[日本語] English
万見
- PDB-7c7g: Crystal structures of AKR1C3 ternary complex with NADP+ and the c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7g
タイトルCrystal structures of AKR1C3 ternary complex with NADP+ and the chromene derivative 2j
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / regulation of testosterone biosynthetic process / : / androsterone dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / RA biosynthesis pathway / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / ketosteroid monooxygenase activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / cellular response to starvation / cellular response to calcium ion / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FJR / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Irie, K. / Toyooka, N. / Endo, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K11151 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP26460149 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17lm0203002 日本
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Development of Novel AKR1C3 Inhibitors as New Potential Treatment for Castration-Resistant Prostate Cancer.
著者: Endo, S. / Oguri, H. / Segawa, J. / Kawai, M. / Hu, D. / Xia, S. / Okada, T. / Irie, K. / Fujii, S. / Gouda, H. / Iguchi, K. / Matsukawa, T. / Fujimoto, N. / Nakayama, T. / Toyooka, N. / Matsunaga, T. / Ikari, A.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1766
ポリマ－74,1012
非ポリマー2,0754
水5,675315
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0883
ポリマ－37,0501
非ポリマー1,0382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0883
ポリマ－37,0501
非ポリマー1,0382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.121, 52.314, 76.683
Angle α, β, γ (deg.)77.254, 86.161, 77.639
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase


分子量: 37050.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FJR / 2-azanylidene-N-(4-methylphenyl)-8-oxidanyl-chromene-3-carboxamide / 8-hydroxy-2-imino-N-(p-tolyl)-2H-chromene-3-carboxamide


分子量: 294.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25-30% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350), 200 mM sodium acetate and 100 mM cacodylate, pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→46.3 Å / Num. obs: 47898 / % possible obs: 96.69 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.98 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.0771 / Rrim(I) all: 0.09217 / Net I/σ(I): 8.54
反射 シェル解像度: 1.86→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.8058 / Num. unique obs: 4670 / CC1/2: 0.663 / Rrim(I) all: 0.9581

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C7F

7c7f


解像度: 1.86→46.3 Å / SU ML: 0.3605 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.6041 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 2322 4.83 %
Rwork0.2192 45741 -
obs0.2214 47898 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→46.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5158 0 70 315 5543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00835358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18717274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0803784
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.9892025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.90.40991210.38732578X-RAY DIFFRACTION92.12
1.9-1.940.39961250.36812680X-RAY DIFFRACTION95.96
1.94-1.990.39321280.32682685X-RAY DIFFRACTION96.53
1.99-2.040.39591290.31932693X-RAY DIFFRACTION96.64
2.04-2.090.33861480.31322699X-RAY DIFFRACTION96.51
2.09-2.150.32171390.29862664X-RAY DIFFRACTION96.82
2.15-2.220.3841400.30372714X-RAY DIFFRACTION96.78
2.22-2.30.38261280.30162671X-RAY DIFFRACTION96.75
2.3-2.390.29381450.28392719X-RAY DIFFRACTION97.18
2.39-2.50.35291460.27852720X-RAY DIFFRACTION97.19
2.5-2.640.32791250.27082675X-RAY DIFFRACTION97.36
2.64-2.80.29351350.26052713X-RAY DIFFRACTION97
2.8-3.020.32471390.23222700X-RAY DIFFRACTION97.69
3.02-3.320.24361430.21552737X-RAY DIFFRACTION97.36
3.32-3.80.23791340.18392681X-RAY DIFFRACTION96.9
3.8-4.790.19151400.15222706X-RAY DIFFRACTION97.17
4.79-46.30.19941570.15142706X-RAY DIFFRACTION97.98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る