.120.00920.24180.02720.01670.199-0.0010.16688.791596.675778.3847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 88 )A9 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 176 )A89 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 243 )A177 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 244 through 423 )A244 - 423
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 9 through 32 )C9 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 33 through 115 )C33 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 116 through 151 )C116 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 152 through 208 )C152 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 209 through 243 )C209 - 243
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 244 through 318 )C244 - 318
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 319 through 383 )C319 - 383
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 384 through 423 )C384 - 423
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 9 through 32 )E9 - 32
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 33 through 88 )E33 - 88
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 89 through 151 )E89 - 151
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 152 through 197 )E152 - 197
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 198 through 243 )E198 - 243
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 244 through 288 )E244 - 288
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 289 through 318 )E289 - 318
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 319 through 383 )E319 - 383
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 384 through 423 )E384 - 423
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 9 through 88 )G9 - 88
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 89 through 115 )G89 - 115
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 116 through 169 )G116 - 169
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 170 through 383 )G170 - 383
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 384 through 423 )G384 - 423
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 1 through 80 )B1 - 80
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 81 through 99 )B81 - 99
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 100 through 119 )B100 - 119
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 120 through 161 )B120 - 161
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 1 through 32 )D1 - 32
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 33 through 79 )D33 - 79
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 80 through 100 )D80 - 100
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 101 through 161 )D101 - 161
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 1 through 79 )F1 - 79
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 80 through 100 )F80 - 100
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 101 through 161 )F101 - 161
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 1 through 32 )H1 - 32
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 33 through 48 )H33 - 48
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 49 through 79 )H49 - 79
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 80 through 100 )H80 - 100
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 101 through 120 )H101 - 120
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 121 through 161 )H121 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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