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万見
- PDB-7c49: nicA2 with cofactor FAD and substrate nicotine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c49
タイトルnicA2 with cofactor FAD and substrate nicotine
要素Amine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex / oxydoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotine dehydrogenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / periplasmic space / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin amine oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 5-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]pyridin-2-ol / Nicotine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Xu, P. / Zhang, K.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Molecular Deceleration Regulates Toxicant Release to Prevent Cell Damage in Pseudomonas putida S16 (DSM 28022).
著者: Tang, H. / Zhang, K. / Hu, H. / Wu, G. / Wang, W. / Zhu, X. / Liu, G. / Xu, P.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase
B: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8476
ポリマ－102,9202
非ポリマー1,9284
水3,639202
1
A: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4243
ポリマ－51,4601
非ポリマー9642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4243
ポリマ－51,4601
非ポリマー9642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.787, 81.787, 164.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-1, -0.000158, 0.000133), (-0.000158, 1, 0.000274), (-0.000133, 0.000274, -1)0.00623, 0.00457, -1.4625

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要素

#1: タンパク質 Amine oxidase


分子量: 51459.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
株: S16 / 遺伝子: PPS_4081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8G0P2
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-HNL / 5-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]pyridin-2-ol / 6-hydroxy-L-nicotine / 6-ヒドロキシニコチン


分子量: 178.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Tris-Hcl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→81.79 Å / Num. obs: 51361 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.529 / Num. unique obs: 5128

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.25→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.303 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 2621 5.3 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 46537 95.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.72 Å2 / Biso mean: 52.906 Å2 / Biso min: 22.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.98 Å20 Å20 Å2
2--2.98 Å20 Å2
3----5.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6656 0 130 202 6988
Biso mean--51.74 44.81 -
残基数----858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0187048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.8719556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0532.91714860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1945861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44223.834326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94151141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.291547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.306 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 188 -
Rwork0.18 3588 -
obs--99.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5516-0.1072-0.06961.9779-0.11311.0414-0.0456-0.0315-0.15550.16510.05190.03590.2663-0.0484-0.00630.104-0.010.0020.02330.00050.0833-6.034-22.61515.977
20.2004-0.0437-0.10661.90740.12440.9539-0.04580.0231-0.0967-0.12810.0556-0.05620.27260.0788-0.00980.11190.01570.00930.0455-0.00630.11655.832-23.059-17.592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 482
2X-RAY DIFFRACTION2B50 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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