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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c6d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E19A mutant chitosanase from Bacillus subtilis MY002 complexed with 6 GlcN. | ||||||
要素 | Chitosanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / chitosanase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chitosanase / chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.451 Å | ||||||
データ登録者 | Gou, Y. / Liu, Z.C. / Xie, T. / Wang, G.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Colloids Surf B Biointerfaces / 年: 2021 タイトル: Structure-based rational design of chitosanase CsnMY002 for high yields of chitobiose. 著者: Li, Y. / Gou, Y. / Liu, Z. / Xie, T. / Wang, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c6d.cif.gz | 120.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c6d.ent.gz | 91.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c6d_validation.pdf.gz | 639.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c6d_full_validation.pdf.gz | 639.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c6d_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c6d_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c6d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27405.547 Da / 分子数: 1 / 変異: E19A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: csn, BSU26890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07921, chitosanase |
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#2: 多糖 | 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2- ...2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M ammonium sulfate and 25%(w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→24.98 Å / Num. obs: 51501 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 47.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.133 / Mean I/σ(I) obs: 0.147 / Num. unique obs: 2256 / CC1/2: 0.986 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7C6C 解像度: 1.451→24.978 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 13.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 46.84 Å2 / Biso mean: 16.2764 Å2 / Biso min: 8.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.451→24.978 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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