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- PDB-7c75: Crystal structure of yak lactoperoxidase with partially coordinat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c75
タイトルCrystal structure of yak lactoperoxidase with partially coordinated Na ion in the distal heme cavity
要素Lactoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lactoperoxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / defense response to bacterium / heme binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Lactoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos mutus (ノヤク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Rani, C. / Ahmad, N. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Potassium-induced partial inhibition of lactoperoxidase: structure of the complex of lactoperoxidase with potassium ion at 2.20 angstrom resolution.
著者: Singh, P.K. / Pandey, S. / Rani, C. / Ahmad, N. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年6月24日ID: 6L3Z
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,44210
ポリマ－67,7731
非ポリマー1,6699
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.910, 84.830, 98.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質 Lactoperoxidase


分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos mutus (ノヤク) / 参照: UniProt: L8ICE9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 399分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.2M Sodium Fluoride, 20% PEG 3350 / PH範囲: 5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月19日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→64.3 Å / Num. obs: 18790 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1265 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.34 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L3Z

6l3z
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→64.295 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 15.846 / SU ML: 0.311 / Average fsc free: 0.878 / Average fsc work: 0.9093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.4 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 893 4.753 %
Rwork0.193 17896 -
all0.197 --
obs-18789 98.931 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.061 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.172 Å2-0 Å2
3----0.233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→64.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4784 0 89 395 5268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.6846854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1921.59910600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1885594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90721.841277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.10415825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1461538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2040.24854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.22364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.22178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1080.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1630.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3320.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5852.742382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5492.7382381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4724.1032972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4764.1072973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0972.7942660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0982.7972655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6754.1593880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6744.1593880
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.13431.1076082
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.0731.1516013
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.7-2.770.332770.28512650.28813810.7560.80197.1760.26
2.77-2.8460.32670.26412400.26713420.8230.83497.3920.237
2.846-2.9280.287490.23512230.23713010.8120.8697.7710.208
2.928-3.0180.374640.22311920.2312760.7760.87498.43260.192
3.018-3.1170.326700.20311460.21112270.8740.89899.10350.178
3.117-3.2260.251490.20811410.2111970.8970.90399.41520.18
3.226-3.3470.32600.19210790.19911470.870.91199.30250.176
3.347-3.4840.226490.18410700.18611220.9260.93899.73260.169
3.484-3.6380.222280.16810500.1710820.9350.94999.63030.157
3.638-3.8150.246410.1799760.18210200.9250.94699.70590.174
3.815-4.0210.231500.1869240.1889790.910.93399.48930.18
4.021-4.2640.266380.1798840.1839250.8930.92999.67570.175
4.264-4.5570.245400.1728210.1758640.8950.94399.65280.173
4.557-4.920.283310.1557950.1598290.9420.9699.63810.151
4.92-5.3860.275530.1796960.1867560.9260.94699.07410.171
5.386-6.0160.254300.2096670.2126990.9330.93399.71390.199
6.016-6.9370.178350.1685800.1696180.9630.95499.51460.159
6.937-8.4710.217160.1265160.1285380.9610.97698.88480.128
8.471-11.8780.192320.1493870.1524230.9570.97199.05440.161
11.878-64.2950.238140.2472440.2472660.9560.94396.99250.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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