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- PDB-7c7r: Biofilm associated protein - B domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7r
タイトルBiofilm associated protein - B domain
要素Biofilm-associated surface protein
キーワードCELL ADHESION / Cell wall-anchored surface protein / biofilm formation
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-abiotic substrate adhesion / single-species submerged biofilm formation / cell-cell adhesion / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain / Bacterial Ig domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Biofilm-associated surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Ma, J.F. / Xu, Z.H. / Zhang, Y.K. / Cheng, X. / Fan, S.L. / Wang, J.W. / Fang, X.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872712 中国
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: Structural mechanism for modulation of functional amyloid and biofilm formation by Staphylococcal Bap protein switch.
著者: Ma, J. / Cheng, X. / Xu, Z. / Zhang, Y. / Valle, J. / Fan, S. / Zuo, X. / Lasa, I. / Fang, X.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Integrative structure and functional implications of a 236-kDa modular protein Bap from Staphylococcus aureus
著者: Ma, J.F. / Zhang, Y.K. / Cheng, X. / Fan, S.L. / Xu, N. / Fang, X.Y.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation_author / pdbx_audit_support / struct_keywords
Item: _pdbx_audit_support.grant_number / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Biofilm-associated surface protein
A: Biofilm-associated surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,93512
ポリマ－99,5352
非ポリマー40110
水54030
1
B: Biofilm-associated surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9686
ポリマ－49,7671
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
2
A: Biofilm-associated surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9686
ポリマ－49,7671
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.171, 171.171, 102.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))
21(chain B and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNASNASN(chain A and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))AB361 - 54727 - 213
12ALAALALYSLYS(chain A and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))AB549 - 775215 - 441
13CACACACA(chain A and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))AH - L801 - 805
21GLNGLNASNASN(chain B and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))BA361 - 54727 - 213
22ALAALALYSLYS(chain B and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))BA549 - 775215 - 441
23CACACACA(chain B and (resid 361 through 547 or resid 549 through 775 or resid 801 through 805))BC - G801 - 805

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要素

#1: タンパク質 Biofilm-associated surface protein


分子量: 49767.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: bap / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q79LN3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.67 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 40% MPD, 5% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→49.1 Å / Num. obs: 27970 / % possible obs: 96.42 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 76.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25.33
反射 シェル解像度: 3.07→3.18 Å / Num. unique obs: 2317 / CC1/2: 0.661

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.07→49.1 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 1399 5 %
Rwork0.1918 26569 -
obs0.1935 27968 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.71 Å2 / Biso mean: 71.6052 Å2 / Biso min: 25.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.07→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6480 0 10 30 6520
Biso mean--68.17 55.01 -
残基数----830
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2492X-RAY DIFFRACTION4.314TORSIONAL
12B2492X-RAY DIFFRACTION4.314TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.07-3.180.33541160.2882200231682
3.18-3.310.29491230.27052354247787
3.31-3.460.27431370.22222582271996
3.46-3.640.261430.209427142857100
3.64-3.870.25851430.188827282871100
3.87-4.170.21671440.179827352879100
4.17-4.580.17591450.144327392884100
4.59-5.250.15721450.148227702915100
5.25-6.610.22661480.205628022950100
6.61-49.850.23081550.204329453100100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 139.4015 Å / Origin y: 62.7425 Å / Origin z: 24.636 Å
111213212223313233
T0.2948 Å2-0.0356 Å20.0557 Å2-0.3623 Å2-0.0108 Å2--0.2829 Å2
L0.6057 °20.2265 °20.0894 °2-0.8434 °2-0.1489 °2--0.48 °2
S0.0103 Å °0.0148 Å °0.0587 Å °0.0856 Å °0.0364 Å °0.0781 Å °-0.14 Å °0.0452 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB361 - 775
2X-RAY DIFFRACTION1allB801 - 910
3X-RAY DIFFRACTION1allA361 - 775
4X-RAY DIFFRACTION1allA801 - 922

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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