+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c5i | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of C150A mutant of Glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase1 from Escherichia coli complexed with PO4 at 2.49 Angstrom resolution | |||||||||
![]() | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / EcGAPDH 1 / NAD | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhang, L. / Liu, M.R. / Bao, L.Y. / Yao, Y.C. / Bostrom, I.K. / Wang, Y.D. / Chen, A.Q. / Li, J.X. / Gu, S.H. / Ji, C.N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel Structures of Type 1 Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Escherichia coli Provide New Insights into the Mechanism of Generation of 1,3-Bisphosphoglyceric Acid. 著者: Zhang, L. / Liu, M. / Bao, L. / Bostrom, K.I. / Yao, Y. / Li, J. / Gu, S. / Ji, C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 279.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 223.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 6.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 6.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7c5gC ![]() 7c5hC ![]() 7c5jC ![]() 7c5kC ![]() 7c5lC ![]() 7c5mC ![]() 7c5nC ![]() 7c5oC ![]() 7c5pC ![]() 7c5qC ![]() 7c5rC ![]() 7c7kC ![]() 7c5fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 OPQR
#1: タンパク質 | 分子量: 37855.855 Da / 分子数: 4 / 変異: C150A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ECBD_2224 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A140NCK4, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
---|
-非ポリマー , 5種, 582分子 ![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 100mM sodium Cacodylate pH 6.3, 20%(w/v) PEG 1000, 200mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 50448 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 50448 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7C5F 解像度: 2.48→48.031 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.866 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.673 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.431 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.48→48.031 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|