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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c5w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the iota-carbonic anhydrase from cyanobacterium complexed with iodide | ||||||
![]() | iota-carbonic anhydrase | ||||||
![]() | LYASE / carbonic anhydrase / iodide complex | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterised conserved protein UCP028288 / NTF2-like domain superfamily / IODIDE ION / All2909 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Senda, M. / Senda, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of a novel type of carbonic anhydrase that acts without metal cofactors. 著者: Hirakawa, Y. / Senda, M. / Fukuda, K. / Yu, H.Y. / Ishida, M. / Taira, M. / Kinbara, K. / Senda, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 633.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 634.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19307.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7120 / 遺伝子: all2909 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→45.75 Å / Num. obs: 33691 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 55.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25.18 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4738 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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