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- PDB-7c4d: Marine microorganism esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4d
タイトルMarine microorganism esterase
要素Putative esterase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / ACETATE ION / Putative esterase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Zhu, C.H. / Wu, Y.K. / Isupov, M.N.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into a Novel Esterase from the East Pacific Rise and Its Improved Thermostability by a Semirational Design.
著者: Zhu, C. / Chen, Y. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Sun, L. / Liu, X. / Wang, Q. / Gong, H. / Dong, P. / Zhang, N. / Wu, Y.
履歴
登録2020年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9255
ポリマ－30,6461
非ポリマー2794
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.000, 67.000, 62.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Putative esterase / Carboxylesterases


分子量: 30646.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S1GUX0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 50mM Li2SO4, 50mM Na2SO4, MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→58.024 Å / Num. obs: 20051 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 1421 / CC1/2: 0.354 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
DMMultiモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3bf8

3bf8


解像度: 2.03→58.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 6.692 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.184 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1052 5.256 %
Rwork0.1999 18963 -
all0.203 --
obs-20015 99.597 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.547 Å2-0.273 Å20 Å2
2---0.547 Å2-0 Å2
3---1.773 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→58.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 17 66 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.6312958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8285268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27123.491106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.41315405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.927159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21454
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2490.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3586.5841055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.3879.8521319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.5427.0441132
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.29510.3351636
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.206125.0629116
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.03-2.0830.3611010.39813150.39514780.6560.64595.80510.4
2.083-2.140.377780.34113560.34314350.7160.69899.93030.343
2.14-2.2020.414880.33413190.33914070.6970.7531000.331
2.202-2.2690.38750.37212900.37213780.760.77599.05660.368
2.269-2.3440.322540.27912720.28113260.8570.8731000.255
2.344-2.4260.231460.25912290.25812760.9080.89599.92160.236
2.426-2.5170.314620.2511790.25412420.8650.90199.91950.227
2.517-2.620.308530.25211280.25511810.9110.9121000.232
2.62-2.7360.234590.23710800.23711390.9210.9191000.222
2.736-2.8690.302700.22810320.23311020.9070.9281000.218
2.869-3.0240.305560.2159780.2210340.8990.9411000.216
3.024-3.2070.243520.2199450.229980.9290.93999.89980.227
3.207-3.4270.241460.2028830.2049290.9450.9511000.215
3.427-3.7010.196440.1888040.1898480.9580.9621000.205
3.701-4.0530.248380.1727400.1757780.9440.9651000.192
4.053-4.5280.221420.1596880.1627300.9430.9671000.183
4.528-5.2230.189280.1526070.1546350.9680.9691000.182
5.223-6.3840.251180.1595150.1625330.9360.9651000.184
6.384-8.9750.224300.1833860.1864160.9360.951000.21
8.975-58.0240.41120.1662170.1792310.8190.90199.13420.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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