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- PDB-7c7d: Crystal structure of the catalytic unit of thermostable GH87 alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7d
タイトルCrystal structure of the catalytic unit of thermostable GH87 alpha-1,3-glucanase from Streptomyces thermodiastaticus strain HF3-3
要素alpha-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE / glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


CBM6/CBM35/CBM36-like 1 / Alpha-1,3-glucanase catalytic domain D1 / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Pectin lyase fold / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain ...CBM6/CBM35/CBM36-like 1 / Alpha-1,3-glucanase catalytic domain D1 / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Pectin lyase fold / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Pectin lyase fold/virulence factor / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces thermodiastaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Itoh, T. / Panti, N. / Toyotake, Y. / Hayashi, J. / Suyotha, W. / Yano, S. / Wakayama, M. / Hibi, T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the catalytic unit of thermostable GH87 alpha-1,3-glucanase from Streptomyces thermodiastaticus strain HF3-3.
著者: Itoh, T. / Panti, N. / Hayashi, J. / Toyotake, Y. / Matsui, D. / Yano, S. / Wakayama, M. / Hibi, T.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-1,3-glucanase
B: alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8715
ポリマ－126,5522
非ポリマー3183
水19,6181089
1
A: alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3162
ポリマ－63,2761
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
2
B: alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5543
ポリマ－63,2761
非ポリマー2782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.508, 91.329, 164.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 alpha-1,3-glucanase


分子量: 63276.133 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic unit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces thermodiastaticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A7G1KW31*PLUS, glucan endo-1,3-alpha-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1089 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 1500, 0.1 M malonate-imidazole-boric acid buffer, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→47 Å / Num. obs: 325339 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 15825 / CC1/2: 0.59

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZRU

5zru


解像度: 1.16→41.21 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1586 16329 5.02 %
Rwork0.1349 308998 -
obs0.136 325327 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.93 Å2 / Biso mean: 20.9159 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→41.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7934 0 18 1089 9041
Biso mean--44.46 38.41 -
残基数----1078
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.16-1.170.28935140.2495100301054498
1.17-1.180.27855810.24391022210803100
1.18-1.20.24725110.22991027810789100
1.2-1.210.23275400.21151019110731100
1.21-1.230.22185690.20051026310832100
1.23-1.250.2125670.18731018210749100
1.25-1.260.19875560.17761018010736100
1.26-1.280.19455690.17311026710836100
1.28-1.30.19425180.16191029910817100
1.3-1.320.18675000.16231026510765100
1.32-1.350.18775050.15471026110766100
1.35-1.370.16685130.14571029810811100
1.37-1.40.18045770.14281024010817100
1.4-1.430.16125330.1321028510818100
1.43-1.460.16475940.12231025810852100
1.46-1.490.14525320.11641026710799100
1.49-1.530.13385600.10931025510815100
1.53-1.570.1375630.10591025310816100
1.57-1.620.13675720.1071024310815100
1.62-1.670.13725390.10961033110870100
1.67-1.730.14725610.11531030910870100
1.73-1.80.15315330.11921033310866100
1.8-1.880.13755680.11761029710865100
1.88-1.980.1425120.11811037510887100
1.98-2.10.13855270.11781035110878100
2.1-2.260.14055300.1214103801091099
2.26-2.490.13835460.1314103751092199
2.49-2.850.15455370.1375104441098199
2.85-3.590.1595350.1351104871102299
3.59-41.210.16695670.1401107791134699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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