ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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PHENIX | 1.17.1_3660精密化 | | XDS | | データ削減 | | Aimless | 0.5.21データスケーリング | | PHASER | 2.8.1位相決定 | | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IEV 解像度: 2.18→46.52 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.236 | 1746 | 10 % |
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Rwork | 0.205 | 15722 | - |
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obs | 0.2081 | 17468 | 99.88 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 95.1 Å2 / Biso mean: 51.3725 Å2 / Biso min: 22.58 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.18→46.52 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2245 | 0 | 48 | 94 | 2387 |
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Biso mean | - | - | 42.95 | 48.88 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 301 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.18-2.24 | 0.3339 | 140 | 0.3048 | 1267 | 1407 | 99 | 2.24-2.32 | 0.2851 | 143 | 0.2659 | 1283 | 1426 | 100 | 2.32-2.4 | 0.2764 | 144 | 0.247 | 1283 | 1427 | 100 | 2.4-2.49 | 0.2964 | 141 | 0.2402 | 1274 | 1415 | 100 | 2.49-2.61 | 0.3207 | 145 | 0.274 | 1315 | 1460 | 100 | 2.61-2.75 | 0.3098 | 143 | 0.2466 | 1286 | 1429 | 100 | 2.75-2.92 | 0.3019 | 144 | 0.24 | 1302 | 1446 | 100 | 2.92-3.14 | 0.2732 | 145 | 0.2294 | 1299 | 1444 | 100 | 3.14-3.46 | 0.281 | 146 | 0.2144 | 1313 | 1459 | 100 | 3.46-3.96 | 0.2417 | 147 | 0.1898 | 1328 | 1475 | 100 | 3.96-4.99 | 0.1742 | 149 | 0.1575 | 1338 | 1487 | 100 | 4.99-46.52 | 0.1809 | 159 | 0.183 | 1434 | 1593 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.6812 | -0.3792 | 0.041 | 4.0024 | 0.0623 | 0.6923 | -0.0341 | -0.1053 | 0.1146 | 0.2007 | 0.0057 | -0.1308 | -0.1942 | -0.0396 | 0.0001 | 0.2555 | 0.0141 | -0.0072 | 0.2656 | -0.0088 | 0.2136 | -3.3496 | 0.3857 | -12.9985 | 2 | 3.087 | 0.9959 | 0.1793 | 2.7657 | -0.2479 | 0.751 | -0.0802 | 0.1841 | -0.5651 | -0.1383 | 0.0756 | 0.1742 | 0.1589 | -0.1466 | -0.0001 | 0.2695 | 0.0206 | 0.0119 | 0.2994 | -0.0093 | 0.3946 | -10.2423 | -13.3807 | -16.946 | 3 | 0.9419 | 0.3907 | -0.2059 | 3.0413 | -0.3598 | 1.7671 | -0.0826 | -0.1869 | 0.2034 | 0.5724 | 0.1509 | -0.1179 | -0.5858 | -0.1332 | 0.0124 | 0.507 | 0.0828 | 0.0294 | 0.3919 | -0.049 | 0.308 | -6.4389 | 12.6092 | -10.8132 | 4 | 1.2634 | -0.4346 | 0.479 | 2.3864 | -0.3792 | 1.7081 | -0.0068 | -0.1007 | 0.0455 | 0.3739 | 0.0273 | 0.1473 | -0.806 | 0.0102 | 0.0045 | 0.5554 | 0.0717 | 0.0207 | 0.3685 | 0.0371 | 0.3491 | -7.5033 | 19.5041 | -15.7394 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 85 )A1 - 85 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 86 through 161 )A86 - 161 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 162 through 250 )A162 - 250 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 251 through 301 )A251 - 301 | | | | | | | | |
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