PDB-7c73: Crystal structure of yak lactoperoxidase using data obtained from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c73

タイトル

Crystal structure of yak lactoperoxidase using data obtained from crystals soaked in MgCl2 at 2.70 A resolution

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lactoperoxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / defense response to bacterium / heme binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos mutus (ノヤク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Pandey, S.N. / Rani, C. / Ahmad, N. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Potassium-induced partial inhibition of lactoperoxidase: structure of the complex of lactoperoxidase with potassium ion at 2.20 angstrom resolution.
著者: Singh, P.K. / Pandey, S. / Rani, C. / Ahmad, N. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2020年5月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2020年6月24日	ID: 6LNV
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2021年2月3日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c73.cif.gz	147.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c73.ent.gz	108.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c73_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c73_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7c73_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	7c73_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l32C 6l5gC 7c74C 7c75C 7d52C 7dmrC 6lnv PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r5o-d 4msf-d 3qf1-d 6lrn-2 4oek-d 3tgy-d 3v6q-d 5gls-d 6kmk-d 1cxp-3 4dl1-12 6lrn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

69.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.880, 79.930, 75.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.350, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Lactoperoxidase

分子量: 67853.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Bos mutus (ノヤク) / 参照: UniProt: L8ICE9

#2: 化合物

ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME

分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG 3350, tris-HCl, pH 8 / PH範囲: 5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月9日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 17274 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.96 / R_merge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 1170 / CC_1/2: 0.536 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LNV

6lnv
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.7→47.577 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.819 / WR_factor R_free: 0.276 / WR_factor R_work: 0.194 / SU B: 23.703 / SU ML: 0.455 / Average fsc free: 0.8066 / Average fsc work: 0.8408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.479 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3063	843	5.001 %
R_work	0.218	16013	-
all	0.222	-	-
obs	-	16856	97.58 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.678 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.042 Å²	-0 Å²	-0.071 Å²
2-	-	0.039 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4817	0	44	242	5103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.674	6805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.224	1.594	10562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.558	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.68	21.841	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.398	15	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.2	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.2	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.234	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.061	3.829	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.056	3.826	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.644	5.737	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.643	5.74	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.676	3.97	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.676	3.971	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.982	5.92	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.982	5.921	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.506	67.869	23378
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.499	67.94	23306

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.398	54	0.344	1170	0.347	1253	0.549	0.644	97.6856	0.334
2.77-2.846	0.417	56	0.326	1120	0.33	1235	0.613	0.674	95.2227	0.311
2.846-2.928	0.318	58	0.312	1114	0.313	1196	0.747	0.698	97.9933	0.292
2.928-3.018	0.366	60	0.286	1069	0.29	1168	0.703	0.753	96.661	0.263
3.018-3.116	0.333	60	0.244	1048	0.249	1135	0.793	0.838	97.6211	0.216
3.116-3.225	0.358	53	0.246	1019	0.251	1099	0.797	0.841	97.5432	0.22
3.225-3.346	0.409	39	0.247	996	0.253	1054	0.714	0.847	98.1973	0.218
3.346-3.482	0.384	53	0.229	945	0.238	1018	0.827	0.871	98.0354	0.207
3.482-3.636	0.239	52	0.221	904	0.222	981	0.896	0.89	97.4516	0.201
3.636-3.812	0.252	47	0.181	876	0.185	935	0.916	0.935	98.7166	0.168
3.812-4.017	0.238	54	0.177	825	0.18	899	0.895	0.933	97.7753	0.163
4.017-4.259	0.323	37	0.183	775	0.189	826	0.867	0.923	98.3051	0.171
4.259-4.55	0.261	52	0.172	737	0.179	803	0.914	0.924	98.2565	0.16
4.55-4.911	0.298	38	0.172	683	0.179	739	0.897	0.933	97.5643	0.16
4.911-5.374	0.359	31	0.164	645	0.172	694	0.887	0.941	97.4063	0.155
5.374-5.999	0.262	28	0.171	582	0.175	621	0.888	0.94	98.2287	0.161
5.999-6.909	0.229	30	0.191	512	0.194	551	0.916	0.912	98.3666	0.179
6.909-8.417	0.471	14	0.169	443	0.177	467	0.846	0.93	97.8587	0.166
8.417-11.722	0.232	18	0.156	342	0.16	369	0.949	0.95	97.561	0.164
11.722-47.577	0.171	9	0.272	207	0.267	227	0.941	0.897	95.1542	0.307

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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