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- PDB-7c1o: Crystal structure of Aquifex aeolicus Era Y63A bound to GDP.AlF4- -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c1o
タイトルCrystal structure of Aquifex aeolicus Era Y63A bound to GDP.AlF4-
要素GTPase Era
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HAS-GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein Era / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / KHドメイン / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta ...GTP-binding protein Era / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Era-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / KHドメイン / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GTPase Era
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Batra, S. / Prakash, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)DST/INT/JSPS/P-248/2017 インド
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Aquifex aeolicus Era Y63A bound to GDP.AlF4-
著者: Batra, S. / Prakash, B.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase Era
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5687
ポリマ－34,7301
非ポリマー8386
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.377, 72.860, 120.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GTPase Era / GTP-BINDING PROTEIN ERA


分子量: 34729.980 Da / 分子数: 1 / 断片: GTP binding domain / 変異: Y63A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: era, era1, aq_1994 / プラスミド: pBA1971 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O67800

-
非ポリマー , 7種, 100分子

#2: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 10 mg/ml protein with equal volume of 100 mM Bis-Tris, 200 mM Ammonium acetate, 18 % PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→46.52 Å / Num. obs: 17524 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 135548
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.18-2.247.41.052921312480.6220.4091.1311.898.5
9.75-46.526.10.02415372500.9990.0110.02752.199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.81 Å46.52 Å
Translation5.81 Å46.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IEV

3iev


解像度: 2.18→46.52 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 1746 10 %
Rwork0.205 15722 -
obs0.2081 17468 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.1 Å2 / Biso mean: 51.3725 Å2 / Biso min: 22.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 48 94 2387
Biso mean--42.95 48.88 -
残基数----301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.18-2.240.33391400.30481267140799
2.24-2.320.28511430.265912831426100
2.32-2.40.27641440.24712831427100
2.4-2.490.29641410.240212741415100
2.49-2.610.32071450.27413151460100
2.61-2.750.30981430.246612861429100
2.75-2.920.30191440.2413021446100
2.92-3.140.27321450.229412991444100
3.14-3.460.2811460.214413131459100
3.46-3.960.24171470.189813281475100
3.96-4.990.17421490.157513381487100
4.99-46.520.18091590.18314341593100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6812-0.37920.0414.00240.06230.6923-0.0341-0.10530.11460.20070.0057-0.1308-0.1942-0.03960.00010.25550.0141-0.00720.2656-0.00880.2136-3.34960.3857-12.9985
23.0870.99590.17932.7657-0.24790.751-0.08020.1841-0.5651-0.13830.07560.17420.1589-0.1466-0.00010.26950.02060.01190.2994-0.00930.3946-10.2423-13.3807-16.946
30.94190.3907-0.20593.0413-0.35981.7671-0.0826-0.18690.20340.57240.1509-0.1179-0.5858-0.13320.01240.5070.08280.02940.3919-0.0490.308-6.438912.6092-10.8132
41.2634-0.43460.4792.3864-0.37921.7081-0.0068-0.10070.04550.37390.02730.1473-0.8060.01020.00450.55540.07170.02070.36850.03710.3491-7.503319.5041-15.7394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 85 )A1 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 161 )A86 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 162 through 250 )A162 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 251 through 301 )A251 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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