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万見
- PDB-7c1i: Crystal structure of histidine-containing phosphotransfer protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c1i
タイトルCrystal structure of histidine-containing phosphotransfer protein B (HptB) from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素Histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / P. aeruginosa / Two-component regulatory system / Sensor histidine kinase / Histidine-containing phosphotransfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of single-species biofilm formation / protein histidine kinase binding / histidine phosphotransfer kinase activity / positive regulation of chemotaxis / regulation of cell motility / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine kinase / HPt domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Chen, S.K. / Guan, H.H. / Wu, P.H. / Lin, L.T. / Wu, M.C. / Chang, H.Y. / Chen, N.C. / Lin, C.C. / Chuankhayan, P. / Huang, Y.C. ...Chen, S.K. / Guan, H.H. / Wu, P.H. / Lin, L.T. / Wu, M.C. / Chang, H.Y. / Chen, N.C. / Lin, C.C. / Chuankhayan, P. / Huang, Y.C. / Lin, P.J. / Chen, C.J.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the histidine-containing phospho-transfer protein and receiver domain of sensor histidine kinase suggest a complex model in the two-component regulatory system ...タイトル: Structural insights into the histidine-containing phospho-transfer protein and receiver domain of sensor histidine kinase suggest a complex model in the two-component regulatory system in Pseudomonas aeruginosa
著者: Chen, S.K. / Guan, H.H. / Wu, P.H. / Lin, L.T. / Wu, M.C. / Chang, H.Y. / Chen, N.C. / Lin, C.C. / Chuankhayan, P. / Huang, Y.C. / Lin, P.J. / Chen, C.J.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
C: Histidine kinase
D: Histidine kinase
E: Histidine kinase
F: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2186
ポリマ－79,2186
非ポリマー00
水22,1401229
1
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
C: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6093
ポリマ－39,6093
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Histidine kinase
E: Histidine kinase
F: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6093
ポリマ－39,6093
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.172, 119.172, 171.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-238-

HOH

21E-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Histidine kinase / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain protein / Hpt domain-containing protein


分子量: 13202.974 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: C0044_25200, F3H14_21835, GNQ12_19260, GNQ27_08460, NCTC10662_05262
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V3FJP9, UniProt: Q9HYQ0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, bicine/sodium hydroxide

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 166104 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 36.3
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 16599 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.789 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.58→29.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.577 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22542 8321 5 %RANDOM
Rwork0.19284 ---
obs0.19447 157637 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.58→29.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5499 0 0 1229 6728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0136547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0176037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0851.6468924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8041.58214002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0865873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.1920467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.363151216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4531599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.028018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9721.9293240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9391.9273239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7462.8624194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7632.8634195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2032.4983307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2032.4993308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2083.5544730
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.97627.6938564
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.76525.868129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 618 -
Rwork0.262 11651 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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