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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c4v | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of anorthic Vancomycin at 1.05 A resolution | |||||||||
要素 | Vancomycin | |||||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / MicroED / Vancomycin / superbacteria | |||||||||
機能・相同性 | Vancomycin 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Amycolatopsis orientalis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan, Q. / Zhou, H. / Li, X. / Wang, J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2020 タイトル: Precise Control Over Kinetics of Molecular Assembly: Production of Particles with Tunable Sizes and Crystalline Forms. 著者: Qingrui Fan / Linhai Li / Han Xue / Heng Zhou / Lishan Zhao / Jie Liu / Junqiang Mao / Shuwang Wu / Shizhong Zhang / Chenyang Wu / Xueming Li / Xin Zhou / Jianjun Wang / 要旨: It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of ...It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of solute molecules, by a programmed recrystallization of solvent crystal grains, to form micro/nanoparticles with tunable sizes and crystalline forms. A quantitative correlation between the protocol of recrystallization temperature and the assembly kinetics results in precise control over the size of assembled particles, ranging from single-atom catalysts, pure drug nanoparticles, to sub-millimeter organic-semiconductor single crystals. The extensive regulation of the assembly rates leads to the unique and powerful capability of tuning the stacking of molecules, involving the formation of single crystals of notoriously crystallization-resistant molecules and amorphous structures of molecules with a very high propensity to crystallize, which endows it with wide-ranging applications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c4v.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c4v.ent.gz | 15.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c4v_validation.pdf.gz | 973.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c4v_full_validation.pdf.gz | 979.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c4v_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c4v_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/7c4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/7c4v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 30289MC 7c4uC 1fvmS |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vancomycin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Amycolatopsis orientalis (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 50 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.72 sec. / 電子線照射量: 0.0286 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
EM回折 | カメラ長: 520 mm |
EM回折 シェル | 解像度: 1.05→1.1 Å / フーリエ空間範囲: 66.9 % / 多重度: 6.83 / 構造因子数: 1907 / 位相残差: 1 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 65.8 % / 再高解像度: 1.05 Å / 測定した強度の数: 43720 / 構造因子数: 6462 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 60 / Rmerge: 0.215 / Rsym: 0.215 |
検出器 | 日付: 2019年6月1日 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.1 Å / 冗長度: 6.83 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / Num. unique obs: 852 / CC1/2: 0.949 / % possible all: 66.9 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 109.52 ° / ∠β: 97.33 ° / ∠γ: 106.58 ° / A: 13.97 Å / B: 18.55 Å / C: 23.86 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1 | ||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.05 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1FVM PDB chain-ID: A / Accession code: 1FVM / Pdb chain residue range: 4-7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FVM 解像度: 1.05→7.875 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 30.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 25.63 Å2 / Biso mean: 8.8747 Å2 / Biso min: 3.23 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.05→7.88 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection Rfree: 5 %
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