PDB-7c27: Glycosidase F290Y at pH4.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c27

タイトル

Glycosidase F290Y at pH4.5

要素

Isomaltose glucohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

isomaltose glucohydrolase / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / polysaccharide catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Tagami, T. / Kikuchi, A. / Okuyama, M. / Kimura, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase.
著者: Tagami, T. / Chen, M. / Furunaga, Y. / Kikuchi, A. / Sadahiro, J. / Lang, W. / Okuyama, M. / Tanaka, Y. / Iwasaki, T. / Yao, M. / Kimura, A.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c27.cif.gz	99.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c27.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c27_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c27_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	7c27_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	7c27_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z3aC 5z3bC 5z3cC 5z3dSC 5z3eC 5z3fC 7c24C 7c25C 7c26C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z3a-d 5g0h-d 7c24-d 6dvn-1 5z3c-d 7c25-d 5z3f-d 6pye-1 4cbt-1 6r0k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (4) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isomaltose glucohydrolase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.811, 104.811, 90.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-649- HOH
2	1	A-703- HOH
3	1	A-707- HOH

#1: タンパク質	Isomaltose glucohydrolase 分子量: 44060.059 Da / 分子数: 1 / 変異: F290Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア) 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_1896 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: D2PPM8, isomaltose glucohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammonium citrate (pH 7.0), 8% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→46.92 Å / Num. obs: 39724 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.242 / R_sym value: 0.238 / Net I/σ(I): 0.107
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 26.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.01 / Num. unique obs: 6298 / CC_1/2: 0.429 / R_rim(I) all: 3.722 / R_sym value: 3.651 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z3D

5z3d

解像度: 1.91→46.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.339 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	1992	5.015 %
R_work	0.1819	-	-
all	0.183	-	-
obs	-	39723	99.942 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.143 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.143 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→46.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2865	0	38	276	3179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.62	4121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.449	1.578	6154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.017	5	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.762	20.059	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.339	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.088	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.175	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.136	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.863	3.682	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.846	3.679	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.783	5.507	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.787	5.512	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.461	4.01	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.448	4.007	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.903	5.905	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.902	5.906	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.485	44.243	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.334	43.823	3613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.956	0.399	146	0.393	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.6528
1.956-2.01	0.308	149	0.313	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.068	0.345	132	0.306	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.9634
2.068-2.132	0.287	134	0.279	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.132-2.202	0.262	127	0.24	2449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.279	0.29	125	0.242	2383	X-RAY DIFFRACTION	99.9203
2.279-2.365	0.252	123	0.217	2282	X-RAY DIFFRACTION	99.9584
2.365-2.461	0.232	114	0.211	2226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.461-2.571	0.273	113	0.198	2138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.696	0.232	107	0.175	2035	X-RAY DIFFRACTION	99.9533
2.696-2.842	0.225	102	0.176	1952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.842-3.014	0.167	100	0.158	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.014-3.222	0.215	91	0.168	1754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.222-3.48	0.23	86	0.175	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.811	0.177	78	0.168	1506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.811-4.26	0.156	73	0.137	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.917	0.16	65	0.123	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
4.917-6.018	0.148	56	0.131	1057	X-RAY DIFFRACTION	100
6.018-8.492	0.125	43	0.13	831	X-RAY DIFFRACTION	100
8.492-46.92	0.231	28	0.178	513	X-RAY DIFFRACTION	98.5428

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関連情報:EMDBヘッダ

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