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- PDB-7c1m: Complex structure of tyrosinated alpha-tubulin carboxy-terminal p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c1m
タイトルComplex structure of tyrosinated alpha-tubulin carboxy-terminal peptide and A1aY1 binder
要素
  • Carboxy-terminal peptide from tyrosinated alpha-tubulin
  • Nanobody binder from SSO7d library
キーワードPROTEIN BINDING / Tyrosinated / Microtubule / Binder / SSO7d / yeast display
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / organelle transport along microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / forebrain morphogenesis / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III ...Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / organelle transport along microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / forebrain morphogenesis / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / cerebellar cortex morphogenesis / glial cell differentiation / dentate gyrus development / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / neuron projection arborization / flagellated sperm motility / Gap junction assembly / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / response to L-glutamate / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / motor behavior / response to tumor necrosis factor / Recycling pathway of L1 / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / response to mechanical stimulus / sperm flagellum / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule-based process / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / condensed chromosome / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / homeostasis of number of cells within a tissue / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cellular response to calcium ion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / AURKA Activation by TPX2 / adult locomotory behavior / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / neuromuscular junction / intracellular protein transport / RHO GTPases Activate Formins / synapse organization / recycling endosome / PKR-mediated signaling / cerebral cortex development / visual learning / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron migration / HCMV Early Events / Aggrephagy / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / neuron apoptotic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / gene expression / microtubule / hydrolase activity / cilium / protein heterodimerization activity / cell division / GTP binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain ...Alpha tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus 98/2 (古細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kesarwani, S. / Reddy, P.P. / Sirajuddin, M. / Das, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR5081/INF/156/2012 インド
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2020
タイトル: Genetically encoded live-cell sensor for tyrosinated microtubules.
著者: Kesarwani, S. / Lama, P. / Chandra, A. / Reddy, P.P. / Jijumon, A.S. / Bodakuntla, S. / Rao, B.M. / Janke, C. / Das, R. / Sirajuddin, M.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody binder from SSO7d library
B: Carboxy-terminal peptide from tyrosinated alpha-tubulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8422
ポリマ－8,8422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1140 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5270 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Nanobody binder from SSO7d library


分子量: 7486.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus 98/2 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Carboxy-terminal peptide from tyrosinated alpha-tubulin


分子量: 1355.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71U36*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HN(CA)CB
1101isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic22D Filtered NOESY
1111isotropic22D Filtered TOCSY
1121isotropic23D 13C-filtered, 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 50 mM unlabeled sodium phosphate, 200 mM unlabeled sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphateunlabeled1
200 mMsodium chlorideunlabeled1
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
HADDOCKBonvinstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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