PDB-7c24: Glycosidase F290Y at pH8.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c24

タイトル

Glycosidase F290Y at pH8.0

要素

Isomaltose glucohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

isomaltose glucohydrolase / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Tagami, T. / Kikuchi, A. / Okuyama, M. / Kimura, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase.
著者: Tagami, T. / Chen, M. / Furunaga, Y. / Kikuchi, A. / Sadahiro, J. / Lang, W. / Okuyama, M. / Tanaka, Y. / Iwasaki, T. / Yao, M. / Kimura, A.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c24.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c24.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z3aC 5z3bC 5z3cC 5z3dSC 5z3eC 5z3fC 7c25C 7c26C 7c27C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z3c-d 7c25-d 6f2b-3 7c27-d 5z3b-d 5z3a-d 6dvn-1 6fwo-d 4cbt-1 6f6j-2 6sbe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (4) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isomaltose glucohydrolase

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.806, 104.806, 89.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-665- HOH
2	1	A-675- HOH
3	1	A-729- HOH
4	1	A-749- HOH

#1: タンパク質	Isomaltose glucohydrolase 分子量: 44060.059 Da / 分子数: 1 / 変異: F290Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア) 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_1896 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: D2PPM8, isomaltose glucohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Ammonium citrate (pH 8.0), 8% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→41.59 Å / Num. obs: 54864 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.226 / R_sym value: 0.222 / Net I/σ(I): 0.134
反射シェル	解像度: 1.71→1.81 Å / 冗長度: 25.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.0084 / Num. unique obs: 8723 / CC_1/2: 0.529 / R_rim(I) all: 4.667 / R_sym value: 4.575 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z3D

5z3d

解像度: 1.71→41.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.562 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1894	2740	4.994 %
R_work	0.1633	-	-
all	0.165	-	-
obs	-	54862	99.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.489 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.489 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.978 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→41.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2865	0	31	349	3245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3026
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.62	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.548	1.578	6185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.998	5	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.326	20.238	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.412	15	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.009	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.186	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	730
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.309	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.264	2.707	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.232	2.704	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.955	4.043	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.962	4.047	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.046	2.994	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.047	2.995	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.303	4.388	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.302	4.39	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.753	33.299	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.5	32.597	3635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.751	0.349	199	0.342	3798	X-RAY DIFFRACTION	99.5021
1.751-1.799	0.32	191	0.3	3684	X-RAY DIFFRACTION	99.9226
1.799-1.851	0.301	191	0.288	3583	X-RAY DIFFRACTION	99.9206
1.851-1.908	0.282	183	0.269	3525	X-RAY DIFFRACTION	99.9461
1.908-1.97	0.258	180	0.237	3394	X-RAY DIFFRACTION	99.9161
1.97-2.039	0.249	175	0.217	3291	X-RAY DIFFRACTION	99.9712
2.039-2.116	0.228	167	0.191	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.203	0.209	160	0.168	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.203-2.3	0.171	151	0.152	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.9678
2.3-2.413	0.175	153	0.145	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.9663
2.413-2.543	0.205	139	0.157	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.8238
2.543-2.697	0.181	135	0.145	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.9257
2.697-2.883	0.175	125	0.142	2411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.883-3.114	0.19	119	0.144	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.114-3.411	0.192	111	0.146	2083	X-RAY DIFFRACTION	99.9544
3.411-3.813	0.159	99	0.145	1899	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.813-4.401	0.139	88	0.122	1681	X-RAY DIFFRACTION	99.7744
4.401-5.387	0.141	77	0.118	1441	X-RAY DIFFRACTION	99.8684
5.387-7.605	0.145	61	0.142	1163	X-RAY DIFFRACTION	100
7.605-41.588	0.163	36	0.152	687	X-RAY DIFFRACTION	98.7705

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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